1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' |
...ttcacaccattcaatagtgtaaatcatgaaattgacacatattctgcaaggtgcaactcttgtattgacacataatatgctcttctacttttggttccagGTATATTTGTGGCACTTGCGCTGCGTTTTGATGTCTCAAGAGGAATTAAGAACCGCTATTTTAATAGTGCATTTTTGGGTTATACCGTGGGTCTGACTGT
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os05g36070.1 |
intron # | 10 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTCTCTATGCTTGGCCTTGGTGACATTGTAATACCTG GTATATTTGTGGCACTTGCGCTGCGTTTCGATGTCTCAAGAGGAATTAAGAEST: gi|8859158|gb|AU096476.1|AU096476
genomic: TTCTCTATGCTTGGCCTTGGTGACATTGTAATACCTGgttagtaata ... ttggttccagGTATATTTGTGGCACTTGCGCTGCGTTTTGATGTCTCAAGAGGAATTAAGA
EST: TGCTGCACG-CCGTTCTCTATGCTTGGCCTTGGTGACATTGTAANACCTG GTATATTTGTGGCACTTGCGCTGCGTTTTGATGTCTCAAGAGGAATTAAGAEST: gi|29628338|gb|CB633349.1|CB633349
genomic: TGCTGCACGCCCGTTCTCTATGCTTGGCCTTGGTGACATTGTAATACCTGgttagtaata ... ttggttccagGTATATTTGTGGCACTTGCGCTGCGTTTTGATGTCTCAAGAGGAATTAAGA
EST: TGCTGCACGCCCGTTCTCTATGCTTGGCCTTGGTGACATTGTAATACCTG GTATATTTGTGGCACTTGCGCTGCGTTTTGATGTCTCAAGAGGAATTAAGAEST: gi|29628337|gb|CB633348.1|CB633348
genomic: TGCTGCACGCCCGTTCTCTATGCTTGGCCTTGGTGACATTGTAATACCTGgttagtaata ... ttggttccagGTATATTTGTGGCACTTGCGCTGCGTTTTGATGTCTCAAGAGGAATTAAGA
EST: TGCTGCACGCCCGTTCTCTATGCTTGGCCTTGGTGACATTGTAATACCTG GTATATTTGTGGCACTTGCGCTGCGTTTTGATGTCTCAAGAGGAATTAAGAEST: gi|88840958|gb|CI000920.1|CI000920
genomic: TGCTGCACGCCCGTTCTCTATGCTTGGCCTTGGTGACATTGTAATACCTGgttagtaata ... ttggttccagGTATATTTGTGGCACTTGCGCTGCGTTTTGATGTCTCAAGAGGAATTAAGA
EST: CATTGTAATACCTG GTATATTTGTGGCACTTGCGCTGCGTTTTGATGTCTCAAGAGGAATTAAGA
genomic: CATTGTAATACCTGgttagtaata ... ttggttccagGTATATTTGTGGCACTTGCGCTGCGTTTTGATGTCTCAAGAGGAATTAAGA
gcaaggtgcaactcttgtattgacacataatatgctcttctacttttggttccagGTATATTTGTGGCACTTGCGCTGCGTTTTGATGTCTCAAGAGGAATTAAGAACCGCTATTTTAATAGTGCATTTTTGGGTTATACCGTGGGTCTGACTGT
tattgac putative branch site (score: 2)
tgctcttctactttt putative PPT
acataatat TA-rich tract