1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...ttataaatgatttggctcatcagttaagcatggacctgccacggcagcatcatttctttctgttttaacatgctatactaacacttctctctgctcacagGTCAGTTTGTGGTGTTCATATGGATCCCTTTTTCCGCAGAGCTTCCAGTGACCCCTTGTGCTTGGAAGACAACTCCGTCCAACATGGAATTGAAAGATGC
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os10g43060.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CGCCCTCGCCTCTCTTTCCTCCGATCCTCCGCTTCGTTCGAATCCCACAG GTCAGTTTGTGGTGTTCATATGGATCCCTTTTTCCGCAGAGCTTCCAGTGAEST: gi|33692278|gb|CF320517.1|CF320517
genomic: CGCCCTCGCCTCTCTTTCCTCCGATCCTCCGCTTCGTTCGAATCCCACAGgtgaggtgac ... ctgctcacagGTCAGTTTGTGGTGTTCATATGGATCCCTTTTTCCGCAGAGCTTCCAGTGA
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genomic: CGCCCTCGCCTCTCTTTCCTCCGATCCTCCGCTTCGTTCGAATCCCACAGgtgaggtgac ... ctgctcacagGTCAGTTTGTGGTGTTCATATGGATCCCTTTTTCCGCAGAGCTTCCAGTGA
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EST: CGCCCTCGCCTCTCTTTCCTCCGATCCGGCGCTTCGTTCGAATCCCACAG GTCAGTTTGTGGTGTTCATATGGATCCCTTTTTCCGCAGAGCTTCCAGTGA
genomic: CGCCCTCGCCTCTCTTTCCTCCGATCCTCCGCTTCGTTCGAATCCCACAGgtgaggtgac ... ctgctcacagGTCAGTTTGTGGTGTTCATATGGATCCCTTTTTCCGCAGAGCTTCCAGTGA
agcatcatttctttctgttttaacatgctatactaacacttctctctgctcacagGTCAGTTTGTGGTGTTCATATGGATCCCTTTTTCCGCAGAGCTTCCAGTGACCCCTTGTGCTTGGAAGACAACTCCGTCCAACATGGAATTGAAAGATGC
tactaac putative branch site (score: 4)
cacttctctctgctc CT-rich tract
ttttaacat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttataaatgatttggctcatcagttaagcatggacctgccacggcagcatcatttctttctgttttaacatgctatactaacacttctctctgctcacagGTCAGTTTGTGGTGTTCATATGGATCCCTTTTTCCGCAGAGCTTCCAGTGACCCCTTGTGCTTGGAAGACAACTCCGTCCAACATGGAATTGAAAGATGC
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- - - - - - - - - - - - - -gcatgga
- - - - - - - - - - - - - - - - - cctgcca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cggcagc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - catgcta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - actaaca