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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...cttgggagttagggcaaacctaaaatgacttatagtatgtaacggtggaaatatttgtctaaaaggctcgagttgtaacttgtttgagttttgtttttagGATAATGCTTCACCAAGTGGTTTCAATACTCAAGCATTTCTTAAAAAGCGTTCACGTGCAACTAATCAGCCTGTTGAGTCAATGTCAATG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g39380.3
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g39380.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 9
lower sequence: GRMZM2G074572_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 9
cttgggagttagggcaaacctaaaatgacttatagtatgtaacggtggaaatatttgtctaaaaggctcgagttgtaacttgtttgagttttgtttttagGATAATGCTTCACCAAGTGGTTTCAATACTCAAGCATTTCTTAAAAAGCGTTCACGTGCAACTAATCAGCCTGTTGAGTCAATGTCAATG
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-------------gtaagcc-atcatgtctagtaacttctgaagcagctatttataattttcgtgactt-aggagtaccttttcc---ccccattgtcagGATACTACTTCAGCGACTGGTTTCAATTCTCAAGCTTTTCTTAAAAAGCGTTCTCGAGCAACTAACCAGCCTGTCGACTCCATGTCAATG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tggaaatatttgtctaaaaggctcgagttgtaacttgtttgagttttgtttttagGATAATGCTTCACCAAGTGGTTTCAATACTCAAGCATTTCTTAAAAAGCGTTCACGTGCAACTAATCAGCCTGTTGAGTCAATGTCAATG
                           ttgtaac  putative branch site (score: 2)
                                           ttttgttttt  putative PPT
     atatttgtctaaaa  TA-rich tract