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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgttcattctttttttttcctgttggttaccagtcgttgacaaattgaatagcggcataacatctgttcttaagctttgacagGGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os02g01100.2
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|89168324|gb|CI109528.1|CI109528
EST:     CTCATTGCTCTATCTGTCCCCTTCTTTG                         GGCTAGTTATGGCGTTGTTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTG
genomic: CTCATTGCTCTATCTGTCCCCTTCTTTGgtatgttcat ... gctttgacagGGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTG
EST: gi|89167449|gb|CI038956.1|CI038956
EST:     CTCCCTGGTGGTCTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTCCCCTTCTTTG                         GGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTG
genomic: CTCCCTGGTGGTCTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTCCCCTTCTTTGgtatgttcat ... gctttgacagGGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTG
EST: gi|88544177|gb|CI474251.1|CI474251
EST:     ACCCTCCTCATTGCTGTATCTGTCCCCTTCTTTG                         GGCTAGTTATGGGCGTTGGTTGTTTCTTTACTCACCATGCTTGTG
genomic: ACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTCCCCTTCTTTGgtatgttcat ... gctttgacagGGCTAGTTAT-GGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTG
EST: gi|29678444|gb|CB674719.1|CB674719
EST:     CTCCCTGGTGGTCTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTCCCCTTCTTTG                         GGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTG
genomic: CTCCCTGGTGGTCTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTCCCCTTCTTTGgtatgttcat ... gctttgacagGGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTG
EST: gi|88543000|gb|CI472364.1|CI472364
EST:     CT-CCTGGTGGTCTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTCCCCTTCTTTG                         GGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTG
genomic: CTCCCTGGTGGTCTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTCCCCTTCTTTGgtatgttcat ... gctttgacagGGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTG
EST: gi|27548100|gb|CA766182.2|CA766182
EST:     CTCCCTGGTGGTCTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTCCCCTTCTTTG                         GGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTG
genomic: CTCCCTGGTGGTCTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTCCCCTTCTTTGgtatgttcat ... gctttgacagGGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTG
EST: gi|86498766|gb|CI141399.1|CI141399
EST:     CTCCCTGGTGGTCTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTCCCCTTCTTTG                         GGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTG
genomic: CTCCCTGGTGGTCTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTCCCCTTCTTTGgtatgttcat ... gctttgacagGGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTG
EST: gi|40494256|gb|BX901140.1|BX901140
EST:     CCCCTT-TTTGG                         GGCTAGTTAGGGCTTTGTTTGTTTCTTTACTCACCATGCTTGTG
genomic: CCCCTTCTTT-Ggtatgttcat ... gctttgacagGGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTG
EST: gi|18386237|gb|BM419436.1|BM419436
EST:     CTCCCTGGTGGTCTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTCCCCTTCTTTG                         GGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTG
genomic: CTCCCTGGTGGTCTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTCCCCTTCTTTGgtatgttcat ... gctttgacagGGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTG
EST: gi|29663318|gb|CB659593.1|CB659593
EST:     CTCCCTGGTGGTCTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTCCCCTTCTTTG                         GGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTG
genomic: CTCCCTGGTGGTCTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTCCCCTTCTTTGgtatgttcat ... gctttgacagGGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTG
EST: gi|86429995|gb|CI082418.1|CI082418
EST:     CTCCCTGGTGGTCTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTCCCCTTCTTTG                         GGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTG
genomic: CTCCCTGGTGGTCTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTCCCCTTCTTTGgtatgttcat ... gctttgacagGGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTG
EST: gi|29659581|gb|CB655856.1|CB655856
EST:     CTCCCTGGTGGTCTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTCCCCTTCTTTG                         GGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTG
genomic: CTCCCTGGTGGTCTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTCCCCTTCTTTGgtatgttcat ... gctttgacagGGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

accagtcgttgacaaattgaatagcggcataacatctgttcttaagctttgacagGGCTAGTTATGGCGTTGGTTGGTTCTTTACTCACCATGCTTGTG
                          gcataac  putative branch site (score: 3)
             aaattgaata  TA-rich tract