Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgcttgggatttatactgcctccaaaattgcattagttgttgaatggattttccatgtactgacctggtgctattttaatagGTTCTGGGAGCCTACCTATGAAGATTGCTTAAATTTGATAGCTCGCCTTCCAGCAGTGGCTTCATATGTTTACCGGAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os02g10070.2
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os02g10070.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 10
lower sequence: GRMZM2G064023_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 11
gtatgcttgggatttatactgcctccaaaattgcattagttgttgaatggat--tttccatgtactgacctggtgctattttaatagGTTCTGGGAGCCTACCTATGAAGATTGCTTAAATTTGATAGCTCGCCTTCCAGCAGTGGCTTCATATGTTTACCGGAG
|||  |||||||||| ||||| | |     |    |||  |||| | ||| |  ||||||||   |   |   |  | |||  ||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||  |||| ||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||
gtaaacttgggatttgtactgtcac-----tcattttatgtgttcagtggttgctttccatggtgttcacaattattgtttgtatagGTTTTGGGAGCCTACTTATGAAGACTGCTTAAACATGATTGCTCGGCTTCCACCAGTGGCTTCTTATGTTTACCGGAG

upper sequence: LOC_Os02g10070.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 10
lower sequence: GRMZM2G063851_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 11
gtatgcttgggatttatactgcctccaaaattgcattagttgttgaatggattttccatgtactgacctgg--tgctattttaatagGTTCTGGGAGCCTACCTATGAAGATTGCTTAAATTTGATAGCTCGCCTTCCAGCAGTGGCTTCATATGTTTACCGGAG
|||  |||||||||| |||||||||| |  ||   |||  |||| | ||| |  |   | |  ||  |     |  | |||  ||||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||
gtaaacttgggatttgtactgcctccca--ttttcttatgtgttcagtggttgctttctatggtggtcaaaattattgtttgtatagGTTTTGGGAGCCTACTTATGAAGACTGCTTAAATTTGATTGCTCGGCTTCCACCAGTGGCTTCTTATGTTTACCGGAG

upper sequence: LOC_Os02g10070.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 10
lower sequence: GRMZM2G063909_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 9
gtatgcttgggatttatactgcctccaaaattgcattagttgttgaatggattttccatgtactgacctggtgctattttaatagGTTCTGGGAGCCTACCTATGAAGATTGCTTAAATTTGATAGCTCGCCTTCCAGCAGTGGCTTCATATGTTTACCGGAG
|||  |||||||||    |    | |  || ||  | ||| ||||       ||| ||||   |   |   |  | |||  ||||| | ||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||
gtaaacttgggattccacccattttcttaagtgt-tcagtggttg------cttttcatggtgttcacaattattgtttgtatagGCTTTGGGAGCCTACTTATGAAGACTGCTTAAATTTGATTGCTCGGCTTCCACCAGTGGCTTCTTATGTTTACCGGAG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58695418|gb|CK084105.1|CK084105
EST:     GTGGAGAGTGAGTTTCAAAAAGCCTATGACAAAGGAATGTCAAAATCAAA                         GTTCTGGGAGCCTACCTATGAAGATTGCTTAAATTTGATAGCTCGCCTTCC
genomic: GTGGAGAGTGAGTTTCAAAAAGCCTATGACAAAGGAATGTCAAAATCAAAgtatgcttgg ... attttaatagGTTCTGGGAGCCTACCTATGAAGATTGCTTAAATTTGATAGCTCGCCTTCC
EST: gi|29614058|gb|CB619071.1|CB619071
EST:     GTGGAGAGTGAGTTTCAAAAAGCCTATGACAAAGGAATGTCAAAATCAAA                         GTTCTGGGAGCCTACCTATGAAGATTGCTTAAATTTGATAGCTCGCCTTCC
genomic: GTGGAGAGTGAGTTTCAAAAAGCCTATGACAAAGGAATGTCAAAATCAAAgtatgcttgg ... attttaatagGTTCTGGGAGCCTACCTATGAAGATTGCTTAAATTTGATAGCTCGCCTTCC
EST: gi|14571277|gb|BI118645.1|BI118645
EST:     GTGGAGAGTGAGTTTCAAAAAGCCTATGACAAAGGAATGTCAAAATCAAA                         GTTCTGGGAGCCTACCTATGAAGATTGCTTAAATTTGATAGCTCGCCTTCC
genomic: GTGGAGAGTGAGTTTCAAAAAGCCTATGACAAAGGAATGTCAAAATCAAAgtatgcttgg ... attttaatagGTTCTGGGAGCCTACCTATGAAGATTGCTTAAATTTGATAGCTCGCCTTCC
EST: gi|58599089|gb|CK009617.1|CK009617
EST:     GTGGAGAGTGAGTTTCAAAAAGCCTATGACAAAGGAATGTCAAAATCAAA                         GTTCTGGGAGCCTACCTATGAAGATTGCTTAAATTTGATAGCTCGCCTTCC
genomic: GTGGAGAGTGAGTTTCAAAAAGCCTATGACAAAGGAATGTCAAAATCAAAgtatgcttgg ... attttaatagGTTCTGGGAGCCTACCTATGAAGATTGCTTAAATTTGATAGCTCGCCTTCC
EST: gi|33794508|gb|CF323141.1|CF323141
EST:     GTGGAGAGTGAGTTTCAAAAAGCCTATGACAAAGGAATGTCAAAATCAAA                         GTTCTGGGAGCCTACCTATGAAGATTGCTTAAATTTGATAGCTCGCCTTCC
genomic: GTGGAGAGTGAGTTTCAAAAAGCCTATGACAAAGGAATGTCAAAATCAAAgtatgcttgg ... attttaatagGTTCTGGGAGCCTACCTATGAAGATTGCTTAAATTTGATAGCTCGCCTTCC
EST: gi|58668188|gb|CK056874.1|CK056874
EST:     GTGGAGAGTGAGTTTCAAAAAGCCTATGACAAAGGAATGTCAAAATCAAA                         GTTCTGGGAGCCTACCTATGAAGATTGCTTAAATTTGATAGCTCGCCTTCC
genomic: GTGGAGAGTGAGTTTCAAAAAGCCTATGACAAAGGAATGTCAAAATCAAAgtatgcttgg ... attttaatagGTTCTGGGAGCCTACCTATGAAGATTGCTTAAATTTGATAGCTCGCCTTCC
EST: gi|29614020|gb|CB619033.1|CB619033
EST:     GTGGAGAGTGAGTTTCAAAAAGCCTATGACAAAGGAATGTCAAAATCAAA                         GTTCTGGGAGCCTACCTATGAAGATTGCTTAAATTTGAT
genomic: GTGGAGAGTGAGTTTCAAAAAGCCTATGACAAAGGAATGTCAAAATCAAAgtatgcttgg ... attttaatagGTTCTGGGAGCCTACCTATGAAGATTGCTTAAATTTGAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttgcattagttgttgaatggattttccatgtactgacctggtgctattttaatagGTTCTGGGAGCCTACCTATGAAGATTGCTTAAATTTGATAGCTCGCCTTCCAGCAGTGGCTTCATATGTTTACCGGAG
                              tactgac  putative branch site (score: 1)
                                           ctatttt  putative PPT
                                            tattttaata  TA-rich tract