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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tttggttattccttgactgcttgattacagaaagaaatttatgaagctgtaatcgggatagttatactgcttgttcttatgattcatttcctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCGACATTCAGATCCCAACTGCCTTCG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os07g34589.4
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os07g34589.4 (Oryza sativa), 3'ss of exon 1
lower sequence: GRMZM5G835323_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 1
tttggttattccttgactgcttgat-tacagaaagaaatttatgaagctgtaatcgggatagttatactgcttgttcttatgattcat----ttcctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTT-CATGTCTGATCTCGACATTCAGATCCCAACTGCCTTCG
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---ggagaaacttatcctatattttgtagatgtttgggtctgtgatatggtttcctttgt--ctacaccgaatgttctaattatctatatcgttcctttgtacagCTCTTGGTGTAGCTTGCCACTCTCACCAATCAAGTTTTCATGTCTGATCTCGACATTCAGATCCCAACTGCCTTCG

upper sequence: LOC_Os07g34589.4 (Oryza sativa), 3'ss of exon 1
lower sequence: Vv19s0177g00100.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 1
tttggttattccttgactgcttgattacagaaagaaatttatgaagct-gtaatcgggatagttatactgcttgttcttatgattcatttcc--tttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCGACATTCAGATCCCAACTGCCTTCG
              | || |   |||  ||||    | | ||    || ||    |     | | |     || ||||||| || ||  ||   ||  |   ||| |  |  | | |  | | || || |||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| || |
----------agcagtctaccaaattctagaacttgaatcatttttcttgttgatgatgctgatttctctttttttcttataatccaggtctgattactctggttgtcagGTTCGAT--CAATTTCCAACAGCCAAGTTTCATGTCTGAACTCGACATCCAGATCCCCACTGCTTTTG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88570587|gb|CI661960.1|CI661960
EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
genomic: CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGGgtatgtgcct ... ctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
EST: gi|88689675|gb|CI733251.1|CI733251
EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
genomic: CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGGgtatgtgcct ... ctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
EST: gi|10931460|gb|AU161734.1|AU161734
EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
genomic: CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGGgtatgtgcct ... ctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
EST: gi|88410528|gb|CI686466.1|CI686466
EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
genomic: CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGGgtatgtgcct ... ctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
EST: gi|88419463|gb|CI686673.1|CI686673
EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
genomic: CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGGgtatgtgcct ... ctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
EST: gi|88588717|gb|CI706554.1|CI706554
EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
genomic: CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGGgtatgtgcct ... ctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
EST: gi|88585800|gb|CI701391.1|CI701391
EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
genomic: CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGGgtatgtgcct ... ctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
EST: gi|33822543|gb|CF337077.1|CF337077
EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
genomic: CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGGgtatgtgcct ... ctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
EST: gi|88334867|gb|CI648642.1|CI648642
EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
genomic: CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGGgtatgtgcct ... ctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
EST: gi|88742770|gb|CI766278.1|CI766278
EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
genomic: CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGGgtatgtgcct ... ctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
EST: gi|3106906|gb|D42637.1|D42637
EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTG-CACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
genomic: CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGGgtatgtgcct ... ctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
EST: gi|88342318|gb|CI658973.1|CI658973
EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
genomic: CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGGgtatgtgcct ... ctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
EST: gi|88587861|gb|CI705641.1|CI705641
EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
genomic: CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGGgtatgtgcct ... ctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
EST: gi|88825327|gb|CI775892.1|CI775892
EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
genomic: CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGGgtatgtgcct ... ctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
EST: gi|33657837|gb|CF280451.1|CF280451
EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
genomic: CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGGgtatgtgcct ... ctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
EST: gi|88388448|gb|CI683223.1|CI683223
EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
genomic: CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGGgtatgtgcct ... ctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
EST: gi|33655791|gb|CF278405.1|CF278405
EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
genomic: CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGGgtatgtgcct ... ctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
EST: gi|88763427|gb|CI772879.1|CI772879
EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
genomic: CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGGgtatgtgcct ... ctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
EST: gi|88593262|gb|CI709425.1|CI709425
EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCANTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
genomic: CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGGgtatgtgcct ... ctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
EST: gi|88346311|gb|CI635789.1|CI635789
EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
genomic: CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGGgtatgtgcct ... ctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
EST: gi|5005049|gb|AU068352.1|AU068352
EST:     CGGTCGANTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
genomic: CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGGgtatgtgcct ... ctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
EST: gi|88355625|gb|CI679348.1|CI679348
EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
genomic: CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGGgtatgtgcct ... ctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
EST: gi|88582235|gb|CI699629.1|CI699629
EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
genomic: CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGGgtatgtgcct ... ctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
EST: gi|88958926|gb|CI685737.1|CI685737
EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
genomic: CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGGgtatgtgcct ... ctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
EST: gi|88339341|gb|CI633912.1|CI633912
EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
genomic: CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGGgtatgtgcct ... ctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
EST: gi|88339524|gb|CI635502.1|CI635502
EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
genomic: CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGGgtatgtgcct ... ctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
EST: gi|88689721|gb|CI733297.1|CI733297
EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
genomic: CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGGgtatgtgcct ... ctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
EST: gi|58595000|gb|CF993308.1|CF993308
EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGC
genomic: CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGGgtatgtgcct ... ctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGC
EST: gi|33657184|gb|CF279798.1|CF279798
EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
genomic: CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGGgtatgtgcct ... ctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
EST: gi|55433439|gb|CV729824.1|CV729824
EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTATCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
genomic: CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGGgtatgtgcct ... ctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
EST: gi|5003993|gb|AU069142.1|AU069142
EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
genomic: CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGGgtatgtgcct ... ctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
EST: gi|13807073|gb|AU181800.1|AU181800
EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
genomic: CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGGgtatgtgcct ... ctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
EST: gi|218478169|gb|FG952614.1|FG952614
EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
genomic: CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGGgtatgtgcct ... ctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
EST: gi|33654864|gb|CF277478.1|CF277478
EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
genomic: CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGGgtatgtgcct ... ctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
EST: gi|88728362|gb|CI751872.1|CI751872
EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
genomic: CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGGgtatgtgcct ... ctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
EST: gi|13421572|gb|AU175214.1|AU175214
EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
genomic: CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGGgtatgtgcct ... ctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
EST: gi|88589476|gb|CI707359.1|CI707359
EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
genomic: CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGGgtatgtgcct ... ctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
EST: gi|88427469|gb|CI689624.1|CI689624
EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
genomic: CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGGgtatgtgcct ... ctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
EST: gi|88427728|gb|CI689595.1|CI689595
EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCANTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
genomic: CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGGgtatgtgcct ... ctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
EST: gi|88301910|gb|CI667756.1|CI667756
EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
genomic: CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGGgtatgtgcct ... ctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
EST: gi|88578181|gb|CI687095.1|CI687095
EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
genomic: CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGGgtatgtgcct ... ctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
EST: gi|88349137|gb|CI678108.1|CI678108
EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
genomic: CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGGgtatgtgcct ... ctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
EST: gi|88736430|gb|CI759938.1|CI759938
EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
genomic: CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGGgtatgtgcct ... ctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
EST: gi|88664733|gb|CI702091.1|CI702091
EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
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genomic: CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGGgtatgtgcct ... ctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
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EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
genomic: CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGGgtatgtgcct ... ctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
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genomic: CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGGgtatgtgcct ... ctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
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genomic: CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGGgtatgtgcct ... ctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
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EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
genomic: CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGGgtatgtgcct ... ctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
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EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
genomic: CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGGgtatgtgcct ... ctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
EST: gi|38475180|gb|CF959313.1|CF959313
EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
genomic: CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGGgtatgtgcct ... ctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
EST: gi|88453885|gb|CI698584.1|CI698584
EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
genomic: CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGGgtatgtgcct ... ctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
EST: gi|27576240|gb|CA998934.1|CA998934
EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
genomic: CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGGgtatgtgcct ... ctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
EST: gi|88731374|gb|CI754987.1|CI754987
EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
genomic: CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGGgtatgtgcct ... ctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
EST: gi|33809918|gb|CF330847.1|CF330847
EST:     CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
genomic: CGGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTCCTCACAGGgtatgtgcct ... ctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCG
EST: gi|55436839|gb|CV731585.1|CV731585
EST:     GGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTTTTCTCTCACAGG                         TTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTC
genomic: GGTCGAGTTCTTGGTCGATCTCTTCCCTCCTCCACCTCCTC-CTCACAGGgtatgtgcct ... ctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gctgtaatcgggatagttatactgcttgttcttatgattcatttcctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCGACATTCAGATCCCAACTGCCTTCG
                                     ttcatttcctttgt  CT-rich tract
            atagttata  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tttggttattccttgactgcttgattacagaaagaaatttatgaagctgtaatcgggatagttatactgcttgttcttatgattcatttcctttgtgcagTTCTTGGTGTAGCTTGCCACTTTCACCAGCAAAGTTTCATGTCTGATCTCGACATTCAGATCCCAACTGCCTTCG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG