Sequence
atgc intronic sequence ATGC exonic sequence...gccatgatcatgaccaacggctggccgatggtctacaggacactcttcgcacctttctctgtctgtgtgatcatcctcctagcagctggtttttgaacagGAAGAAGGACTACAAGGATGGGAGGTTCTCTCAGGTTGTTTCTAACGCTCTGGACATGAAGCTCAGGGATGACCTTGAGAGGCTGAAGAAGATCAG
Basic information
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os07g07770.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
Orthologous splice sites
atgc intronic sequence ATGC exonic sequence
upper sequence: LOC_Os07g07770.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 1
lower sequence: GRMZM2G571251_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
gccatgatcatgaccaacggctggccgatggtctacaggacactcttcgcacctttctctgtctgtgtgatcatcctcctagcagctggtttttgaacagGAAGAAGGACTACAAGGATGGGAGGTTCTCTCAGGTTGTTTCTAACGCTCTGGACATGAAGCTCAGGGATGACCTTGAGAGGCTGAAGAAGATCAG
|| | | ||| | | | || ||| ||| | |||||| | ||||| || ||||||||||||||||| || ||||||||| ||||||| ||||| || |||| ||||||||| | |
----------------------------------gttggttgattgcca-accccccccccccacagT--TCAAGGTCCC--TACCTGGTTCCTCAACAGAAAAAAGGACTACAAGGATGGTAGATTCTCTCAGATTGTTTCCAACGCCCTTGACAAGAAGCTCAG--CTTAT----------------------- atgc intronic sequence ATGC exonic sequenceIntronic sequence truncated to 55 bases.ttcgcacctttctctgtctgtgtgatcatcctcctagcagctggtttttgaacagGAAGAAGGACTACAAGGATGGGAGGTTCTCTCAGGTTGTTTCTAACGCTCTGGACATGAAGCTCAGGGATGACCTTGAGAGGCTGAAGAAGATCAG
ttttt CT-rich tract
tttttgaa TA-rich tract
Putative cis-regulatory sequences
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
| | ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|
gccatgatcatgaccaacggctggccgatggtctacaggacactcttcgcacctttctctgtctgtgtgatcatcctcctagcagctggtttttgaacagGAAGAAGGACTACAAGGATGGGAGGTTCTCTCAGGTTGTTTCTAACGCTCTGGACATGAAGCTCAGGGATGACCTTGAGAGGCTGAAGAAGATCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGATCA
gccatga
- - - - catgacc
- - - - - - - - -cggctgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -catcctc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gcagctg