Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...taatacaacagtaaccaattgatatctctagtcaatataggagtatatgcagtcaaaatttgaccgaaatttgagcaatttgtttctcttcgatatgcagTGCATCGCTACAGAGCTATGCCCATGATGACATATCAGTAGGTTCATGGATGATGGGGCTGAATACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGC

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os06g08005.1
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os06g08005.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 10
lower sequence: GRMZM2G000393_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 9
taatacaacagtaaccaattgatatctctagtcaa--tataggagtatatgcagtcaaaatttg----accgaaatttgagcaatttgtttctcttcgatatgcagTGCATCGCTACAGAGCTATGCCCATGATGACATATCAGTAGGTTCATGGATGATGGGGCTGAATACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGC
      |   |  |||| ||  |  ||  |   ||  | | |   | | ||  |    | ||      |||     || | |    | ||   ||     |  |||||| || || ||||| ||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| | ||||| || ||||| ||||| ||||||||| ||
------atgtgctaccattttttgcctggacagaagctcttgcgttttctggtgctttatttctgcccaccaggtcttcatctcagttttgtcctctatcacacagTGCGTCACTGCAGAGTTATGCACACGATGATATATCAGTAGGTTCATGGATGATGGGACTGAATGCAACTTACGTGGATGATGACCGGTTGTGCTGCAGC
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88512797|gb|CI440303.1|CI440303
EST:     GCTTTGTTTATCCTCTCTAACAATTTGGCACGCTACATTAACATAAACAG                         TGCATCGCTACAGAGCTATGCCCATGATGACATATCAGTAGGTTCATGGAT
genomic: GCTTTGTTTATCCTCTCTAACAATTTGGCACGCTACATTAACATAAACAGgtaagtggtg ... cgatatgcagTGCATCGCTACAGAGCTATGCCCATGATGACATATCAGTAGGTTCATGGAT
EST: gi|88262435|gb|CI366209.1|CI366209
EST:     GCTTTGTTTATCCTCTCTAACAATTTGGCACGCTACATTAACATAAACAG                         TGCATCGCTACAGAGCTATGCCCATGATGACATATCAGTAGGTTCATGGAT
genomic: GCTTTGTTTATCCTCTCTAACAATTTGGCACGCTACATTAACATAAACAGgtaagtggtg ... cgatatgcagTGCATCGCTACAGAGCTATGCCCATGATGACATATCAGTAGGTTCATGGAT
EST: gi|88263201|gb|CI366975.1|CI366975
EST:     GCTTTGTTTATCCTCTCTAACAATTTGGCACGCTACATTAACATAAACAG                         TGCATCGCTACAGAGCTATGCCCATGATGACATATCAGTAGGTTCATGGAT
genomic: GCTTTGTTTATCCTCTCTAACAATTTGGCACGCTACATTAACATAAACAGgtaagtggtg ... cgatatgcagTGCATCGCTACAGAGCTATGCCCATGATGACATATCAGTAGGTTCATGGAT
EST: gi|88484676|gb|CI421947.1|CI421947
EST:     GCTTTGTTTATCCTCTCTAACAATTTGGCACGCTACATTAACATAAACAG                         TGCATCGCTACAGAGCTATGCCCATGATGACATATCAGTAGGTTCATGGAT
genomic: GCTTTGTTTATCCTCTCTAACAATTTGGCACGCTACATTAACATAAACAGgtaagtggtg ... cgatatgcagTGCATCGCTACAGAGCTATGCCCATGATGACATATCAGTAGGTTCATGGAT
EST: gi|27577598|gb|CB000293.1|CB000293
EST:     GCTTTGTTTATCCTCTCTAACAATTTGGCACGCTACATTAACATAAACAG                         TGCATCGCTACAGAGCTATGCCCATGATGACATATCAGTAGGTTCATGGAT
