1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...aacaattaatgacatgatttagataagcttagagaacaattgcattattaaaaaaaaagatactagctgatagctagatcttcctttttccttttaacagATGCATCCCTTACATGATCAAGGAGGATGGAGAAAACAGCAGCAGCTCCCTTCAAGATGATGATCATGTGCTGGAAAGGCTGCAAGTGCTCATGATCTCG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os11g32750.2 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CAGGGACGCCTCCGGCAGCGTTATGAAGGATGCTATCGCCTTGTCTCTGG ATGCATCCCTTACATGATCAAGGAGGATGGAGAAAACAGCAGCAGCTCCCTEST: gi|88720349|gb|CI743648.1|CI743648
genomic: CAGGGACGCCTCCGGCAGCGTTATGAAGGATGCTATCGCCTTGTCTCTGGgtatgtactt ... cttttaacagATGCATCCCTTACATGATCAAGGAGGATGGAGAAAACAGCAGCAGCTCCCT
EST: CAGGGACGCCTCCGGCAGCGTTATGAAGGATGCTATCGCCTTGTCTCTGG ATGCATCCCTTACATGATCAAGGAGGATGGAGAAAACAGCAGCAGCTCCCTEST: gi|88726238|gb|CI749893.1|CI749893
genomic: CAGGGACGCCTCCGGCAGCGTTATGAAGGATGCTATCGCCTTGTCTCTGGgtatgtactt ... cttttaacagATGCATCCCTTACATGATCAAGGAGGATGGAGAAAACAGCAGCAGCTCCCT
EST: CAGGGACGCCTCCGGCAGCGTTATGAAGGATGCTATCGCCTTGTCTCTGG ATGCATCCCTTACATGATCAAGGAGGATGGAGAAAACAGCAGCAGCTCCCT
genomic: CAGGGACGCCTCCGGCAGCGTTATGAAGGATGCTATCGCCTTGTCTCTGGgtatgtactt ... cttttaacagATGCATCCCTTACATGATCAAGGAGGATGGAGAAAACAGCAGCAGCTCCCT
tattaaaaaaaaagatactagctgatagctagatcttcctttttccttttaacagATGCATCCCTTACATGATCAAGGAGGATGGAGAAAACAGCAGCAGCTCCCTTCAAGATGATGATCATGTGCTGGAAAGGCTGCAAGTGCTCATGATCTCG
agctgat putative branch site (score: 4)
ctagatcttccttttt putative PPT
aaaaaaaagatacta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aacaattaatgacatgatttagataagcttagagaacaattgcattattaaaaaaaaagatactagctgatagctagatcttcctttttccttttaacagATGCATCCCTTACATGATCAAGGAGGATGGAGAAAACAGCAGCAGCTCCCTTCAAGATGATGATCATGTGCTGGAAAGGCTGCAAGTGCTCATGATCTCG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA