Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaggtaacttgttttgttgtttaaaattctctgagaagcttttctcacatgtgtcatgatcttgacttctggtagGTATGAGCATCGTCTCATCGATGACATGGTTGCTTATGCACTTAAGAGTGAAGGGGGCTATGTGTGGGCTTGCAAGAATTACGATGGAGATGTGCAGAGT

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g46610.1
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g46610.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 10
lower sequence: GRMZM2G432128_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 10
--gtaggtaacttgttttgttgttta---aaattctctgagaagcttt-tctcacatgtgtcatgatcttgacttctggtagGTATGAGCATCGTCTCATCGATGACATGGTTGCTTATGCACTTAAGAGTGAAGGGGGCTATGTGTGGGCTTGCAAGAATTACGATGGAGATGTGCAGAGT
  | |  |   |  ||||||||||      ||   ||    | | ||| |||||    | ||||||| || |   |||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||| || || |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
gtgaattttcatctttttgttgttcgctcgaaccttccataatgttttgtctcagtgttttcatgatgttaaac-ctggcagGTATGAGCATCGTCTTATTGATGACATGGTTGCGTACGCGCTTAAGAGCGAAGGAGGCTATGTGTGGGCTTGCAAGAACTACGATGGAGATGTGCAGAGT

upper sequence: LOC_Os01g46610.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 10
lower sequence: GRMZM2G033515_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 10
gtaggtaacttgttttgttgtttaaaattctctgagaagcttttctcacatgt-gtcatgatcttgacttctggtagGTATGAGCATCGTCTCATCGATGACATGGTTGCTTATGCACTTAAGAGTGAAGGGGGCTATGTGTGGGCTTGCAAGAATTACGATGGAGATGTGCAGAGT
    || | ||  | | |||| |    | |||    || ||||    |  |||   ||||||  ||| | |||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
----gtgaatttctatcttgtgttgtttgctc---aaatctttcagaaagtgttaccatgatggtgaat-ctggcagGTATGAGCATCGTCTTATTGATGACATGGTTGCATATGCACTTAAGAGTGAAGGAGGCTACGTGTGGGCTTGCAAGAATTACGATGGAGATGTGCAGAGT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58665596|gb|CK054282.1|CK054282
EST:     GAGGTCTATGAAGCTGGGTGGAAATCCAAGTTTGAGGCTGCCGGAATATG                         GTATGAGCATCGTCTCATCGATGACATGGTTGCTTATGCACTTAAGAGTGA
genomic: GAGGTCTATGAAGCTGGGTGGAAATCCAAGTTTGAGGCTGCCGGAATATGgtaggtaact ... cttctggtagGTATGAGCATCGTCTCATCGATGACATGGTTGCTTATGCACTTAAGAGTGA
EST: gi|58681851|gb|CK070538.1|CK070538
EST:     GAGGTCTATGAAGCTGGGTGGAAATCCAAGTTTGAGGCTGCCGGAATATG                         GTATGAGCATCGTCTCATCGATGACATGGTTGCTTATGCACTTAAGAGTGA
genomic: GAGGTCTATGAAGCTGGGTGGAAATCCAAGTTTGAGGCTGCCGGAATATGgtaggtaact ... cttctggtagGTATGAGCATCGTCTCATCGATGACATGGTTGCTTATGCACTTAAGAGTGA
EST: gi|27554189|gb|CA998089.1|CA998089
EST:     CTATGAAGCTGGGTGGAAATCCAAGTTTGAGGCTGCCGGAATATG                         GTATGAGCATCGTCTCATCGATGACATGGTTGCTTATGCACTTAAGAGTGA
genomic: CTATGAAGCTGGGTGGAAATCCAAGTTTGAGGCTGCCGGAATATGgtaggtaact ... cttctggtagGTATGAGCATCGTCTCATCGATGACATGGTTGCTTATGCACTTAAGAGTGA
EST: gi|58586908|gb|CF985216.1|CF985216
EST:     GAGGTCTATGAAGCTGGGTGGAAATCCAAGTTTGAGGCTGCCGGAATATG                         GTATGAGCATCGTCTCATCGATGACATGGTTGCTTATGCACTTAAGAGTGA
genomic: GAGGTCTATGAAGCTGGGTGGAAATCCAAGTTTGAGGCTGCCGGAATATGgtaggtaact ... cttctggtagGTATGAGCATCGTCTCATCGATGACATGGTTGCTTATGCACTTAAGAGTGA
EST: gi|55408933|gb|CV721309.1|CV721309
EST:     GAGGTCTATGAAGCTGGGTGGAAATCCAAGTTTGAGGCTGCCGGAATATG                         GTATGAGCATCGTCTCATCGATGACATGGTTGCTTATGCACTTAAGAGTGA
genomic: GAGGTCTATGAAGCTGGGTGGAAATCCAAGTTTGAGGCTGCCGGAATATGgtaggtaact ... cttctggtagGTATGAGCATCGTCTCATCGATGACATGGTTGCTTATGCACTTAAGAGTGA
EST: gi|58601771|gb|CK012299.1|CK012299
EST:     GAGGTCTATGAAGCTGGGTGGAAATCCAAGTTTGAGGCTGCCGGAATATG                         GTATGAGCATCGTCTCATCGATGACATGGTTGCTTATGCACTTAAGAGTGA
genomic: GAGGTCTATGAAGCTGGGTGGAAATCCAAGTTTGAGGCTGCCGGAATATGgtaggtaact ... cttctggtagGTATGAGCATCGTCTCATCGATGACATGGTTGCTTATGCACTTAAGAGTGA
EST: gi|22546869|gb|BU099180.1|BU099180
EST:     GAGGTCTATGAAGCTGGGTGGAAATCCAAGTNTGAGGCTGCCGGAATATG                         GTATGAGCATCGTCTCATCGATGACATGGTTGCTTATGCACTTAAGAGTGA
genomic: GAGGTCTATGAAGCTGGGTGGAAATCCAAGTTTGAGGCTGCCGGAATATGgtaggtaact ... cttctggtagGTATGAGCATCGTCTCATCGATGACATGGTTGCTTATGCACTTAAGAGTGA
EST: gi|29674013|gb|CB670288.1|CB670288
EST:     GAGGCTGCCGGAATATG                         GTATGAGCATCGTCTCATCGATGACATGGTCGCTTATGCACTTAAGAGTGA
genomic: GAGGCTGCCGGAATATGgtaggtaact ... cttctggtagGTATGAGCATCGTCTCATCGATGACATGGTTGCTTATGCACTTAAGAGTGA
EST: gi|2310583|gb|C26738.1|C26738
EST:     GAGGTCTATGAAGCTGGGTGGAAATCCAAGTTTGAGGCTGCCGGAATATG                         GTATGAGCATCGTCTCATCGATGACATGGTTGCTTATGCACTTAAGAGTGA
genomic: GAGGTCTATGAAGCTGGGTGGAAATCCAAGTTTGAGGCTGCCGGAATATGgtaggtaact ... cttctggtagGTATGAGCATCGTCTCATCGATGACATGGTTGCTTATGCACTTAAGAGTGA
EST: gi|33796466|gb|CF324100.1|CF324100
EST:     GAGGTCTATGAAGCTGGGTGGAAATCCAAGTTTGAGGCTGCCGGAATATG                         GTATGAGCATCGTCTCATCGATGACATGGTTGCTTATGCACTTAAGAGTGA
genomic: GAGGTCTATGAAGCTGGGTGGAAATCCAAGTTTGAGGCTGCCGGAATATGgtaggtaact ... cttctggtagGTATGAGCATCGTCTCATCGATGACATGGTTGCTTATGCACTTAAGAGTGA
EST: gi|163925810|gb|EG714934.1|EG714934
EST:     GAGGTCTATGAAGCTGGGTGGAAATCCAAGTTTGAGGCTGCCGGAATATG                         GTATGAGCATCGTCTCATCGATGACATGGTTGCTTATGCACTTAAGAGTGA
genomic: GAGGTCTATGAAGCTGGGTGGAAATCCAAGTTTGAGGCTGCCGGAATATGgtaggtaact ... cttctggtagGTATGAGCATCGTCTCATCGATGACATGGTTGCTTATGCACTTAAGAGTGA
EST: gi|58671792|gb|CK060478.1|CK060478
EST:     GCCGGAATATG                         GTATGAGCATCGTCTCATCGATGACATGGTTGCTTATGCACTTAAGAGTGA
genomic: GCCGGAATATGgtaggtaact ... cttctggtagGTATGAGCATCGTCTCATCGATGACATGGTTGCTTATGCACTTAAGAGTGA
EST: gi|58668052|gb|CK056738.1|CK056738
EST:     GAGGTCTATGAAGCTGGGTGGAAATCCAAGTTTGAGGCTGCCGGAATATG                         GTATGAGCATCGTCTCATCGATGACATGGT
genomic: GAGGTCTATGAAGCTGGGTGGAAATCCAAGTTTGAGGCTGCCGGAATATGgtaggtaact ... cttctggtagGTATGAGCATCGTCTCATCGATGACATGGT
EST: gi|33676653|gb|CF304892.1|CF304892
EST:     GAGGTCTATGAAGCTGGGTGGAAATCCAAGTTTGAGGCTGCCGGAATATG                         GTATGAGCATCGTCTCATCGATGACAT
genomic: GAGGTCTATGAAGCTGGGTGGAAATCCAAGTTTGAGGCTGCCGGAATATGgtaggtaact ... cttctggtagGTATGAGCATCGTCTCATCGATGACAT
EST: gi|33795162|gb|CF323454.1|CF323454
EST:     GAGGTCTATGAAGCTGGGTGGAAATCCAAGTTTGAGGCTGCCGGAATATG                         GTATGAGCATCGTCTCATCGATGACATGGTTGCTTATGCACT
genomic: GAGGTCTATGAAGCTGGGTGGAAATCCAAGTTTGAGGCTGCCGGAATATGgtaggtaact ... cttctggtagGTATGAGCATCGTCTCATCGATGACATGGTTGCTTATGCACT
EST: gi|58678891|gb|CK067578.1|CK067578
EST:     GAGGTCTATGAAGCTGGGTGGAAATCCAAGTTTGAGGCTGCCGGAATATG                         GTATGAGCATCGTCTCATCGATGACATGGTTGCTTATGCACTTAAGAGTGA
genomic: GAGGTCTATGAAGCTGGGTGGAAATCCAAGTTTGAGGCTGCCGGAATATGgtaggtaact ... cttctggtagGTATGAGCATCGTCTCATCGATGACATGGTTGCTTATGCACTTAAGAGTGA
EST: gi|29612963|gb|CB617976.1|CB617976
EST:     GAGGTCTATGAAGCTGGGTGGAAATCCAAGTTTGAGGCTGCCGGAATATG                         GTATGAGCATCGTCTCATCGATGACATGGTTGCTTATG
genomic: GAGGTCTATGAAGCTGGGTGGAAATCCAAGTTTGAGGCTGCCGGAATATGgtaggtaact ... cttctggtagGTATGAGCATCGTCTCATCGATGACATGGTTGCTTATG
EST: gi|33676140|gb|CF304379.1|CF304379
EST:     GAGGTCTATGAAGCTGGGTGGAAATCCAAGTTTGAGGCTGCCGGAATATG                         GTATGAGCATCGTCTCATCGATGACATGGTTGCTTATGCACTTAAGAGTGA
genomic: GAGGTCTATGAAGCTGGGTGGAAATCCAAGTTTGAGGCTGCCGGAATATGgtaggtaact ... cttctggtagGTATGAGCATCGTCTCATCGATGACATGGTTGCTTATGCACTTAAGAGTGA
EST: gi|58600685|gb|CK011213.1|CK011213
EST:     GAGGTCTATGAAGCTGGGTGGAAATCCAAGTTTGAGGCTGCCGGAATATG                         GTATGAGCATCGTCTCATCGATGACATGGTTGCTTATGCACTTAAGAGTGA
genomic: GAGGTCTATGAAGCTGGGTGGAAATCCAAGTTTGAGGCTGCCGGAATATGgtaggtaact ... cttctggtagGTATGAGCATCGTCTCATCGATGACATGGTTGCTTATGCACTTAAGAGTGA
EST: gi|27576994|gb|CA999688.1|CA999688
EST:     GAGGTCTATGAAGCTGGGTGGAAATCCAAGTTTGAGGCTGCCGGAATATG                         GTATGAGCATCGTCTCATCGATGACATGGTTGCTTATGCACTTAAGAGTGA
genomic: GAGGTCTATGAAGCTGGGTGGAAATCCAAGTTTGAGGCTGCCGGAATATGgtaggtaact ... cttctggtagGTATGAGCATCGTCTCATCGATGACATGGTTGCTTATGCACTTAAGAGTGA
EST: gi|58587829|gb|CF986137.1|CF986137
EST:     GAGGTCTATGAAGCTGGGTGGAAATCCAAGTTTGAGGCTGNCGGAATATG                         GTATGAGCATCGTCTCATCGATGACATGGTTGCTTATGCACTTAAGAGTGA
genomic: GAGGTCTATGAAGCTGGGTGGAAATCCAAGTTTGAGGCTGCCGGAATATGgtaggtaact ... cttctggtagGTATGAGCATCGTCTCATCGATGACATGGTTGCTTATGCACTTAAGAGTGA
EST: gi|58656878|gb|CK045558.1|CK045558
EST:     GAGGTCTATGAAGCTGGGTGGAAATCCAAGTTTGAGGCTGCCGGGATATG                         GTATGAGCATCGTCTCATCGATGACATGGTTGCTTATGCACTTAAGAGTGA
genomic: GAGGTCTATGAAGCTGGGTGGAAATCCAAGTTTGAGGCTGCCGGAATATGgtaggtaact ... cttctggtagGTATGAGCATCGTCTCATCGATGACATGGTTGCTTATGCACTTAAGAGTGA
EST: gi|58682904|gb|CK071591.1|CK071591
EST:     GAGGTCTATGAAGCTGGGTGGAAATCCAAGTTTGAGGCTGCCGGAATATG                         GTATTGAGCATCGTCTCATCGATGACATGGTTGCTTATGCACTTAAGAGTG
genomic: GAGGTCTATGAAGCTGGGTGGAAATCCAAGTTTGAGGCTGCCGGAATATGgtaggtaact ... cttctggtagGTAT-GAGCATCGTCTCATCGATGACATGGTTGCTTATGCACTTAAGAGTG
EST: gi|109974759|gb|DT807089.1|DT807089
EST:     GAGGTCTATGAAGCTGGGTGGAAATCCAAGTTTGAGGCTGCCGGAATATG                         GTATGAGCATCGTCTCATCGATGACATGGTTGCTTATGCACTTAAGAGTGA
genomic: GAGGTCTATGAAGCTGGGTGGAAATCCAAGTTTGAGGCTGCCGGAATATGgtaggtaact ... cttctggtagGTATGAGCATCGTCTCATCGATGACATGGTTGCTTATGCACTTAAGAGTGA
EST: gi|29663182|gb|CB659457.1|CB659457
EST:     GAGGTCTATGAAGCTGGGTGGAAATCCAAGTTTGAGGCTGCCGGAATATG                         GTATGAGCATCGTCTCATCGATGACA
genomic: GAGGTCTATGAAGCTGGGTGGAAATCCAAGTTTGAGGCTGCCGGAATATGgtaggtaact ... cttctggtagGTATGAGCATCGTCTCATCGATGACA
EST: gi|27554181|gb|CA998081.1|CA998081
EST:     CTATGAAGCTGGGTGGAAATCCAAGTTTGAGGCTGCCGGAATATG                         GTATGAGCATCGTCTCATCGATGACATGGTTGCTTATGCACTTAAGAGTGA
genomic: CTATGAAGCTGGGTGGAAATCCAAGTTTGAGGCTGCCGGAATATGgtaggtaact ... cttctggtagGTATGAGCATCGTCTCATCGATGACATGGTTGCTTATGCACTTAAGAGTGA
EST: gi|33796234|gb|CF323983.1|CF323983
EST:     GAGGTCTATGAAGCTGGGTGGAAATCCAAGTTTGAGGCTGCCGGAATATG                         GTATGAGCATCGTCTCATCGATGACATGGTTGCTTATGC
genomic: GAGGTCTATGAAGCTGGGTGGAAATCCAAGTTTGAGGCTGCCGGAATATGgtaggtaact ... cttctggtagGTATGAGCATCGTCTCATCGATGACATGGTTGCTTATGC
EST: gi|58662619|gb|CK051305.1|CK051305
EST:     GAGGTCTATGAAGCTGGGTGGAAATCCAAGTTTGAGGCTGCCGGAATATG                         GTATGAGCATCGTCTCATCGATGACATGG
genomic: GAGGTCTATGAAGCTGGGTGGAAATCCAAGTTTGAGGCTGCCGGAATATGgtaggtaact ... cttctggtagGTATGAGCATCGTCTCATCGATGACATGG
EST: gi|58601500|gb|CK012028.1|CK012028
EST:     GAGGTCTATGAAGCTGGGTGGAAATCCAAGTTTGAGGCTGCCGGAATATG                         GTATGAGCATCGTCTCATCGATGACATGGTTGCTTATGCACTTAAGAGTGA
genomic: GAGGTCTATGAAGCTGGGTGGAAATCCAAGTTTGAGGCTGCCGGAATATGgtaggtaact ... cttctggtagGTATGAGCATCGTCTCATCGATGACATGGTTGCTTATGCACTTAAGAGTGA
EST: gi|58675276|gb|CK063963.1|CK063963
EST:     GAGGTCTATGAAGCTGGGTGGAAATCCAAGTTTGAGGCTGCCGGAATATG                         GTATGAGCATCGTCTCATCGATGACATGGTTGCTTATGCACTTAAGAGTGA
genomic: GAGGTCTATGAAGCTGGGTGGAAATCCAAGTTTGAGGCTGCCGGAATATGgtaggtaact ... cttctggtagGTATGAGCATCGTCTCATCGATGACATGGTTGCTTATGCACTTAAGAGTGA
EST: gi|33676517|gb|CF304756.1|CF304756
EST:     GAGGTCTATGAAGCTGGGTGGAAATCCAAGTTTGAGGCTGCCGGAATATG                         GTATGAGCATCGTCTCATCGATGACATGGTTGCTTATGCACTTAAGAGTGA
genomic: GAGGTCTATGAAGCTGGGTGGAAATCCAAGTTTGAGGCTGCCGGAATATGgtaggtaact ... cttctggtagGTATGAGCATCGTCTCATCGATGACATGGTTGCTTATGCACTTAAGAGTGA
EST: gi|426263|gb|D22124.1|D22124
EST:     GAGGTCTATGAAGCTGGGTGGAAATCCAAGTTTGAGGCTGCCGGAATATG                         GTATGAGCATCGTCTCATCGATGACATGGTTGCTTATGCACTTAAGAGTNA
genomic: GAGGTCTATGAAGCTGGGTGGAAATCCAAGTTTGAGGCTGCCGGAATATGgtaggtaact ... cttctggtagGTATGAGCATCGTCTCATCGATGACATGGTTGCTTATGCACTTAAGAGTGA
EST: gi|11442840|gb|BF430739.1|BF430739
EST:     GAGGTCTATGAAGCTGGGTGGAAATCCAAGTTTGAGGCTGCCGGAATATG                         GTATGAGCATCGTCTCATCGATGACATGGTTGCTTATGCACTTAAGAGTGA
genomic: GAGGTCTATGAAGCTGGGTGGAAATCCAAGTTTGAGGCTGCCGGAATATGgtaggtaact ... cttctggtagGTATGAGCATCGTCTCATCGATGACATGGTTGCTTATGCACTTAAGAGTGA
EST: gi|33676128|gb|CF304367.1|CF304367
EST:     GAGGTCTATGAAGCTGGGTGGAAATCCAAGTTTGAGGCTGCCGGAATATG                         GTATGAGCATCGTCTCATCGATGACATGGTTGCTTATGCACTTAAGAGTGA
genomic: GAGGTCTATGAAGCTGGGTGGAAATCCAAGTTTGAGGCTGCCGGAATATGgtaggtaact ... cttctggtagGTATGAGCATCGTCTCATCGATGACATGGTTGCTTATGCACTTAAGAGTGA
EST: gi|163927556|gb|EG709964.1|EG709964
EST:     GAGGTCTATGAAGCTGGGTGGAAATCCAAGTTTGAGGCTGCCGGAATATG                         GTATGAGCATCGTCTCATCGATGACATGGTTGCTTATGCACTTAAGAGTGA
genomic: GAGGTCTATGAAGCTGGGTGGAAATCCAAGTTTGAGGCTGCCGGAATATGgtaggtaact ... cttctggtagGTATGAGCATCGTCTCATCGATGACATGGTTGCTTATGCACTTAAGAGTGA
EST: gi|27577341|gb|CB000036.1|CB000036
EST:     GAGGTCTATGAAGCTGGGTGGAAATCCAAGTTTGAGGCTGCCGGAATATG                         GTATGAGCATCGTCTCATCGATGACATGGTTGCTTATGCACTTAAGAGTGA
genomic: GAGGTCTATGAAGCTGGGTGGAAATCCAAGTTTGAGGCTGCCGGAATATGgtaggtaact ... cttctggtagGTATGAGCATCGTCTCATCGATGACATGGTTGCTTATGCACTTAAGAGTGA
EST: gi|117251413|gb|CT844156.1|CT844156
EST:     GAGGTCTATGAAGCTGGGTGGAAATCCAAGTTTGAGGCTGCCGGAATATG                         GTATGAGCATCGTCTCATCGATGACATGGTTGCTTATGCACTTAAGAGTGA
genomic: GAGGTCTATGAAGCTGGGTGGAAATCCAAGTTTGAGGCTGCCGGAATATGgtaggtaact ... cttctggtagGTATGAGCATCGTCTCATCGATGACATGGTTGCTTATGCACTTAAGAGTGA
EST: gi|88743066|gb|CI766574.1|CI766574
EST:     GAGGTCTATGAAGCTGGGTGGAAATCCAAGTTTGAGGCTGCCGGAATATG                         GTATGAGCATCGTCTCATCGATGACATGGTTGCTTATGCACTTAAGAGTGA
genomic: GAGGTCTATGAAGCTGGGTGGAAATCCAAGTTTGAGGCTGCCGGAATATGgtaggtaact ... cttctggtagGTATGAGCATCGTCTCATCGATGACATGGTTGCTTATGCACTTAAGAGTGA
EST: gi|33680077|gb|CF308316.1|CF308316
EST:     GAGGTCTATGAAGCTGGGTGGAAATCCAAGTTTGAGGCTGCCGGAATATG                         GTATGAGCATCGTCTCATCGATGACATGGTTGCTTATGCACTTAAGAGTGA
genomic: GAGGTCTATGAAGCTGGGTGGAAATCCAAGTTTGAGGCTGCCGGAATATGgtaggtaact ... cttctggtagGTATGAGCATCGTCTCATCGATGACATGGTTGCTTATGCACTTAAGAGTGA
EST: gi|29642812|gb|CB647819.1|CB647819
EST:     GAGGTCTATGAAGCTGGGTGGAAATCCAAGTTTGAGGCTGCCGGAATATG                         GTATGAGCATCGTCTCATCGATGACATGGTTGCTTATGCACTTAAGAGTGA
genomic: GAGGTCTATGAAGCTGGGTGGAAATCCAAGTTTGAGGCTGCCGGAATATGgtaggtaact ... cttctggtagGTATGAGCATCGTCTCATCGATGACATGGTTGCTTATGCACTTAAGAGTGA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 57 (upstream exon), 74 (downstream exon)
Score: 126

GTTCAAGGATATTTTCCAGGAGGTCTATGAAGCTGGGTGGAAATCCAAGTTTGAGGCTGCCGGAATATGgtaggtaact ... cttctggtagGTATGAGCATCGTCTCATCGATGACATGGTTGCTTATGCACTTAAGAGTGAAGGGGGCTATGTGTGGGCTTGCAAGAATTACGATGGAGATGTGCAGAGT




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttaaaattctctgagaagcttttctcacatgtgtcatgatcttgacttctggtagGTATGAGCATCGTCTCATCGATGACATGGTTGCTTATGCACTTAAGAGTGAAGGGGGCTATGTGTGGGCTTGCAAGAATTACGATGGAGATGTGCAGAGT
                                             cttct  CT-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaggtaacttgttttgttgtttaaaattctctgagaagcttttctcacatgtgtcatgatcttgacttctggtagGTATGAGCATCGTCTCATCGATGACATGGTTGCTTATGCACTTAAGAGTGAAGGGGGCTATGTGTGGGCTTGCAAGAATTACGATGGAGATGTGCAGAGT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG