1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
...ttgtatgcaatgctatgttcagattcaactcagcttaatgtgtaatttatgtgttgggagcttcatggcaatggtgcttatgtttgtaaatcaatggcagGTAGACAAGGAGGTTTCTGTGTTGTATTGCAAGGACATCCTTGAGAGCTAATTGGTATGGATAAGAAGAAAGCTGTTGATGACACTGAGCCTGGGCCAGC
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os08g31840.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GATTTCCCACTCTTCGG GTAGACAAGGAGGTTTCTGTGTTGTATTGCAAGGACATCCTTGAGAGCTAAEST: gi|29666045|gb|CB662320.1|CB662320
genomic: GATTTCCCACTCTTCGGgttagagcct ... tcaatggcagGTAGACAAGGAGGTTTCTGTGTTGTATTGCAAGGACATCCTTGAGAGCTAA
EST: GATTTCCCACTCTTCGG GTAGACAAGGAGGTTTCTGTGTTGTATTGCAAGGACATCCTTGAGAGCTAA
genomic: GATTTCCCACTCTTCGGgttagagcct ... tcaatggcagGTAGACAAGGAGGTTTCTGTGTTGTATTGCAAGGACATCCTTGAGAGCTAA
tttatgtgttgggagcttcatggcaatggtgcttatgtttgtaaatcaatggcagGTAGACAAGGAGGTTTCTGTGTTGTATTGCAAGGACATCCTTGAGAGCTAATTGGTATGGATAAGAAGAAAGCTGTTGATGACACTGAGCCTGGGCCAGC
ttatgtttgtaaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttgtatgcaatgctatgttcagattcaactcagcttaatgtgtaatttatgtgttgggagcttcatggcaatggtgcttatgtttgtaaatcaatggcagGTAGACAAGGAGGTTTCTGTGTTGTATTGCAAGGACATCCTTGAGAGCTAATTGGTATGGATAAGAAGAAAGCTGTTGATGACACTGAGCCTGGGCCAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT
-tgtatgc
- - - - - tgctatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgtgttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cttcatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - atggtgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgtttgt