1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...gtactaaggcaaaataatcacgccacattgtagctcttaatgttcgtatgtaattgattattccctgatgttttttcttttctattaattctataagcagAAGCTGGTGGGCCAGATGGGTTAAGGAAATGCAAATCTGATTCTAAAGCTACAGCAAGTGTCCTTGCCCCTCCAAAAGATGTGGAGGACCTGCAAATCGA
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os06g45280.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CATGGGCGGATGCTTCTCGCTGGAGGAGCACCGGCTCCAGGGCAAGACAG AAGCTGGTGGGCCAGATGGGTTAAGGAAATGCAAATCTGATTCTAAAGCTAEST: gi|58684071|gb|CK072758.1|CK072758
genomic: CATGGGCGGATGCTTCTCGCTGGAGGAGCACCGGCTCCAGGGCAAGACAGgttcgtccgt ... ctataagcagAAGCTGGTGGGCCAGATGGGTTAAGGAAATGCAAATCTGATTCTAAAGCTA
EST: CATGGGCGGATGCTTCTCGCTGGAGGAGCACCGGCTCCAGGGCAAGACAG AAGCTGGTGGGCCAGATGGGTTAAGGAAATGCAAATCTGATTCTAAAGCTA
genomic: CATGGGCGGATGCTTCTCGCTGGAGGAGCACCGGCTCCAGGGCAAGACAGgttcgtccgt ... ctataagcagAAGCTGGTGGGCCAGATGGGTTAAGGAAATGCAAATCTGATTCTAAAGCTA
gtatgtaattgattattccctgatgttttttcttttctattaattctataagcagAAGCTGGTGGGCCAGATGGGTTAAGGAAATGCAAATCTGATTCTAAAGCTACAGCAAGTGTCCTTGCCCCTCCAAAAGATGTGGAGGACCTGCAAATCGA
tattaat putative branch site (score: 3)
ttttttcttttctatt CT-rich tract
atgttttttcttttct TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtactaaggcaaaataatcacgccacattgtagctcttaatgttcgtatgtaattgattattccctgatgttttttcttttctattaattctataagcagAAGCTGGTGGGCCAGATGGGTTAAGGAAATGCAAATCTGATTCTAAAGCTACAGCAAGTGTCCTTGCCCCTCCAAAAGATGTGGAGGACCTGCAAATCGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - aaaataa
- - - - - - - - - cacgcca
- - - - - - - - - - - - - - tgtagct