1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...gctcttatggttcttaatcttggctgacataagaactaaaattcaagaaattggaacacataatttgtgttttttttcctgagctctttattctctgtagTTATGAAGAGGCTAAGAAGAGGATGTACGCTTTTAGTACAACAACATATGTTGGTTTTCAAGCTGTAATGACTGAGGAGATGTCAGAAAAGTTCCGTG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os11g11020.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AGGAGATGATCGAGACCTACCTCCAGACCCTCGCCAAGGGTCGTCGGAAG TTATGAAGAGGCTAAGAAGAGGATGTACGCTTTTAGTACAACAACATATGT
genomic: AGGAGATGATCGAGACCTACCTCCAGACCCTCGCCAAGG-TCGTCGGAAGgtataggcaa ... ttctctgtagTTATGAAGAGGCTAAGAAGAGGATGTACGCTTTTAGTACAACAACATATGT
agaaattggaacacataatttgtgttttttttcctgagctctttattctctgtagTTATGAAGAGGCTAAGAAGAGGATGTACGCTTTTAGTACAACAACATATGTTGGTTTTCAAGCTGTAATGACTGAGGAGATGTCAGAAAAGTTCCGTG
ttttttttcctgagct CT-rich tract
ataatttgtgtttttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gctcttatggttcttaatcttggctgacataagaactaaaattcaagaaattggaacacataatttgtgttttttttcctgagctctttattctctgtagTTATGAAGAGGCTAAGAAGAGGATGTACGCTTTTAGTACAACAACATATGTTGGTTTTCAAGCTGTAATGACTGAGGAGATGTCAGAAAAGTTCCGTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - -tggttct
- - - - - - - - - - - gctgaca
- - - - - - - - - - - - - - - - gaactaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -caagaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gaacaca