Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...attgaccatgcaactcagtttagtattcttcgccttccatttttcatcacatagagtgcccttgggagttggaactaataatgagttggctccgctgcagATTGCCATTACTGTGTTGTTAGGATATGACAATTACCTTGTCATGCGACATGGTGCTGGTCCAGGAACAAAAAGTGGAGGTATGGATGAAGGGATTGCTC

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g42850.1
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g42850.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 10
lower sequence: GRMZM2G005304_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 10
attgaccatgc---aact-cagtttagtattcttcgccttccatttttcatcacatagagtgcccttgggagttggaactaataatgagttgg--ctccgctgcagATTGCCATTACTGTGTTGTTAGGATATGACAATTACCTTGTCATGCGACATGGTGCTGGTCCAGGAACAAAAAGTGGAGGTATGGATGAAGGGATTGCTC---
|     |||     |  | ||    | || ||||    |    ||||||||    || ||  |   |   ||||   |||||| ||  |||     | | ||||||||||| |||| ||  || |||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||   |||||| ||||  ||||||| || | |||   
accacacatatgttagttacaaaaaattactcttaatatctactttttcattgtgtatagcacttct---agtt---actaatgatatgttatacttgcactgcagATTGCTATTAGTGCATTATTAGGACATGACAGTTACCTTGTCATGCGACATGGTGCTGGACCAGGAAC---AAGTGGGGGTACAGATGAAGTGACTACTCAGA

upper sequence: LOC_Os01g42850.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 10
lower sequence: GRMZM2G005304_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 16
attgaccatgcaactcagtttagtattcttcgccttccatttttcatcacatagagt-gcccttgggagttggaac-taataatgagttggctccgctgcagATTGCCATTACTGTGTTGTTAGGATATGACAATTACCTTGTCATGCGACATGGTGCTGGTCCAGGAACAAAAAGTGGAGGTATGGATGAAGGGATTGCTC
                            |   || || |    || |   |||  || | |||||| |  ||  || |  |||||      || | ||||||||||| || ||||     ||||| ||||| | ||||||||||||||||||||| ||||| || || | ||   ||| || |     ||  |  | |||  
---------------------------gtgaaccctctaggcatccttgaataatgtagaccttggaatgtgttacatgctaatgcccct-ctgcactgcagATTGCTATCACTGCAGCATTAGGGTATGATAGTTACCTTGTCATGCGACATGGGGCTGGCCCTGGCATAAGCTGTGAAGCTTCCAGTGTGGTCACTGCCA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|33677842|gb|CF306081.1|CF306081
EST:     CATGGGAGGGAATGTGGCTTCCAACTCTTTTATGTGCAGACTATTTCAAG                         ATTGCCATTACTGTGTTGTTAGGATATGACAATTACCTTGTCATGCGACAT
genomic: CATGGGAGGGAATGTGGCTTCCAACTCTTTTATGTGCAGACAAAAACAAGgtaaatcgta ... tccgctgcagATTGCCATTACTGTGTTGTTAGGATATGACAATTACCTTGTCATGCGACAT
EST: gi|29640244|gb|CB645253.1|CB645253
EST:     CCTGGGAGGGAATGTGGCTTCCAACTCTTTTATGTGCAGACAAAAACAAG                         ATTGCCATTACTGTGTTGTTAGGATATGACAATTACCTTGTCATGCGACAT
genomic: CATGGGAGGGAATGTGGCTTCCAACTCTTTTATGTGCAGACAAAAACAAGgtaaatcgta ... tccgctgcagATTGCCATTACTGTGTTGTTAGGATATGACAATTACCTTGTCATGCGACAT
EST: gi|25798441|gb|CA754402.1|CA754402
EST:     CATGGGAGGGAATGTGGCTTCCAACTCTTTTATGTGCAGACAAAAACAAG                         ATTGCCATTACTGTGTTGTTAGGATATGACAATTACCTTGTCATGCGACAT
genomic: CATGGGAGGGAATGTGGCTTCCAACTCTTTTATGTGCAGACAAAAACAAGgtaaatcgta ... tccgctgcagATTGCCATTACTGTGTTGTTAGGATATGACAATTACCTTGTCATGCGACAT
EST: gi|29672224|gb|CB668499.1|CB668499
EST:     CATGGGAGGGAATGTGGCTTCCAACTCTTTTATGTGCAGACAAAAACGAG                         ATTGCCATTACTGTGTTGTTAGGATATGACAATTACCTTGTCATGCGACAT
genomic: CATGGGAGGGAATGTGGCTTCCAACTCTTTTATGTGCAGACAAAAACAAGgtaaatcgta ... tccgctgcagATTGCCATTACTGTGTTGTTAGGATATGACAATTACCTTGTCATGCGACAT
EST: gi|58676123|gb|CK064810.1|CK064810
EST:     CATGGGAGGGAATGTGGCTTCCAACTCTTTTATGTGCAGACAAAAACAAG                         ATTGCCATTACTGTGTTGTTAGGATATGACAATTACCTTGTCATGCGACAT
genomic: CATGGGAGGGAATGTGGCTTCCAACTCTTTTATGTGCAGACAAAAACAAGgtaaatcgta ... tccgctgcagATTGCCATTACTGTGTTGTTAGGATATGACAATTACCTTGTCATGCGACAT
EST: gi|29674599|gb|CB670874.1|CB670874
EST:     CATGGGAGGGAATGTGGCTTCCAACTCTTTTATGTGCAGACAAAAACAAG                         ATTGCCATTACTGTGTTGTTAGGATATGACAATTACCTTGTCATGCGACAT
genomic: CATGGGAGGGAATGTGGCTTCCAACTCTTTTATGTGCAGACAAAAACAAGgtaaatcgta ... tccgctgcagATTGCCATTACTGTGTTGTTAGGATATGACAATTACCTTGTCATGCGACAT
EST: gi|29674597|gb|CB670872.1|CB670872
EST:     CATGGGAGGGAATGTGGCTTCCAACTCTTTTATGTGCAGACAAAAACAAG                         ATTGCCATTACTGTGTTGTTAGGATATGACAATTACCTTGTCATGCGACAT
genomic: CATGGGAGGGAATGTGGCTTCCAACTCTTTTATGTGCAGACAAAAACAAGgtaaatcgta ... tccgctgcagATTGCCATTACTGTGTTGTTAGGATATGACAATTACCTTGTCATGCGACAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atcacatagagtgcccttgggagttggaactaataatgagttggctccgctgcagATTGCCATTACTGTGTTGTTAGGATATGACAATTACCTTGTCATGCGACATGGTGCTGGTCCAGGAACAAAAAGTGGAGGTATGGATGAAGGGATTGCTC
                           aactaat  putative branch site (score: 2)
                                            ctccgct  putative PPT
                           aactaataat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
attgaccatgcaactcagtttagtattcttcgccttccatttttcatcacatagagtgcccttgggagttggaactaataatgagttggctccgctgcagATTGCCATTACTGTGTTGTTAGGATATGACAATTACCTTGTCATGCGACATGGTGCTGGTCCAGGAACAAAAAGTGGAGGTATGGATGAAGGGATTGCTC

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG