Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tatatttttgttttttgcgggacaatttagattatcttgctggttaatgtacaatataaaactttcctgcactgtattgaatcattctcttgaccgccagGTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGACCAAGGGAAGAGGATTCTAAAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os02g40830.1
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os02g40830.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 10
lower sequence: GRMZM2G064695_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 10
tatatttttgttttttgcgggacaatttagattatcttgctggttaatgtacaatataaaactttcctgcactgtattgaatcattctcttgacc-------gccagGTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGACCAAGGGAAGAGGATTCTAAAG
               |  ||  ||  ||   |||     |||    ||||| |    |    |||| || |||| ||   ||  ||   ||| ||       | |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||
------aacaccccataaggatcatgtttttttaggac-ctgtgctatgtatatctcaggtttttcttgtactgaatattattgttaatttgcccaaccgttgtcagGTTGACCTGAAAGTTCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTAGACCAAGGAAAGAGGATTCTTAAG

upper sequence: LOC_Os02g40830.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 10
lower sequence: Vv07s0005g03790.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 10
-tatatttttgttttttgcgggacaatttagattatcttgctggttaatgtacaatataaaactttcctgcac-tgtattgaatcattctcttgaccgcc------agGTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGACCAAGGGAAGAGGATTCTAAAG
 | ||  ||   ||| |  || ||  | |    ||  ||  ||  |  |  | ||| |||   ||| |||||  | | ||  | | ||   ||||  |        |||||   || || || || || ||||||||| | ||||||||||||||||||||||| || || ||||| |||
atttaggttcagtttct-tggtaccctctgacctaagtt--tgact--tagataatttaa---ttttctgcaaatatgttctaacttttgtttgattggattttgaagGTTTCACTAAAAGTACCGGTGGTTGTTCGGCTTGAAGGCACCAATGTTGACCAAGGAAAAAGAATTCTGAAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58589675|gb|CF987983.1|CF987983
EST:     TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAG                         GTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
genomic: TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAGgtttgtcttc ... tgaccgccagGTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
EST: gi|89193215|gb|CI050513.1|CI050513
EST:     TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCCAAACAG                         GTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
genomic: TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAGgtttgtcttc ... tgaccgccagGTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
EST: gi|88837352|gb|CI078712.1|CI078712
EST:     TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAG                         GTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
genomic: TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAGgtttgtcttc ... tgaccgccagGTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
EST: gi|86827774|gb|CI272963.1|CI272963
EST:     TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAG                         GTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
genomic: TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAGgtttgtcttc ... tgaccgccagGTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
EST: gi|33688589|gb|CF316828.1|CF316828
EST:     TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAG                         GTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
genomic: TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAGgtttgtcttc ... tgaccgccagGTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
EST: gi|218478127|gb|FG953382.1|FG953382
EST:     TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAG                         GTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
genomic: TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAGgtttgtcttc ... tgaccgccagGTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
EST: gi|7378380|gb|AU088651.1|AU088651
EST:     TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAG                         GTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
genomic: TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAGgtttgtcttc ... tgaccgccagGTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
EST: gi|86433736|gb|CI094079.1|CI094079
EST:     TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAG                         GTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
genomic: TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAGgtttgtcttc ... tgaccgccagGTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
EST: gi|29632940|gb|CB637949.1|CB637949
EST:     TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAG                         GTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
genomic: TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAGgtttgtcttc ... tgaccgccagGTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
EST: gi|88906319|gb|CI375391.1|CI375391
EST:     TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAG                         GTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
genomic: TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAGgtttgtcttc ... tgaccgccagGTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
EST: gi|88263204|gb|CI366978.1|CI366978
EST:     TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAG                         GTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
genomic: TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAGgtttgtcttc ... tgaccgccagGTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
EST: gi|88994236|gb|CI116200.1|CI116200
EST:     TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCCAAACAG                         GTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
genomic: TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAGgtttgtcttc ... tgaccgccagGTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
EST: gi|86821045|gb|CI357710.1|CI357710
EST:     TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAG                         GTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
genomic: TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAGgtttgtcttc ... tgaccgccagGTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
EST: gi|86435023|gb|CI106256.1|CI106256
EST:     TGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAG                         GTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
genomic: TGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAGgtttgtcttc ... tgaccgccagGTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
EST: gi|86414099|gb|CI068502.1|CI068502
EST:     TCATGAAATGTGATATGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAG                         GTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
genomic: TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAGgtttgtcttc ... tgaccgccagGTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
EST: gi|86492263|gb|CI134896.1|CI134896
EST:     ATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAG                         GTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
genomic: ATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAGgtttgtcttc ... tgaccgccagGTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
EST: gi|88250954|gb|CI349184.1|CI349184
EST:     TCATGAAATGTGATGTGATAGCAACTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAG                         GTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
genomic: TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAGgtttgtcttc ... tgaccgccagGTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
EST: gi|58658521|gb|CK047201.1|CK047201
EST:     GAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAG                         GTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
genomic: GAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAGgtttgtcttc ... tgaccgccagGTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
EST: gi|86841053|gb|CI342839.1|CI342839
EST:     TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAG                         GTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
genomic: TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAGgtttgtcttc ... tgaccgccagGTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
EST: gi|86835409|gb|CI347866.1|CI347866
EST:     TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAG                         GTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
genomic: TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAGgtttgtcttc ... tgaccgccagGTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
EST: gi|88989804|gb|CI107491.1|CI107491
EST:     TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAG                         GTTGACCTGAAGGTGCCTTTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
genomic: TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAGgtttgtcttc ... tgaccgccagGTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
EST: gi|86863598|gb|CI345277.1|CI345277
EST:     TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAG                         GTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
genomic: TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAGgtttgtcttc ... tgaccgccagGTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
EST: gi|86484646|gb|CI127279.1|CI127279
EST:     TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAG                         GTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
genomic: TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAGgtttgtcttc ... tgaccgccagGTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
EST: gi|29662329|gb|CB658604.1|CB658604
EST:     TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAG                         GTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
genomic: TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAGgtttgtcttc ... tgaccgccagGTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
EST: gi|89192947|gb|CI050245.1|CI050245
EST:     TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCCAAACAG                         GTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
genomic: TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAGgtttgtcttc ... tgaccgccagGTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
EST: gi|88837962|gb|CI371540.1|CI371540
EST:     TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAG                         CTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
genomic: TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAGgtttgtcttc ... tgaccgccagGTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
EST: gi|86415306|gb|CI069709.1|CI069709
EST:     TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAG                         GTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
genomic: TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAGgtttgtcttc ... tgaccgccagGTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
EST: gi|86843485|gb|CI339552.1|CI339552
EST:     CATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAG                         CTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
genomic: CATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAGgtttgtcttc ... tgaccgccagGTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
EST: gi|58689592|gb|CK078279.1|CK078279
EST:     TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAG                         GTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
genomic: TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAGgtttgtcttc ... tgaccgccagGTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
EST: gi|86832419|gb|CI342073.1|CI342073
EST:     TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAG                         GTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
genomic: TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAGgtttgtcttc ... tgaccgccagGTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
EST: gi|88382479|gb|CI535687.1|CI535687
EST:     TGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAG                         GTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
genomic: TGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAGgtttgtcttc ... tgaccgccagGTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
EST: gi|86851620|gb|CI315198.1|CI315198
EST:     TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCACCAAAACAG                         GTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
genomic: TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAGgtttgtcttc ... tgaccgccagGTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
EST: gi|88964277|gb|CI045470.1|CI045470
EST:     TCATGAAATGTAATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAG                         GTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
genomic: TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAGgtttgtcttc ... tgaccgccagGTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
EST: gi|86487662|gb|CI130295.1|CI130295
EST:     TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAG                         GTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
genomic: TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAGgtttgtcttc ... tgaccgccagGTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
EST: gi|88839145|gb|CI378069.1|CI378069
EST:     TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATACTGAATGCACCAAAACAG                         GTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
genomic: TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAGgtttgtcttc ... tgaccgccagGTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
EST: gi|58591129|gb|CF989437.1|CF989437
EST:     TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAG                         GTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
genomic: TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAGgtttgtcttc ... tgaccgccagGTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
EST: gi|88245278|gb|CI245127.1|CI245127
EST:     AATGCAGCAAAACAG                         GTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
genomic: AATGCAGCAAAACAGgtttgtcttc ... tgaccgccagGTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
EST: gi|88446520|gb|CI536551.1|CI536551
EST:     GATGNTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAG                         GTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
genomic: GATG-TGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAGgtttgtcttc ... tgaccgccagGTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
EST: gi|88907067|gb|CI376139.1|CI376139
EST:     TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCACCAAAACAG                         GTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
genomic: TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAGgtttgtcttc ... tgaccgccagGTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
EST: gi|86867753|gb|CI342701.1|CI342701
EST:     TGCAGCAAAACAG                         GTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
genomic: TGCAGCAAAACAGgtttgtcttc ... tgaccgccagGTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
EST: gi|58613265|gb|CK040977.1|CK040977
EST:     TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAG                         GTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
genomic: TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAGgtttgtcttc ... tgaccgccagGTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
EST: gi|88996905|gb|CI389571.1|CI389571
EST:     TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAG                         GTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATCTTGAC
genomic: TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAGgtttgtcttc ... tgaccgccagGTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
EST: gi|29662111|gb|CB658386.1|CB658386
EST:     TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAG                         GTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
genomic: TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAGgtttgtcttc ... tgaccgccagGTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
EST: gi|58680521|gb|CK069208.1|CK069208
EST:     TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAG                         GTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
genomic: TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAGgtttgtcttc ... tgaccgccagGTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
EST: gi|86501937|gb|CI144570.1|CI144570
EST:     TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAG                         GTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
genomic: TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAGgtttgtcttc ... tgaccgccagGTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
EST: gi|88257659|gb|CI360245.1|CI360245
EST:     GATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAG                         GTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
genomic: GATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAGgtttgtcttc ... tgaccgccagGTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
EST: gi|86600824|gb|CI356581.1|CI356581
EST:     TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAG                         GTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
genomic: TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAGgtttgtcttc ... tgaccgccagGTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
EST: gi|88276830|gb|CI395993.1|CI395993
EST:     TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAG                         GTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
genomic: TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAGgtttgtcttc ... tgaccgccagGTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
EST: gi|88248561|gb|CI248410.1|CI248410
EST:     TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAG                         GTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
genomic: TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAGgtttgtcttc ... tgaccgccagGTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
EST: gi|88837181|gb|CI078541.1|CI078541
EST:     TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAG                         GTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
genomic: TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAGgtttgtcttc ... tgaccgccagGTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
EST: gi|88955385|gb|CI091477.1|CI091477
EST:     TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAG                         GTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
genomic: TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAGgtttgtcttc ... tgaccgccagGTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
EST: gi|88218703|gb|CI218552.1|CI218552
EST:     TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAATACAG                         TTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
genomic: TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAGgtttgtcttc ... tgaccgccagGTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
EST: gi|86869426|gb|CI346286.1|CI346286
EST:     TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAG                         GTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
genomic: TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAGgtttgtcttc ... tgaccgccagGTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
EST: gi|88380358|gb|CI518728.1|CI518728
EST:     TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAG                         GTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
genomic: TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAGgtttgtcttc ... tgaccgccagGTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
EST: gi|88247312|gb|CI247161.1|CI247161
EST:     TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAG                         GTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
genomic: TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAGgtttgtcttc ... tgaccgccagGTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
EST: gi|14192047|gb|AU184258.1|AU184258
EST:     TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAG                         GTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
genomic: TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAGgtttgtcttc ... tgaccgccagGTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
EST: gi|86421076|gb|CI057065.1|CI057065
EST:     TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAG                         GTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
genomic: TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAGgtttgtcttc ... tgaccgccagGTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
EST: gi|88982951|gb|CI250555.1|CI250555
EST:     TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAG                         GTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
genomic: TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAGgtttgtcttc ... tgaccgccagGTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
EST: gi|2799259|gb|AA753784.1|AA753784
EST:     TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAG                         GTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
genomic: TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAGgtttgtcttc ... tgaccgccagGTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
EST: gi|88245577|gb|CI245426.1|CI245426
EST:     TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAG                         GTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
genomic: TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAGgtttgtcttc ... tgaccgccagGTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
EST: gi|86597133|gb|CI272728.1|CI272728
EST:     TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAG                         GTTGACCTGAAGGTGCCTGCTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC
genomic: TCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAGgtttgtcttc ... tgaccgccagGTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGAC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 60 (upstream exon), 72 (downstream exon)
Score: 71

GACTTCCGATGATAGAGTGAAGGCTATTCTAGTGAACATTTTTGGTGGTATCATGAAATGTGATGTGATAGCAAGTGGAATAGTGAATGCAGCAAAACAGgtttgtcttc ... tgaccgccagGTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGACCAAGGGAAGAGGATTCTAAAG




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aatgtacaatataaaactttcctgcactgtattgaatcattctcttgaccgccagGTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGACCAAGGGAAGAGGATTCTAAAG
                                          tcttgac  putative branch site (score: 71)
                                    tcattctctt  CT-rich tract
     acaatataaaacttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tatatttttgttttttgcgggacaatttagattatcttgctggttaatgtacaatataaaactttcctgcactgtattgaatcattctcttgaccgccagGTTGACCTGAAGGTGCCTGTTGTTGTTCGGTTGGAAGGCACCAATGTTGACCAAGGGAAGAGGATTCTAAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGGAT
- - - - - -tttttgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - -cttgctg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgtattg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cattctc