1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
...gcaagggcagctagtgtgattgtgttgtactcatgtatggtcatactccataacatgcaaattcctttttgtgctgatcatcaatgatgatgccttgcagGAAGACTACAATTCCTGGAATTACTGGAAGATGCCATTGCCAGATGTTGATCTGTAGTGTAGTTCTAACAAACACAGAAGTAGATAACACTAGATTCTGC
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os05g38710.1 |
intron # | 10 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TACATACCGTTGTCCATGATATGTTCCCTCCAACCACTCTTGTTGAGCAG GAAGACTACAATTCCTGGAATTACTGGAAGATGCCATTGCCAGATGTTGATEST: gi|29646340|gb|CB651347.1|CB651347
genomic: TACATACCCTTGTCCATGATATGTTCCCTCCAACCACTCTTGTTGAGCAGgttagctgtc ... tgccttgcagGAAGACTACAATTCCTGGAATTACTGGAAGATGCCATTGCCAGATGTTGAT
EST: TACATACCCTTGTCCATGATATGTTCCCTCCAACCACTCTTGTTGAGCAG GAAGACTACAATTCCTGGAATTACTGGAAGATGCCATTGCCAGATGTTGATEST: gi|29680256|gb|CB676531.1|CB676531
genomic: TACATACCCTTGTCCATGATATGTTCCCTCCAACCACTCTTGTTGAGCAGgttagctgtc ... tgccttgcagGAAGACTACAATTCCTGGAATTACTGGAAGATGCCATTGCCAGATGTTGAT
EST: TACATACCCTTGTCCATGATATGTTCCCTCCAACCACTCTTGTTGAGCAG GAAGACTACAATTCCTGGAATTACTGGAAGATGCCATTGCCAGATGTTGATEST: gi|86872078|gb|CI333239.1|CI333239
genomic: TACATACCCTTGTCCATGATATGTTCCCTCCAACCACTCTTGTTGAGCAGgttagctgtc ... tgccttgcagGAAGACTACAATTCCTGGAATTACTGGAAGATGCCATTGCCAGATGTTGAT
EST: TACATACCCTTGTCCATGATATGTTCCCTCCAACCACTCTTGTTGAGCAG GAAGACTACAATTCCTGGAATTACTGGAAGATGCCATTGCCAGATGTTGATEST: gi|27921319|gb|CB097127.1|CB097127
genomic: TACATACCCTTGTCCATGATATGTTCCCTCCAACCACTCTTGTTGAGCAGgttagctgtc ... tgccttgcagGAAGACTACAATTCCTGGAATTACTGGAAGATGCCATTGCCAGATGTTGAT
EST: TACATACCCTTGTCCATGATATGTTCCCTCCAACCACTTTTGTTGAGCAG GAAGACTACAATTCCTGGAATTACTGGAAGATGCCATTGCCAGATGTTGATEST: gi|86595618|gb|CI272594.1|CI272594
genomic: TACATACCCTTGTCCATGATATGTTCCCTCCAACCACTCTTGTTGAGCAGgttagctgtc ... tgccttgcagGAAGACTACAATTCCTGGAATTACTGGAAGATGCCATTGCCAGATGTTGAT
EST: TACATACCCTTGTCCATGATATGTTCCCTCCAACCACTCTTGTTGAGCAG GAAGACTACAATTCCTGGAATTACTGGAAGATGCCATTGCCAGATGTTGATEST: gi|58681129|gb|CK069816.1|CK069816
genomic: TACATACCCTTGTCCATGATATGTTCCCTCCAACCACTCTTGTTGAGCAGgttagctgtc ... tgccttgcagGAAGACTACAATTCCTGGAATTACTGGAAGATGCCATTGCCAGATGTTGAT
EST: TACATACCCTTGTCCATGATATGTTCCCTCCAACCACTCTTGTTGAGCAG GAAGACTACAATTCCTGGAATTACTGGAAGATGCCATTGCCAGATGTTGATEST: gi|218783485|gb|GE329537.1|GE329537
genomic: TACATACCCTTGTCCATGATATGTTCCCTCCAACCACTCTTGTTGAGCAGgttagctgtc ... tgccttgcagGAAGACTACAATTCCTGGAATTACTGGAAGATGCCATTGCCAGATGTTGAT
EST: TACATACCCTTGTCCATGATATGTTCCCTCCAACCACTCTTGTTGAGCAG GAAGACTACAATTCCTGGAATTACTGGAAGATGCCATTGCCAGATGTTGAT
genomic: TACATACCCTTGTCCATGATATGTTCCCTCCAACCACTCTTGTTGAGCAGgttagctgtc ... tgccttgcagGAAGACTACAATTCCTGGAATTACTGGAAGATGCCATTGCCAGATGTTGAT
ctccataacatgcaaattcctttttgtgctgatcatcaatgatgatgccttgcagGAAGACTACAATTCCTGGAATTACTGGAAGATGCCATTGCCAGATGTTGATCTGTAGTGTAGTTCTAACAAACACAGAAGTAGATAACACTAGATTCTGC
tgctgat putative branch site (score: 5)
tttttgt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gcaagggcagctagtgtgattgtgttgtactcatgtatggtcatactccataacatgcaaattcctttttgtgctgatcatcaatgatgatgccttgcagGAAGACTACAATTCCTGGAATTACTGGAAGATGCCATTGCCAGATGTTGATCTGTAGTGTAGTTCTAACAAACACAGAAGTAGATAACACTAGATTCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGT
- - -ggcagct
- - - - - - - - tgattgt
- - - - - - - - - - - - - - - - atgtatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -catactc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - acatgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -atgatga