Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgctatctttagcagttaaactaagtaggattgtggttgatcatggggatggtgttttctgatcgatataaatattgtttatgcagATACCTATCTGGAATGATGTACCACTGTTCCTTAGCTACTTGCTTGGGGCTAGTCAGAGTTGGGGGAGTCTTGTCGTTGGAGTCTTGGTTGGGTCCTGGC

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os05g06350.1
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|427525|gb|D23592.1|D23592
EST:     GGAAACCAGCAGCCCAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAG                         ATACCTATCTGGAATNATGTACCACTGTTCCTTAGCTACTTGCTTGGGGCT
genomic: GGAAACCAGCAGCCCAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtatgctatc ... gtttatgcagATACCTATCTGGAATGATGTACCACTGTTCCTTAGCTACTTGCTTGGGGCT
EST: gi|87018145|gb|CI275959.1|CI275959
EST:     GGAAACCAGCAGCCCAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAG                         ATACCTATCTGGAATGATGTACCACTGTTCCTTAGCTACTTGCTTGGGGCT
genomic: GGAAACCAGCAGCCCAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtatgctatc ... gtttatgcagATACCTATCTGGAATGATGTACCACTGTTCCTTAGCTACTTGCTTGGGGCT
EST: gi|33796269|gb|CF324001.1|CF324001
EST:     GGAAACCAGCAGCCCAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAG                         ATACCTATCTGGAATGATGTACCACTGTTCCTTAGCTACTTGCTTGGGGCT
genomic: GGAAACCAGCAGCCCAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtatgctatc ... gtttatgcagATACCTATCTGGAATGATGTACCACTGTTCCTTAGCTACTTGCTTGGGGCT
EST: gi|89193057|gb|CI050355.1|CI050355
EST:     GGAAACCAGCAGCCCAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAG                         ATACCTATCTGGAATGATGTACCACTGTTCCTTAGCTACTTGCTTGGGGCT
genomic: GGAAACCAGCAGCCCAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtatgctatc ... gtttatgcagATACCTATCTGGAATGATGTACCACTGTTCCTTAGCTACTTGCTTGGGGCT
EST: gi|88236845|gb|CI234696.1|CI234696
EST:     GGAAACCAGCAGCCCAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAG                         ATACCTATCTGGAATGATGTACCACTGTTCCTTAGCTACTTGCTTGGGGCT
genomic: GGAAACCAGCAGCCCAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtatgctatc ... gtttatgcagATACCTATCTGGAATGATGTACCACTGTTCCTTAGCTACTTGCTTGGGGCT
EST: gi|325493700|gb|JG458224.1|JG458224
EST:     GGAAACCAGCAGCCCAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAG                         ATACCTATCTGGAATGATGTACCACTGTTCCTTAGATACTTGCTTGGGGCT
genomic: GGAAACCAGCAGCCCAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtatgctatc ... gtttatgcagATACCTATCTGGAATGATGTACCACTGTTCCTTAGCTACTTGCTTGGGGCT
EST: gi|33680343|gb|CF308582.1|CF308582
EST:     GGAAACCAGCAGCCCAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAG                         ATACCTATCTGGAATGATGTACCACTGTTCCTTAGCTACTTGCTTGGGGCT
genomic: GGAAACCAGCAGCCCAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtatgctatc ... gtttatgcagATACCTATCTGGAATGATGTACCACTGTTCCTTAGCTACTTGCTTGGGGCT
EST: gi|218488978|gb|FG955955.1|FG955955
EST:     GGAAACCAGCAGCCCAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAG                         ATACCTATCTGGAATGATGTACCACTGTTCCTTAGCTACTTGCTTGGGGCT
genomic: GGAAACCAGCAGCCCAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtatgctatc ... gtttatgcagATACCTATCTGGAATGATGTACCACTGTTCCTTAGCTACTTGCTTGGGGCT
EST: gi|88235977|gb|CI235179.1|CI235179
EST:     GGAAACCAGCAGCCCAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAG                         ATACCTATCTGGAATGATGTACCACCGTTCCTTAGCTACTTGCTTGGGGCT
genomic: GGAAACCAGCAGCCCAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtatgctatc ... gtttatgcagATACCTATCTGGAATGATGTACCACTGTTCCTTAGCTACTTGCTTGGGGCT
EST: gi|396941482|gb|HO188691.1|HO188691
EST:     GGAAACCAGCAGCCCAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAG                         ATACCTATCTGGAATGATGTACCACTGTTCCTTAGCTACTTGCTTGGGGCT
genomic: GGAAACCAGCAGCCCAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtatgctatc ... gtttatgcagATACCTATCTGGAATGATGTACCACTGTTCCTTAGCTACTTGCTTGGGGCT
EST: gi|88197742|gb|CI197592.1|CI197592
EST:     GGAAACCAGCAGCCCAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAG                         ATACCTATCTGGAATGATGTACCACTGTTCCTTAGCTACTTGCTTGGGGCT
genomic: GGAAACCAGCAGCCCAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtatgctatc ... gtttatgcagATACCTATCTGGAATGATGTACCACTGTTCCTTAGCTACTTGCTTGGGGCT
EST: gi|86413268|gb|CI067673.1|CI067673
EST:     GGGAACCAGCAGCCCAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAG                         ATACCTATCTGGAATGATGTACCACTGTTCCTGAGCTACTTGCTTGGGGCT
genomic: GGAAACCAGCAGCCCAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtatgctatc ... gtttatgcagATACCTATCTGGAATGATGTACCACTGTTCCTTAGCTACTTGCTTGGGGCT
EST: gi|27547087|gb|CA765261.2|CA765261
EST:     GGAAACCAGCAGCCCAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAG                         ATACCTATCTGGAATGATGTACCACTGTTCCTTAGCTACTTGCTTGGGGCT
genomic: GGAAACCAGCAGCCCAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtatgctatc ... gtttatgcagATACCTATCTGGAATGATGTACCACTGTTCCTTAGCTACTTGCTTGGGGCT
EST: gi|88901705|gb|CI001813.1|CI001813
EST:     GGAAACCAGCAGCCCAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAG                         ATACCTATCTGGAATGATGTACCACTGTTCCTTAGCTACTTGCTTGGGGCT
genomic: GGAAACCAGCAGCCCAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtatgctatc ... gtttatgcagATACCTATCTGGAATGATGTACCACTGTTCCTTAGCTACTTGCTTGGGGCT
EST: gi|29683740|gb|CB680015.1|CB680015
EST:     GGAAACCAGCAGCCCAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAG                         ATACCTATCTGGAATGATGTACCACTGTTCCTTAGCTACTTGCTTGGGGCT
genomic: GGAAACCAGCAGCCCAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtatgctatc ... gtttatgcagATACCTATCTGGAATGATGTACCACTGTTCCTTAGCTACTTGCTTGGGGCT
EST: gi|88225315|gb|CI225231.1|CI225231
EST:     CAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAG                         ATACCTATCTGGAATGATGTACCACTGTTCCTCAGCTACTTGCTTGGGGCT
genomic: CAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtatgctatc ... gtttatgcagATACCTATCTGGAATGATGTACCACTGTTCCTTAGCTACTTGCTTGGGGCT
EST: gi|86823718|gb|CI258766.1|CI258766
EST:     GGAAACCAGCAGCCCAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAG                         ATACCTATCTGGAATGATGTACCACTGTTCCTTAGCTACTTGCTTGGGGCT
genomic: GGAAACCAGCAGCCCAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtatgctatc ... gtttatgcagATACCTATCTGGAATGATGTACCACTGTTCCTTAGCTACTTGCTTGGGGCT
EST: gi|89162340|gb|CI104668.1|CI104668
EST:     GGAAACCAGCAGCCCAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTNGGCTGAAG                         ATACCTATCTGGAATGATGTACCACTGTTCCTTAGCTACTTGCTGGGGGCT
genomic: GGAAACCAGCAGCCCAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtatgctatc ... gtttatgcagATACCTATCTGGAATGATGTACCACTGTTCCTTAGCTACTTGCTTGGGGCT
EST: gi|15851565|gb|BI799841.1|BI799841
EST:     GG-AACCAGCAGCCCAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAG                         ATACCTATCTGGAATGATGTACCACTGTTCCTTAGCTACTTGCTTGGGGCT
genomic: GGAAACCAGCAGCCCAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtatgctatc ... gtttatgcagATACCTATCTGGAATGATGTACCACTGTTCCTTAGCTACTTGCTTGGGGCT
EST: gi|86480506|gb|CI123139.1|CI123139
EST:     GGAAACCAGCAGCCCGATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAG                         ATACCTATCTGGAATGATGTACCACTGTTCCTTAGCTACTTGCTTGGGGCT
genomic: GGAAACCAGCAGCCCAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtatgctatc ... gtttatgcagATACCTATCTGGAATGATGTACCACTGTTCCTTAGCTACTTGCTTGGGGCT
EST: gi|87004392|gb|CI298924.1|CI298924
EST:     GGAAACCAGCAGCCCAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAG                         ATACCTATCTGGAATGATGTACCACTGTTCCTTAGCTACTTGCTTGGGGCT
genomic: GGAAACCAGCAGCCCAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtatgctatc ... gtttatgcagATACCTATCTGGAATGATGTACCACTGTTCCTTAGCTACTTGCTTGGGGCT
EST: gi|58694597|gb|CK083284.1|CK083284
EST:     GGAAACCAGCAGCCCAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAG                         ATACCTATCTGGAATGATGTACCACTGTTCCTTAGCTACTTGCTTGGGGCT
genomic: GGAAACCAGCAGCCCAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtatgctatc ... gtttatgcagATACCTATCTGGAATGATGTACCACTGTTCCTTAGCTACTTGCTTGGGGCT
EST: gi|86490192|gb|CI132825.1|CI132825
EST:     GGAAACCAGCAGCCCAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAG                         ATACCTATCTGGAATGATGTACCACTGTTCCTTAGCTACTTGCTTGGGGCT
genomic: GGAAACCAGCAGCCCAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtatgctatc ... gtttatgcagATACCTATCTGGAATGATGTACCACTGTTCCTTAGCTACTTGCTTGGGGCT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 74 (upstream exon), 24 (downstream exon)
Score: 7

AAGATGATGCCATGCCCTCAGGTGACAACGCTCAAAACGGCTTCAACTTTGGAAACCAGCAGCCCAATGTTCCATCGGGTGGATTCAACTTTGGCTGAAGgtatgctatc ... gtttatgcagATACCTATCTGGAATGATGTACCACTGTTCCTTAGCTACTTGCTTGGGGCTAGTCAGAGTTGGGGGAGTCTTGTCGTTGGAGTCTTGGTTGGGTCCTGGC




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgtggttgatcatggggatggtgttttctgatcgatataaatattgtttatgcagATACCTATCTGGAATGATGTACCACTGTTCCTTAGCTACTTGCTTGGGGCTAGTCAGAGTTGGGGGAGTCTTGTCGTTGGAGTCTTGGTTGGGTCCTGGC
                         ttctgat  putative branch site (score: 7)
                              atcgatataaatattg  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgctatctttagcagttaaactaagtaggattgtggttgatcatggggatggtgttttctgatcgatataaatattgtttatgcagATACCTATCTGGAATGATGTACCACTGTTCCTTAGCTACTTGCTTGGGGCTAGTCAGAGTTGGGGGAGTCTTGTCGTTGGAGTCTTGGTTGGGTCCTGGC

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TTGGAG