genomic: GCTTTGTTTATCCTCTCTAACAATTTGGCACGCTACATTAACATAAACAGgtaagtggtg ... cgatatgcagTGCATCGCTACAGAGCTATGCCCATGATGACATATCAGTAGGTTCATGGAT
EST: gi|86435305|gb|CI106538.1|CI106538
EST:     GCTTTGTTTATCCTCTCTAACAATTTGGCACGCTACATTAACATAAACAG                         TGCATCGCTACAGAGCTATGCCCATGATGACATATCAGTAGGTTCATGGAT
genomic: GCTTTGTTTATCCTCTCTAACAATTTGGCACGCTACATTAACATAAACAGgtaagtggtg ... cgatatgcagTGCATCGCTACAGAGCTATGCCCATGATGACATATCAGTAGGTTCATGGAT
EST: gi|88995023|gb|CI036598.1|CI036598
EST:     GCTTTGTTTATCCTCTCTAACAATTTGGCACGCTACATTAACATAAACAG                         TGCATCGCTACAGAGCTATGCCCATGATGACATATCAGTAGGTTCATGGAT
genomic: GCTTTGTTTATCCTCTCTAACAATTTGGCACGCTACATTAACATAAACAGgtaagtggtg ... cgatatgcagTGCATCGCTACAGAGCTATGCCCATGATGACATATCAGTAGGTTCATGGAT
EST: gi|88535689|gb|CI462504.1|CI462504
EST:     GCTTTGTTTATCCTCTCTAACAATTTGGCACGCTACATTAACATAAACAG                         TGCATCGCTACAGAGCTATGCCCATGATGACATATCAGTAGGTTCATGGAT
genomic: GCTTTGTTTATCCTCTCTAACAATTTGGCACGCTACATTAACATAAACAGgtaagtggtg ... cgatatgcagTGCATCGCTACAGAGCTATGCCCATGATGACATATCAGTAGGTTCATGGAT
EST: gi|88487463|gb|CI424734.1|CI424734
EST:     GCTTTGTTTATCCTCTCTAACAATTTGGCACGCTACATTAACATAAACAG                         TGCATCGCTACAGAGCTATGCCCATGATGACATATCAGTAGGTTCATGGAT
genomic: GCTTTGTTTATCCTCTCTAACAATTTGGCACGCTACATTAACATAAACAGgtaagtggtg ... cgatatgcagTGCATCGCTACAGAGCTATGCCCATGATGACATATCAGTAGGTTCATGGAT
EST: gi|86422330|gb|CI059903.1|CI059903
EST:     GCTTTGTTTATCCTCTCTAACAATTTGGCACGCTACATTAACATAAACAG                         TGCATCGCTACAGAGCTATGCCCATGATGACATATCAGTAGGTTCATGGAT
genomic: GCTTTGTTTATCCTCTCTAACAATTTGGCACGCTACATTAACATAAACAGgtaagtggtg ... cgatatgcagTGCATCGCTACAGAGCTATGCCCATGATGACATATCAGTAGGTTCATGGAT
EST: gi|88834412|gb|CI077695.1|CI077695
EST:     GCTTTGTTTATCCTCTCTAACAATTTGGCACGCTACATTAACATAAACAG                         TGCATCGCTACAGAGCTATGCCCATGATGACATATCAGTAGGTTCATGGAT
genomic: GCTTTGTTTATCCTCTCTAACAATTTGGCACGCTACATTAACATAAACAGgtaagtggtg ... cgatatgcagTGCATCGCTACAGAGCTATGCCCATGATGACATATCAGTAGGTTCATGGAT
EST: gi|88995018|gb|CI036593.1|CI036593
EST:     GCTTTGTTTATCCTCTCTAACAATTTGGCACGCTACATTAACATAAACAG                         TGCATCGCTACAGAGCTATGCCCATGATGACATATCAGTAGGTTCATGGAT
genomic: GCTTTGTTTATCCTCTCTAACAATTTGGCACGCTACATTAACATAAACAGgtaagtggtg ... cgatatgcagTGCATCGCTACAGAGCTATGCCCATGATGACATATCAGTAGGTTCATGGAT
EST: gi|88971772|gb|CI389009.1|CI389009
EST:     GCTTTGTTTATCCTCTCTAACAATTTGGCACGCTACATTAACATAAACAG                         TGCATCGCTACAGAGCTATGCCCATGATGACATATCAGTAGGTTCATGGAT
genomic: GCTTTGTTTATCCTCTCTAACAATTTGGCACGCTACATTAACATAAACAGgtaagtggtg ... cgatatgcagTGCATCGCTACAGAGCTATGCCCATGATGACATATCAGTAGGTTCATGGAT
EST: gi|89184707|gb|CI007132.1|CI007132
EST:     GCTTTGTTTATCCTCTCTAACAATTTGGCACGCTACATTAACATAAACAG                         TGCATCGCTACAGAGCTATGCCCATGATGACATATCAGTAGGTTCATGGAT
genomic: GCTTTGTTTATCCTCTCTAACAATTTGGCACGCTACATTAACATAAACAGgtaagtggtg ... cgatatgcagTGCATCGCTACAGAGCTATGCCCATGATGACATATCAGTAGGTTCATGGAT
EST: gi|89181971|gb|CI113477.1|CI113477
EST:     GCTTTGTTTATCCTCTCTAACAATTTGGCACGCTACATTAACATAAACAG                         TGCATCGCTACAGAGCTATGCCCATGATGACATATCAGTAGGTTCATGGAT
genomic: GCTTTGTTTATCCTCTCTAACAATTTGGCACGCTACATTAACATAAACAGgtaagtggtg ... cgatatgcagTGCATCGCTACAGAGCTATGCCCATGATGACATATCAGTAGGTTCATGGAT
EST: gi|88304561|gb|CI518217.1|CI518217
EST:     GCTTTGTTTATCCTCTCTAACAATTTGGCACGCTACATTAACATAAACAG                         TGCATCGCTACAGAGCTATGCCCATGATGACATATCAGTAGGTTCATGGAT
genomic: GCTTTGTTTATCCTCTCTAACAATTTGGCACGCTACATTAACATAAACAGgtaagtggtg ... cgatatgcagTGCATCGCTACAGAGCTATGCCCATGATGACATATCAGTAGGTTCATGGAT
EST: gi|86251665|gb|CI016954.1|CI016954
EST:     GCTTTGTTTATCCTCTCTAACAATTTGGCACGCTACATTAACATAAACAG                         TGCATCGCTACAGAGCTATGCCCATGATGACATATCAGTAGGTTCATGGAT
genomic: GCTTTGTTTATCCTCTCTAACAATTTGGCACGCTACATTAACATAAACAGgtaagtggtg ... cgatatgcagTGCATCGCTACAGAGCTATGCCCATGATGACATATCAGTAGGTTCATGGAT
EST: gi|88518540|gb|CI446194.1|CI446194
EST:     GCTTTGTTTATCCTCTCTAACAATTTGGCACGCTACATTAACATAAACAG                         TGCATCGCTACAGAGCTATGCCCATGATGACATATCAGTAGGTTCATGGAT
genomic: GCTTTGTTTATCCTCTCTAACAATTTGGCACGCTACATTAACATAAACAGgtaagtggtg ... cgatatgcagTGCATCGCTACAGAGCTATGCCCATGATGACATATCAGTAGGTTCATGGAT
EST: gi|29687001|gb|CB683276.1|CB683276
EST:     GCTTTGTTTATCCTCTCTAACAATTTGGCACGCTACATTAACATAAACAG                         TGCATCGCTACAGAGCTATGCCCATGATGACATATCAGTAGGTTCATGGAT
genomic: GCTTTGTTTATCCTCTCTAACAATTTGGCACGCTACATTAACATAAACAGgtaagtggtg ... cgatatgcagTGCATCGCTACAGAGCTATGCCCATGATGACATATCAGTAGGTTCATGGAT
EST: gi|86840814|gb|CI335020.1|CI335020
EST:     GCTTTGTTTATCCTCTCTAACAATTTGGCACGCTACATTAACATAAACAG                         TGCATCGCTACAGAGCTATGCCCATGATGACATATCAGTAGGTTCATGGAT
genomic: GCTTTGTTTATCCTCTCTAACAATTTGGCACGCTACATTAACATAAACAGgtaagtggtg ... cgatatgcagTGCATCGCTACAGAGCTATGCCCATGATGACATATCAGTAGGTTCATGGAT
EST: gi|88264025|gb|CI367799.1|CI367799
EST:     TTAACATAAACAG                         TGCATCGCTACAGAGCTATGCCCATGATGACATATCAGTAGGTTCATGGAT
genomic: TTAACATAAACAGgtaagtggtg ... cgatatgcagTGCATCGCTACAGAGCTATGCCCATGATGACATATCAGTAGGTTCATGGAT
EST: gi|88690259|gb|CI734338.1|CI734338
EST:     GCTTTGTTTATCCTCTCTAACAATTTGGCACGCTACATTAACATAAACAG                         TGCATCGCTACAGAGCTATGCCCATGATGACAT-TCAGTAGGTTCATGGAT
genomic: GCTTTGTTTATCCTCTCTAACAATTTGGCACGCTACATTAACATAAACAGgtaagtggtg ... cgatatgcagTGCATCGCTACAGAGCTATGCCCATGATGACATATCAGTAGGTTCATGGAT
EST: gi|88218395|gb|CI218244.1|CI218244
EST:     GCTTTGTTTATCCTCTCTAACAATTTGGCACGCTACATTAACATAAACAG                         TGCATCGCTACAGAGCTATGCCCATGATGACATATCAGTAGGTTCATGGAT
genomic: GCTTTGTTTATCCTCTCTAACAATTTGGCACGCTACATTAACATAAACAGgtaagtggtg ... cgatatgcagTGCATCGCTACAGAGCTATGCCCATGATGACATATCAGTAGGTTCATGGAT
EST: gi|86525598|gb|CI165804.1|CI165804
EST:     GCTTTGTTTATCCTCTCTAACAATTTGGCACGCTACATTAACATAAACAG                         TGCATCGCTACAGAGCTATGCCCATGATGACATATCAGTAGGTTCATGGAT
genomic: GCTTTGTTTATCCTCTCTAACAATTTGGCACGCTACATTAACATAAACAGgtaagtggtg ... cgatatgcagTGCATCGCTACAGAGCTATGCCCATGATGACATATCAGTAGGTTCATGGAT
EST: gi|88974780|gb|CI023076.1|CI023076
EST:     GCTTTGTTTATCCTCTCTAACAATTTGGCACGCTACATTAACATAAACAG                         TGCATCGCTACAGAGCTATGCCCATGATGGCATATCAGTAGGTTCATGGAT
genomic: GCTTTGTTTATCCTCTCTAACAATTTGGCACGCTACATTAACATAAACAGgtaagtggtg ... cgatatgcagTGCATCGCTACAGAGCTATGCCCATGATGACATATCAGTAGGTTCATGGAT
EST: gi|88544183|gb|CI474257.1|CI474257
EST:     GCTTTGTTTATCCTCTCTAACAATTTGGCACGCTACATTAACATAAACAG                         TGCATCGCTACAGAGCTATGCCCATGATGACATATCAGTAGGTTCATGGAT
genomic: GCTTTGTTTATCCTCTCTAACAATTTGGCACGCTACATTAACATAAACAGgtaagtggtg ... cgatatgcagTGCATCGCTACAGAGCTATGCCCATGATGACATATCAGTAGGTTCATGGAT
EST: gi|218479405|gb|FG961659.1|FG961659
EST:     GCTTTGTTTATCCTCTCTAACAATTTGGCACGCTACATTAACATAAACAG                         TGCATCGCTACAGAGCTATGCCCATGATGACATATCAGTAGGTTCATGGAT
genomic: GCTTTGTTTATCCTCTCTAACAATTTGGCACGCTACATTAACATAAACAGgtaagtggtg ... cgatatgcagTGCATCGCTACAGAGCTATGCCCATGATGACATATCAGTAGGTTCATGGAT
EST: gi|58688376|gb|CK077063.1|CK077063
EST:     GCTTTGTTTATCCTCTCTAACAATTTGGCACGCTACATTAACATAAACAG                         TGCATCGCTACAGAGCTATGCCCATGATGACATATCAGTAGGTTCATGGAT
genomic: GCTTTGTTTATCCTCTCTAACAATTTGGCACGCTACATTAACATAAACAGgtaagtggtg ... cgatatgcagTGCATCGCTACAGAGCTATGCCCATGATGACATATCAGTAGGTTCATGGAT
EST: gi|218501509|gb|FG952275.1|FG952275
EST:     GCTTTGTATATCCTCTCTAACAATATGGCACGCTACATTAACATAAACAG                         TGCATCGCTACAGAGCTATG
genomic: GCTTTGTTTATCCTCTCTAACAATTTGGCACGCTACATTAACATAAACAGgtaagtggtg ... cgatatgcagTGCATCGCTACAGAGCTATG
EST: gi|88437292|gb|CI526441.1|CI526441
EST:     TATCCTCTCTAACAATTTGGCACGCTACATTAACATAAACAG                         TGCATCGCTACAGAGCTATGCCCATGATGACATATCAGTAGGTTCATGG-T
genomic: TATCCTCTCTAACAATTTGGCACGCTACATTAACATAAACAGgtaagtggtg ... cgatatgcagTGCATCGCTACAGAGCTATGCCCATGATGACATATCAGTAGGTTCATGGAT
EST: gi|88829021|gb|CI073891.1|CI073891
EST:     GCTTTGTTTATCCTCTCTAACAATTTGGCACGCTACATTAACATAAACAG                         TGCATCGCTACAGAGCTATGCCCATGATGACATATCAGTAGGTTCATGGAT
genomic: GCTTTGTTTATCCTCTCTAACAATTTGGCACGCTACATTAACATAAACAGgtaagtggtg ... cgatatgcagTGCATCGCTACAGAGCTATGCCCATGATGACATATCAGTAGGTTCATGGAT
EST: gi|86525653|gb|CI165859.1|CI165859
EST:     GCTTTGTTTATCCTCTCTAACAATTTGGCACGCTACATTAACATAAACAG                         TGCATCGCTACAGAGCTATGCCCATGATGACATATCAGTAGGTTCATGGAT
genomic: GCTTTGTTTATCCTCTCTAACAATTTGGCACGCTACATTAACATAAACAGgtaagtggtg ... cgatatgcagTGCATCGCTACAGAGCTATGCCCATGATGACATATCAGTAGGTTCATGGAT
EST: gi|88273878|gb|CI394284.1|CI394284
EST:     GCTTTGTTTATCCTCTCTAACAATTTGGCACGCTACATTAACATAAACAG                         TGCATCGCTACAGAGCTATGCCCATGATGACATATCAGTAGGTTCATGGAT
genomic: GCTTTGTTTATCCTCTCTAACAATTTGGCACGCTACATTAACATAAACAGgtaagtggtg ... cgatatgcagTGCATCGCTACAGAGCTATGCCCATGATGACATATCAGTAGGTTCATGGAT
EST: gi|88830007|gb|CI074679.1|CI074679
EST:     GCTTTGTTTATCCTCTCTAACAATTTGGCACGCTACATTAACATAAACAG                         TGCATCGCTACAGAGCTATGCCCATGATGACATATCAGTAGGTTCATGGAT
genomic: GCTTTGTTTATCCTCTCTAACAATTTGGCACGCTACATTAACATAAACAGgtaagtggtg ... cgatatgcagTGCATCGCTACAGAGCTATGCCCATGATGACATATCAGTAGGTTCATGGAT
EST: gi|88277473|gb|CI398275.1|CI398275
EST:     GCTTTGTTTATCCTCTCTAACAATTTGGCACGCTACATTAACATAAACAG                         TGCATCGGTACAGAGCTATGCCCATGATGACATATCAGTAGGTTCATGGAT
genomic: GCTTTGTTTATCCTCTCTAACAATTTGGCACGCTACATTAACATAAACAGgtaagtggtg ... cgatatgcagTGCATCGCTACAGAGCTATGCCCATGATGACATATCAGTAGGTTCATGGAT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 72 (upstream exon), 74 (downstream exon)
Score: 70

GTATTTTCGCCATGCTTCCGGTGCTTTGTTTATCCTCTCTAACAATTTGGCACGCTACATTAACATAAACAGgtaagtggtg ... cgatatgcagTGCATCGCTACAGAGCTATGCCCATGATGACATATCAGTAGGTTCATGGATGATGGGGCTGAATACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGC




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tatgcagtcaaaatttgaccgaaatttgagcaatttgtttctcttcgatatgcagTGCATCGCTACAGAGCTATGCCCATGATGACATATCAGTAGGTTCATGGATGATGGGGCTGAATACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGC
            atttgac  putative branch site (score: 70)
                                 tttgtttctcttc  putative PPT
       tcaaaattt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
taatacaacagtaaccaattgatatctctagtcaatataggagtatatgcagtcaaaatttgaccgaaatttgagcaatttgtttctcttcgatatgcagTGCATCGCTACAGAGCTATGCCCATGATGACATATCAGTAGGTTCATGGATGATGGGGCTGAATACTACTTATGTTGATGACGACCGTTTGTGCTGCGGC

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGCTGC
- -tacaaca
- - - - - -taaccaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - atatgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - accgaaa