Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgatttatggatactccttgtttctatttaagctttcaatggatgcatactcaaatagtgtcatatatgtatgtagGACGTCAAGCTGTTGGTCGATGACATTGCAGCTCTAAAACCAACAGTATTCTGTGCAGTTCCACGAGTACTTGATAGAATATACTCAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os06g06350.1
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os06g06350.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
lower sequence: GRMZM5G812228_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 5
-------gtatgatttatggatactccttgtttctat-ttaagctttcaatgg--atgcatactcaaatagtgtcatatatgtatgtagGACGTCAAGCTGTTGGTCGATGACATTGCAGCTCTAAAACCAACAGTATTCTGTGCAGTTCCACGAGTACTTGATAGAATATACTCAG
          || ||  | | |||||||||||||  | || | ||||     |  ||||||| | | ||  | |  ||| | | ||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||| || || || || ||||| ||||
gtatggttcttggttactcggtactccttgtttccttgttgacctttaggcagtaatgcatattgatatt-tatgttatgtatctgtagGATGTCAAACTTTTGGTTGATGACATTGCAGCACTAAAACCAACAGTATTTTGTGCTGTTCCACGTGTGCTAGACAGGATATATTCAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58691168|gb|CK079855.1|CK079855
EST:     TTGAAGAATTATTCATTTCACACGGATCAAAAATTGGATTTTGGCGTGGG                         GACGTCAAGCTGTTGGTCGATGACATTGCAGCTCTAAAACCAACAGTATTC
genomic: TTGAAGAATTATTCATTTCACACGGATCAAAAATTGGATTTTGGCGTGGGgtatgattta ... atgtatgtagGACGTCAAGCTGTTGGTCGATGACATTGCAGCTCTAAAACCAACAGTATTC






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttctatttaagctttcaatggatgcatactcaaatagtgtcatatatgtatgtagGACGTCAAGCTGTTGGTCGATGACATTGCAGCTCTAAAACCAACAGTATTCTGTGCAGTTCCACGAGTACTTGATAGAATATACTCAG
                                         atatatgtat  TA-rich tract