1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' |
...tttgttctgtttgcctgaatacgggttgaacagttgaggctgagttagtagaaggacagatcattcgtgtaatgtgtgctgtgatgatcttttgatgcagCAGGACGATGGGCGCTTCTGCAGCTACCGGTATGCAGATGGTGGCTGCACGCCCCTGCATCTCAGCCTCCCAGGGAATGCTTACTTCCAGGGCGGCGGTC
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os08g23810.2 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
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EST: GCAGCCGCGCCGAGCTCCCAGATCCCTCGTGCATTCCACCTTCTCCC--G -AGGACGATGGGCGCTTCTGCAGCTACCGGTATGCAGATGGTGGCTGCACG
genomic: GCAGCCGCGCCGAGCTCCCAGATCCCTCGTGCATTCCACCTTCTCCCGAGgtgagccacc ... tttgatgcagCAGGACGATGGGCGCTTCTGCAGCTACCGGTATGCAGATGGTGGCTGCACG
tagtagaaggacagatcattcgtgtaatgtgtgctgtgatgatcttttgatgcagCAGGACGATGGGCGCTTCTGCAGCTACCGGTATGCAGATGGTGGCTGCACGCCCCTGCATCTCAGCCTCCCAGGGAATGCTTACTTCCAGGGCGGCGGTC
ttttgat putative branch site (score: 2)
tctttt CT-rich tract
atctttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tttgttctgtttgcctgaatacgggttgaacagttgaggctgagttagtagaaggacagatcattcgtgtaatgtgtgctgtgatgatcttttgatgcagCAGGACGATGGGCGCTTCTGCAGCTACCGGTATGCAGATGGTGGCTGCACGCCCCTGCATCTCAGCCTCCCAGGGAATGCTTACTTCCAGGGCGGCGGTC
- - - ctgtttg
- - - - - - -cctgaat
- - - - - - - - - - - - -ttgaaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - -gaggctg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgtaatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gtgctgt