Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtttgcagtagtgcttatgtgtcactatgtgaaagagatacccatgcgtgctatggctaacgtcctcgatgctatttgcagAGGCTTCAATGATGCTGTCAATGGATTCCCGGATGATGGCTGGTCACTGATGAGCAGCGATGGTGCTGAGGATGTGACAATTGCTTTTAACTCATCTCCA

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os03g43930.2
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os03g43930.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 10
lower sequence: GRMZM2G423337_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
gtttgcagtagtgcttatgtgtc----------------actatgtgaaagagat------acccat-gcgtgctatggctaacgtcctcgatgctatttgcagAGGCTTCAATGATGCTGTCAATGGATTCCCGGATGATGGCTGGTCACTGATGAGCAGCGATGGTGCTGAGGATGTGACAATTGCTTTTAACTCATCTCCA
|||||  || ||| | ||||||                  || | ||||     |      ||||||  | ||  |   ||||| || |  |||  |||| ||| || |||||||||||||||||||| || || ||||| || ||||||||||||||||| || |||||||||||||| || |||||| | ||||| ||||||
gtttgtggtcgtgttcatgtgttctcatttaccatttgtgctgtttgaatttattgccaggacccatcacatggcacttctaacttctttaatgtaatttacagGGGTTTCAATGATGCTGTCAATGGGTTTCCAGATGACGGTTGGTCACTGATGAGCAGTGACGGTGCTGAGGATGTTACTATTGCTATCAACTCTTCTCCA

upper sequence: LOC_Os03g43930.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 10
lower sequence: GLYMA09G02750.1 (Glycine max), 3'ss of exon 10
---------------------------------------------------------------------------------------------------------gtttgcagtagtgcttatgtgtcactatgtgaaagagatacccatgcgtgctatggctaacgtcctcga--tgctatttgcagAGGCTTCAATGATGCTGTCAATGGATTCCCGGATGATGGCTGGTCACTGATGAGCAGCGATGGTGCTGAGGATGTGACAATTGCTTTTAACTCATCTCCA
                                                                                                          ||   | |  |||| |  |   |   |||  |  |      |||      |||   ||   |     |  |||  | |  || ||||| ||||||||||| ||||||||    ||||||||||||||||||||| | |  ||||| |  || ||||||||||| ||  | ||||||||||||
gtaaggccttagtgtcctttgtatgtcaaaccatgcattgtgcattttaattattggctgggtacttttttttcatgtgattaagtagcagttgattcattaatcattcttattcttgctaaaatccaatcttgttcataatcacaacatcataattattaatattttatcgaaattgcattgtttagGGGCTTTAATGATGCTGTGAATGGATTTGTTGATGATGGCTGGTCACTGATGGGTACTGATGGGGTGGAAGATGTGACAATAGCCATAAACTCATCTCCA

upper sequence: LOC_Os03g43930.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 10
lower sequence: GLYMA05G30000.1 (Glycine max), 3'ss of exon 10
----------------------gtttgcagtagtgcttatgtgtcactatgtgaaagagatacccatgcgtgct-atggctaacgtcctcgatgctatttgcagAGGCTTCAATGATGCTGTCAATGGATTCCCGGATGATGGCTGGTCACTGATGAGCAGCGATGGTGCTGAGGATGTGACAATTGCTTTTAACTCATCTCCA
                      | |||||    ||   || ||                  | | || | |||| |    |||  |  |  |   |  ||  ||||| ||||||||||||||||| || ||   ||||||||| |||||||||||| | |  ||||| |  || |||||||| || ||  | ||||| ||||| 
gtaaggccctttcatatttggtggttgcatagttggacatttgattaatcactttgtcttcatcaatccttgctgactaataattttttaaaatttgatt-tagAGGGTTCAATGATGCTGTCAACGGGTTTGTGGATGATGGTTGGTCACTGATGGGTAATGATGGGGTGGAAGATGTGACCATAGCCATAAACTCGTCTCCC

upper sequence: LOC_Os03g43930.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 10
lower sequence: AT2G34710.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 9
gtttgcagtagtgcttatgtgtcactatgtgaaagagatacccatgcgtgctatggctaac-gtcctcgatgct---atttgcagAGGCTTCAATGATGCTGTCAATGGATTCCCGGATGATGGCTGGTCACTGATGAGCAGCGATGGTGCTGAGGATGTGACAATTGCTTTTAACTCATCTCCA
||  | |       |  |   |  || | | |   |||    | |   | ||    ||||  || |   |||     | || ||| || |||||||||||||| ||||| ||   ||||||||| |||||||  ||| | ||||||||||| |||||||| ||  |     | ||||  || || 
gtaagtatctactttacttaatagctttatcaccaagaatttcttttattcttattctaattgttcaatatggatgaactttcagGGGTTTCAATGATGCTGTTAATGGTTTTGTGGATGATGGATGGTCACCAATGGGTAGCGATGGTGCAGAGGATGTTACTGTAATGATAAACTTGTCCCCT

upper sequence: LOC_Os03g43930.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 10
lower sequence: PP1S188_95V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 10
--------------------------------gtttgcagtagtgcttatgtg-tcactatg-tgaaagagatacccatgcgtgctatggctaacgtc----ctcgatgctatt--tgcagAGGCTTCAATGATGCTGTCAATGGATTCCCGGATGATGGCTGGTCACTGATGAGCAGCGATGGTGCTGAGGATGTGACAATTGCTTTTAACTCATCTCCA
                                 |||  | |||   |  || | ||| |  | | |  | | |   |    |||||   |   |  |      |   | | |||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||      |     | |||||||   || || || |   |     | ||  || | || 
gtgagttctgccttcagaggataattttttgtcttttgactagaaatggtgaggtcattgagattactgtggtgatctctggtgcttctgtagaaataagagttttctcccattggtgcagGGGCTTCAATGATGCTGTCAATGGATTTGGAGATGATGGCTGGGAGACTACAGTAACCGATGGTCTGGATGACGTTAGTGTGATGGTCAATGCAACCCCC

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58673031|gb|CK061717.1|CK061717
EST:     GGGGGCCGTCAGCCAGCAGTTCTGAGAACATTTAGTCAGAGGCTAAGCAG                         AGGCTTCAATGATTGCTGTCAATGGATTCCCAGATGATGGCTGGTCACTGA
genomic: GGGGGCCGTCAGCCAGCAGTTCTGAGAACATTTAGTCAGAGGCTAAGCAGgtttgcagta ... ctatttgcagAGGCTTCAATGA-TGCTGTCAATGGATTCCCGGATGATGGCTGGTCACTGA
EST: gi|29625769|gb|CB630780.1|CB630780
EST:     GGGGGCCGTCAGCCAGCAGTTCTGAGAACATTTAGTCAGAGGCTAAGCAG                         AGGCTTCAATGATGCTNGTCA-TGGATTCC
genomic: GGGGGCCGTCAGCCAGCAGTTCTGAGAACATTTAGTCAGAGGCTAAGCAGgtttgcagta ... ctatttgcagAGGCTTCAATGATGCT-GTCAATGGATTCC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atgtgaaagagatacccatgcgtgctatggctaacgtcctcgatgctatttgcagAGGCTTCAATGATGCTGTCAATGGATTCCCGGATGATGGCTGGTCACTGATGAGCAGCGATGGTGCTGAGGATGTGACAATTGCTTTTAACTCATCTCCA
                            ggctaac  putative branch site (score: 2)
                                              tattt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtttgcagtagtgcttatgtgtcactatgtgaaagagatacccatgcgtgctatggctaacgtcctcgatgctatttgcagAGGCTTCAATGATGCTGTCAATGGATTCCCGGATGATGGCTGGTCACTGATGAGCAGCGATGGTGCTGAGGATGTGACAATTGCTTTTAACTCATCTCCA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGGATG