1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...atcaagattaagataattgcacctaaatttataagaaagattagtttctaagcctcctgtttttcttccttttctcttatttctacctatcccccttcagATGGTGAAGACAGGAAATGGTTCCCGTGAATTCAACAACGCTAGTGGCAGCGAAGAGCAGATCAGTGGAGCACGTGCCAGCGATGCATCTGACAACACTT
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os11g10970.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
ttctaagcctcctgtttttcttccttttctcttatttctacctatcccccttcagATGGTGAAGACAGGAAATGGTTCCCGTGAATTCAACAACGCTAGTGGCAGCGAAGAGCAGATCAGTGGAGCACGTGCCAGCGATGCATCTGACAACACTT
tttttcttccttttct CT-rich tract
ttatttcta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| atcaagattaagataattgcacctaaatttataagaaagattagtttctaagcctcctgtttttcttccttttctcttatttctacctatcccccttcagATGGTGAAGACAGGAAATGGTTCCCGTGAATTCAACAACGCTAGTGGCAGCGAAGAGCAGATCAGTGGAGCACGTGCCAGCGATGCATCTGACAACACTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGATCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA
- - - - - - - - ttgcacc
- - - - - - - - - - - - - - - - aagaaaga