1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' |
gtaagcagatgcaaccattctgtctaattcctgtatattttatcccccctcttcatacagtagtgagattcctacttttctggtttaccccacaaatctacttctacctaagagtagttttttttttccgaggtctacctaagagttgtacttatttattttttggatctcaaatctccacagGACTGCTGCTTAATTCCAGAGTCCCCATTTTATATGGATGGTGAAGGTGGGTTGCTTCAATATGTAGAGAGAAGGCTGAAAGAGAACAAGCACATGGTTA
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os05g44922.1 |
intron # | 10 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GGTTCATTGCAATGTATGCTACTCTTGCAAGTCGAGATGTG GACTGCTGCTTAATTCCAGAGTCCCCATTTTATATGGATGGTGAAGGTGGGEST: gi|58679575|gb|CK068262.1|CK068262
genomic: GGTTCATTGCAATGTATGCTACTCTTGCAAGTCGAGATGTGgtaagcagat ... atctccacagGACTGCTGCTTAATTCCAGAGTCCCCATTTTATATGGATGGTGAAGGTGGG
EST: TTGCAATGTATGCTACTC-TGCAAGTCGAGATGTG GACTGCTGCTTAATTCCAGAGTCCCCATTTTATATGGATGGTGAAGGTGGGEST: gi|2310958|gb|C27113.1|C27113
genomic: TTGCAATGTATGCTACTCTTGCAAGTCGAGATGTGgtaagcagat ... atctccacagGACTGCTGCTTAATTCCAGAGTCCCCATTTTATATGGATGGTGAAGGTGGG
EST: GGTTCATTGCAATGTATGCTACTCTTGCAAGTCGAGATGTG GACTGCTGCTTAATTCCAGAGTCCCCATTTTATATGGATGGTGAAGGTGGGEST: gi|27576923|gb|CA999617.1|CA999617
genomic: GGTTCATTGCAATGTATGCTACTCTTGCAAGTCGAGATGTGgtaagcagat ... atctccacagGACTGCTGCTTAATTCCAGAGTCCCCATTTTATATGGATGGTGAAGGTGGG
EST: GGTTCATTGCAATGTATGCTACTCTTGCAAGTCGAGATGTG GACTGCTGCTTAATTCCAGAGTCCCCATTTTATATGGATGGTGAAGGTGGG
genomic: GGTTCATTGCAATGTATGCTACTCTTGCAAGTCGAGATGTGgtaagcagat ... atctccacagGACTGCTGCTTAATTCCAGAGTCCCCATTTTATATGGATGGTGAAGGTGGG
cgaggtctacctaagagttgtacttatttattttttggatctcaaatctccacagGACTGCTGCTTAATTCCAGAGTCCCCATTTTATATGGATGGTGAAGGTGGGTTGCTTCAATATGTAGAGAGAAGGCTGAAAGAGAACAAGCACATGGTTA
tctccac CT-rich tract
agttgtacttatttat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagcagatgcaaccattctgtctaattcctgtatattttatcccccctcttcatacagtagtgagattcctacttttctggtttaccccacaaatctacttctacctaagagtagttttttttttccgaggtctacctaagagttgtacttatttattttttggatctcaaatctccacagGACTGCTGCTTAATTCCAGAGTCCCCATTTTATATGGATGGTGAAGGTGGGTTGCTTCAATATGTAGAGAGAAGGCTGAAAGAGAACAAGCACATGGTTA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA