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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...cgtagtttcgatgaagtttttgctgtactgtgcggggatttgtttgcagtgctatttgggttgcgcgaaccaacagcttccgttgtttactcatttgcagGAGCTGCCGCCATGTCCGACATGGAGTCCATGACAGCCCTTATGGAGTCTACAGGCTCCAAGCTGCAGCTGCTTCAGCGTGCATTTGCCGAGCTTGAGAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os09g07380.1
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os09g07380.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 1
lower sequence: GRMZM2G070054_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 1
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gtcgtccagatggtttacttaattcgacaaattgatatgatctgtaagattttgggtgttttcttctgtttggatttataccctcttccggatgtgctgtcttcattcctgcagGAGGATTCGCCATGTCTGACATGGAGTCCGTCGCAGCTCTTATGAACTCGACAAGCTCCAAGATACAGCAGCTTCAGGAGGCATTTGCTGAGCTTGAGAG

upper sequence: LOC_Os09g07380.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 1
lower sequence: GRMZM2G070054_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 1
cgtagtttcgatgaagtttttgctgtactgtgcggggatttgtttgcagtg--ctatttgggttgcgcgaaccaacagcttccgttgtttactcatttgcagGAGCTGCCGCCATGTCCGACATGGAGTCCATGACAGCCCTTATGGAGTCTACAGGCTCCAAGCTGCAGCTGCTTCAGCGTGCATTTGCCGAGCTTGAGAG
  |   ||   |  |    ||| | |  | ||   |  ||||  ||   |   || ||||| ||        |  | |  |  | ||| | |     ||||||||    ||||||||| |||||||||||| |  |||| |||||| | || ||| |||||||| | |||| |||||||   |||||||| |||||||||||
--ttacttaattcgacaaattgatatgatctgtaagattttgggtgttttcttctgtttggatttataccctcttccggatgtgctgtcttcattcctgcagGAGGATTCGCCATGTCTGACATGGAGTCCGTCGCAGCTCTTATGAACTCGACAAGCTCCAAGATACAGCAGCTTCAGGAGGCATTTGCTGAGCTTGAGAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88359003|gb|CI619507.1|CI619507
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EST: gi|88428417|gb|CI564885.1|CI564885
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EST: gi|88390232|gb|CI605685.1|CI605685
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EST: gi|88400616|gb|CI596037.1|CI596037
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EST: gi|58674179|gb|CK062865.1|CK062865
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EST: gi|88423182|gb|CI613483.1|CI613483
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EST: gi|88412750|gb|CI576014.1|CI576014
EST:     GCGCCGATCTCCATCCCCGTCGGTTGTCCTGCTGCTTCCGCCGCATCCTG                         GAGCTGCCGCCATGTCCGACATGGAGTCCATGACAGACCTTATGGAGTCTA
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EST: gi|117229594|gb|CT859890.1|CT859890
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EST: gi|88405490|gb|CI588696.1|CI588696
EST:     GCGCCGATCTCCATCCCCGTCGGTTGTCCTGCTGCTTCCGCCGCATCCTG                         GAGCTGCCGCCATGTCCGACATGGAGTCCATGACAGCACTTATGGAGTCTA
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EST: gi|88411743|gb|CI571235.1|CI571235
EST:     GCGCCGATCTCCATCCCCGTCGGTTGTCCTGCTGCTTCCGCCGCATCCTG                         GAGCTGCCGCCATGTCCGACATGGAGTCCATGACAGCCCTTATGGAGTCTA
genomic: GCGCCGATCTCCATCCCCGTCGGTTGTCCTGCTGCTTCCGCCGCATCCTGgtgagtatcc ... tcatttgcagGAGCTGCCGCCATGTCCGACATGGAGTCCATGACAGCCCTTATGGAGTCTA
EST: gi|88693299|gb|CI736874.1|CI736874
EST:     GCGCCGATCTCCATCCCCGTCGGTTGTCCTGCTGCTTCCGNCGCATCCTG                         GAGCTGCCGCCATGTCCGACATGGAGTCCATGACAGCCCTTATGGAGTCTA
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EST: gi|58684283|gb|CK072970.1|CK072970
EST:     GCCGATCTCCATCCCCGTCGGTTGTCCTGCTGCTTCCGCCGCATCCTG                         GAGCTGCCG-CATGTCCGACATGGAGTCCATGACAGCCCTTATGGAGTCTA
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EST: gi|88407791|gb|CI607925.1|CI607925
EST:     GCGCCGATCTCCATCCCCGTCGGTTGTCCTGCTGCTTCCGCCGCATCCTG                         GAGCTGCCGCCATGTCCGACATGGAGTCCATGACAGCCCTTATGGAGTCTA
genomic: GCGCCGATCTCCATCCCCGTCGGTTGTCCTGCTGCTTCCGCCGCATCCTGgtgagtatcc ... tcatttgcagGAGCTGCCGCCATGTCCGACATGGAGTCCATGACAGCCCTTATGGAGTCTA
EST: gi|88403226|gb|CI570967.1|CI570967
EST:     GCGCCGATCTCCATCCCCGTCGGTTGTCCTGCTGCTTCCGCCGCATCCTG                         GAGCTGCCGCCATGTCCGACATGGAGTCCATGACAGCCCTTATGGAGTCTA
genomic: GCGCCGATCTCCATCCCCGTCGGTTGTCCTGCTGCTTCCGCCGCATCCTGgtgagtatcc ... tcatttgcagGAGCTGCCGCCATGTCCGACATGGAGTCCATGACAGCCCTTATGGAGTCTA
EST: gi|88351237|gb|CI623459.1|CI623459
EST:     GGGCCGATCTCCATACCCGTCGGTTGTCCTGCTGCTTCCGCCGCATCCTG                         GAGCTGCCGCCATGTCCGACATGGAGTCCATGACAGCCCTTATGGAGTCTA
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EST: gi|87006772|gb|CI285806.1|CI285806
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genomic: GCGCCGATCTCCATCCCCGTCGGTTGTCCTGCTGCTTCCGCCGCATCCTGgtgagtatcc ... tcatttgcagGAGCTGCCGCCATGTCCGACATGGAGTCCATGACAGCCCTTATGGAGTCTA
EST: gi|88356066|gb|CI627514.1|CI627514
EST:     GCGCCGATCTCCATCCCCGTCGGTTGTCCTGCTGCTTCCGCCGCATCCTG                         GAGCTGCCGCCATGTCCGACATGGAGTCCATGACAGCCCTTATGGAGTCTA
genomic: GCGCCGATCTCCATCCCCGTCGGTTGTCCTGCTGCTTCCGCCGCATCCTGgtgagtatcc ... tcatttgcagGAGCTGCCGCCATGTCCGACATGGAGTCCATGACAGCCCTTATGGAGTCTA
EST: gi|58679658|gb|CK068345.1|CK068345
EST:     GCGCCGATCTCCATCCCCGTCGGTTGTCCTGCTGCTTCCGCCGCATCCTG                         GAGCTGCCGCCATGTCCGACATGGAGTCCATGACAGCCCTTATGGAGTCTA
genomic: GCGCCGATCTCCATCCCCGTCGGTTGTCCTGCTGCTTCCGCCGCATCCTGgtgagtatcc ... tcatttgcagGAGCTGCCGCCATGTCCGACATGGAGTCCATGACAGCCCTTATGGAGTCTA
EST: gi|58598390|gb|CK008918.1|CK008918
EST:     GCGCCGATCTCCATCCCCGTCGGTTGTCCTGCTGCTTCCGCCGCATCCTG                         GAGCTGCCGCCATGTCCGACATGGAGTCCATGACAGCCCTTATGGAGTCTA
genomic: GCGCCGATCTCCATCCCCGTCGGTTGTCCTGCTGCTTCCGCCGCATCCTGgtgagtatcc ... tcatttgcagGAGCTGCCGCCATGTCCGACATGGAGTCCATGACAGCCCTTATGGAGTCTA
EST: gi|58666185|gb|CK054871.1|CK054871
EST:     GCGCCGATCTCCATCCCCGTCGGTTGTCCTGCTGCTTCCGCCGCATCCTG                         GAGCTGCCGCCATGTCCGACATGGAGTCCATGACAGCCCTTATGGAGTCTA
genomic: GCGCCGATCTCCATCCCCGTCGGTTGTCCTGCTGCTTCCGCCGCATCCTGgtgagtatcc ... tcatttgcagGAGCTGCCGCCATGTCCGACATGGAGTCCATGACAGCCCTTATGGAGTCTA
EST: gi|88298981|gb|CI567984.1|CI567984
EST:     GCGCCGATCTCCATCCCCGTCGGTTGTCCTGCTGCTTCCGCCGCATCCTG                         GAGCTGCCGCCATGTCCGACATGGAGTCCATGACAGCCCTTATGGAGTCTA
genomic: GCGCCGATCTCCATCCCCGTCGGTTGTCCTGCTGCTTCCGCCGCATCCTGgtgagtatcc ... tcatttgcagGAGCTGCCGCCATGTCCGACATGGAGTCCATGACAGCCCTTATGGAGTCTA
EST: gi|88372791|gb|CI612719.1|CI612719
EST:     GCGCCGATCTCCATCCCCGTCGGTTGTCCTGCTGCTTCCGCCGCATCCTG                         GAGCTGCCGCCATGTCCGACATGGAGTCCATGACAGCCCTTATGGAGTCTA
genomic: GCGCCGATCTCCATCCCCGTCGGTTGTCCTGCTGCTTCCGCCGCATCCTGgtgagtatcc ... tcatttgcagGAGCTGCCGCCATGTCCGACATGGAGTCCATGACAGCCCTTATGGAGTCTA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 71 (upstream exon), 73 (downstream exon)
Score: 53

CTGGGCGTGGAGGTGGAGTCCCGTGTCGCGAGTTCGGCCGCCGCTGCCCTGCGCCGATCTCCATCCCCGTCGGTTGTCCTGCTGCTTCCGCCGCATCCTGgtgagtatcc ... tcatttgcagGAGCTGCCGCCATGTCCGACATGGAGTCCATGACAGCCCTTATGGAGTCTACAGGCTCCAAGCTGCAGCTGCTTCAGCGTGCATTTGCCGAGCTTGAGAG




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gcagtgctatttgggttgcgcgaaccaacagcttccgttgtttactcatttgcagGAGCTGCCGCCATGTCCGACATGGAGTCCATGACAGCCCTTATGGAGTCTACAGGCTCCAAGCTGCAGCTGCTTCAGCGTGCATTTGCCGAGCTTGAGAG
                                        tttactc  CT-rich tract
                                     ttgttta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
cgtagtttcgatgaagtttttgctgtactgtgcggggatttgtttgcagtgctatttgggttgcgcgaaccaacagcttccgttgtttactcatttgcagGAGCTGCCGCCATGTCCGACATGGAGTCCATGACAGCCCTTATGGAGTCTACAGGCTCCAAGCTGCAGCTGCTTCAGCGTGCATTTGCCGAGCTTGAGAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGCTT
- - - - - - - - - -ttgctgt
- - - - - - - - - - - - - -ctgtgcg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgtttgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgctatt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gaaccaa