1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...ggttcacctgtgactccctgttcgtcttgtcttgataaatcctgtgataaaaaaaattcttaaggcgtaatttgttgaaatcttgttttgtcctatgcagCCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCTTTTAACACCTTCTTCAGTGAGACTGGTGCTGGGAAGCATGTCCCCCGTG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os11g14220.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AGGTCGGGAACGCGTGCTGGGAGCTCTATTGCCTCGAGCATGGCATCCAG CCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCTEST: gi|58665625|gb|CK054311.1|CK054311
genomic: AGGTCGGGAACGCGTGCTGGGAGCTCTATTGCCTCGAGCATGGCATCCAGgtaaaacaaa ... tcctatgcagCCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCT
EST: AGGTCGGGAACGCGTGCTGGGAGCTCTATTGCCTCGAGCATGGCATCCAG CCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCTEST: gi|29685655|gb|CB681930.1|CB681930
genomic: AGGTCGGGAACGCGTGCTGGGAGCTCTATTGCCTCGAGCATGGCATCCAGgtaaaacaaa ... tcctatgcagCCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCT
EST: AGGTCGGGAACGCGTGCTGGGAGCTCTATTGCCTCGAGCATGGCATCCAG CCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCTEST: gi|29681154|gb|CB677429.1|CB677429
genomic: AGGTCGGGAACGCGTGCTGGGAGCTCTATTGCCTCGAGCATGGCATCCAGgtaaaacaaa ... tcctatgcagCCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCT
EST: AGGTCGGGAACGCGTGCTGGGAGCTCTATTGCCTCGAGCATGGCATCCAG CCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCTEST: gi|29646013|gb|CB651020.1|CB651020
genomic: AGGTCGGGAACGCGTGCTGGGAGCTCTATTGCCTCGAGCATGGCATCCAGgtaaaacaaa ... tcctatgcagCCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCT
EST: TCGAGCATGGCATCCAG CCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCTEST: gi|29659209|gb|CB655484.1|CB655484
genomic: TCGAGCATGGCATCCAGgtaaaacaaa ... tcctatgcagCCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCT
EST: AGGTCGGGAACGCGTGCTGGGAGCTCTATTGCCTCGAGCATGGCATCCAG CCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCTEST: gi|29641878|gb|CB646885.1|CB646885
genomic: AGGTCGGGAACGCGTGCTGGGAGCTCTATTGCCTCGAGCATGGCATCCAGgtaaaacaaa ... tcctatgcagCCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCT
EST: AGGTCGGGAACGCGTGCTGGGAGCTCTATTGCCTCGAGCATGGCATCCAG CCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCTEST: gi|29626537|gb|CB631548.1|CB631548
genomic: AGGTCGGGAACGCGTGCTGGGAGCTCTATTGCCTCGAGCATGGCATCCAGgtaaaacaaa ... tcctatgcagCCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCT
EST: AGGTCGGGAACGCGTGCTGGGAGCTCTATTGCCTCGAGCATGGCATCCAG CCTGATGGACAGATGCCTGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCTEST: gi|29627976|gb|CB632987.1|CB632987
genomic: AGGTCGGGAACGCGTGCTGGGAGCTCTATTGCCTCGAGCATGGCATCCAGgtaaaacaaa ... tcctatgcagCCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCT
EST: AGGTCGGGAACGCGTGCTGGGAGCTCTATTGCCTCGAGCATGGCATCCAG CCTGATGGACAGATGCCTGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCTEST: gi|58663670|gb|CK052356.1|CK052356
genomic: AGGTCGGGAACGCGTGCTGGGAGCTCTATTGCCTCGAGCATGGCATCCAGgtaaaacaaa ... tcctatgcagCCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCT
EST: AGGTCGGGAACGCGTGCTGGGAGCTCTATTGCCTCGAGCAT-GCATCCAG CCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCTEST: gi|396941103|gb|HO188312.1|HO188312
genomic: AGGTCGGGAACGCGTGCTGGGAGCTCTATTGCCTCGAGCATGGCATCCAGgtaaaacaaa ... tcctatgcagCCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCT
EST: CATGGCATCCAG CCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCTEST: gi|29687066|gb|CB683341.1|CB683341
genomic: CATGGCATCCAGgtaaaacaaa ... tcctatgcagCCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCT
EST: AGGTCGGGAACGCGTGCTGGGAGCTCTATTGCCTCGAGCATGGCATCCAG CCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCTEST: gi|117239276|gb|CT848207.1|CT848207
genomic: AGGTCGGGAACGCGTGCTGGGAGCTCTATTGCCTCGAGCATGGCATCCAGgtaaaacaaa ... tcctatgcagCCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCT
EST: AGGTCGGGAACGCGTGCTGGGAGCTCTATTGCCTCGAGCATGGCATCCAG CCTGATGGACAGATGCCTGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCTEST: gi|58664575|gb|CK053261.1|CK053261
genomic: AGGTCGGGAACGCGTGCTGGGAGCTCTATTGCCTCGAGCATGGCATCCAGgtaaaacaaa ... tcctatgcagCCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCT
EST: AGGTCGGGAACGCGTGCTGGGAGCTCTATTGCCTCGAGCAT-GCATCCAG CCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCTEST: gi|29643387|gb|CB648394.1|CB648394
genomic: AGGTCGGGAACGCGTGCTGGGAGCTCTATTGCCTCGAGCATGGCATCCAGgtaaaacaaa ... tcctatgcagCCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCT
EST: AGGTCGGGAACGCGTGCTGGGAGCTCTATTGCCTCGAGCATGGCATCCAG CCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCTEST: gi|29615252|gb|CB620264.1|CB620264
genomic: AGGTCGGGAACGCGTGCTGGGAGCTCTATTGCCTCGAGCATGGCATCCAGgtaaaacaaa ... tcctatgcagCCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCT
EST: AGGTCGGGAACGCGTGCTGGGAGCTCTATTGCCTCGAGCATGGCATCCAG CCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCTEST: gi|4880942|gb|AU065241.1|AU065241
genomic: AGGTCGGGAACGCGTGCTGGGAGCTCTATTGCCTCGAGCATGGCATCCAGgtaaaacaaa ... tcctatgcagCCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCT
EST: GCATGGCATCCAG CCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCTEST: gi|29646061|gb|CB651068.1|CB651068
genomic: GCATGGCATCCAGgtaaaacaaa ... tcctatgcagCCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCT
EST: TCGAGCATGGCATCC-C CCTTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGACGTGATGATGCEST: gi|58682813|gb|CK071500.1|CK071500
genomic: TCGAGCATGGCATCCAGgtaaaacaaa ... tcctatgcagCC-TGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGC
EST: CATGGCATCCAG CCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCTEST: gi|58670384|gb|CK059070.1|CK059070
genomic: CATGGCATCCAGgtaaaacaaa ... tcctatgcagCCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCT
EST: AGGTCGGGAACGCGTGCTGGGAGCTCTATTGCCTCGAGCATGGCATCCAG CCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCTEST: gi|300215516|gb|HO088142.1|HO088142
genomic: AGGTCGGGAACGCGTGCTGGGAGCTCTATTGCCTCGAGCATGGCATCCAGgtaaaacaaa ... tcctatgcagCCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCT
EST: GAGCATGGCATCCAG CCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTNGGGGGAGGTGATGATGCEST: gi|29638508|gb|CB643517.1|CB643517
genomic: GAGCATGGCATCCAGgtaaaacaaa ... tcctatgcagCCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTT-GGGGGAGGTGATGATGC
EST: AGGTCGGGAACGCGTGCTGGGAGCTCTATTGCCTCGAGCATGGCATCCAG CCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCTEST: gi|58676087|gb|CK064774.1|CK064774
genomic: AGGTCGGGAACGCGTGCTGGGAGCTCTATTGCCTCGAGCATGGCATCCAGgtaaaacaaa ... tcctatgcagCCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCT
EST: CATGGCATCCAG CCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGCTGATGATGCTEST: gi|29676943|gb|CB673218.1|CB673218
genomic: CATGGCATCCAGgtaaaacaaa ... tcctatgcagCCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCT
EST: AGGTCGGGAACGCGTGCTGGGAGCTCTATTGCCTCGAGCATGGCATCCAG CCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCTEST: gi|145755656|gb|ES351529.1|ES351529
genomic: AGGTCGGGAACGCGTGCTGGGAGCTCTATTGCCTCGAGCATGGCATCCAGgtaaaacaaa ... tcctatgcagCCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCT
EST: AGCATGGCATCCAG CCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCTEST: gi|300215550|gb|HO088176.1|HO088176
genomic: AGCATGGCATCCAGgtaaaacaaa ... tcctatgcagCCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCT
EST: CCTCGAGCATGGCATCCGCG CCTGATGGACAGATGCCTGGTGACAAGACCGTTNGGGGGAGGTGATGATG
genomic: CCTCGAGCATGGCATCC-AGgtaaaacaaa ... tcctatgcagCCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTT-GGGGGAGGTGATGATG
gataaaaaaaattcttaaggcgtaatttgttgaaatcttgttttgtcctatgcagCCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCTTTTAACACCTTCTTCAGTGAGACTGGTGCTGGGAAGCATGTCCCCCGTG
tcttgttttgtcct CT-rich tract
aaaaaattcttaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ggttcacctgtgactccctgttcgtcttgtcttgataaatcctgtgataaaaaaaattcttaaggcgtaatttgttgaaatcttgttttgtcctatgcagCCTGATGGACAGATGCCCGGTGACAAGACCGTTGGGGGAGGTGATGATGCTTTTAACACCTTCTTCAGTGAGACTGGTGCTGGGAAGCATGTCCCCCGTG
- - cacctgt
- - - cctgtga
- - - - - - -ctccctg
- - - - - - - - - - - - - -tgtcttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaaaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgttgaa