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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gttttccccatttggatttttcgatctcatcactcctgacgaaaaatttctcatcgccttctgtttggtttggtttggtttttctcgcgatttgccgcagATCGCAGCCATGGGAACCCGCAGCGTGGCCTTGGTGCTCCTCGCGGCCGTGCTGCTCCAAGCCCTCCTCCCCGCTTCGGCGGCGGAGGGTTTGGTGCGGA

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os05g49200.1
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os05g49200.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 1
lower sequence: GRMZM2G065757_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 1
----------gttttccccatttggatttttcgatctcatcactcctgacgaaaaatttctcatcgccttctgtttggtttggtttggtttttctcgcgatttgccgcagATC-GCAGCCATGGGAACCCGCAGCGTGGCCTTGGTGCTCCTCGCGGCCGTGCTGCTCC---AAGCCCTCCTCCCCGCTTCGGCGGCGGAGGGTTTGGTGCGGA
            | |||   | | | || | |  |    || |  |||||| |     |||  |||   |||    ||  |   | | |    || | |   ||||||||||| ||   ||||||||||||| |||| ||| || ||||||||||||| ||||||||||   | || ||||||| ||| ||| ||   |||||  |||||||| 
tcagccggaaactgtccttttcttggttgtactgtgctttccccactgacgga-----tctgttcgatatctaaccggcct---tcgctccgccttggg--ctgccgcagATCAGCGAACATGGGAACCCGCGGCGTCGCCCTGCTGCTCCTCGCGGCGGTGCTGCTCCTCCAGGCGCTCCTCCTCGCGTCGTCG---GAGGGCCTGGTGCGG-
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88300250|gb|CI582484.1|CI582484
EST:     CTCGGCACGTCGGTTGTTGCTGTTGCTGCTGCTGCTCCTCCCGTTTTCCG                         ATCGCAGCCATGGGAACCCGCAGCGTGGCCTTGGTGCTCCTCGCGGCCGTG
genomic: CTCGGCACGTCGGTTGTTGCTGTTGCTGCTGCTGCTCCTCCCGTTTTCCGgtgagctctc ... tttgccgcagATCGCAGCCATGGGAACCCGCAGCGTGGCCTTGGTGCTCCTCGCGGCCGTG
EST: gi|88744179|gb|CI767539.1|CI767539
EST:     CTCGGCACGTCGGTTGTTGCTGTTGCTGCTGCTGCTCCTCCCGTTTTCCG                         ATCGCAGCCATGGGAACCCGCAGCGTGGCCTTGGTGCTCCTCGCGGCCGTG
genomic: CTCGGCACGTCGGTTGTTGCTGTTGCTGCTGCTGCTCCTCCCGTTTTCCGgtgagctctc ... tttgccgcagATCGCAGCCATGGGAACCCGCAGCGTGGCCTTGGTGCTCCTCGCGGCCGTG
EST: gi|88766150|gb|CI775240.1|CI775240
EST:     CTCGGCACGTCGGTTGTTGCTGTTGCTGCTGCTGCTCCTCCCGTTTTCCG                         ATCGCAGCCATGGGAACCCGCAGCGTGGCCTTGGTGCTCCTCGCGGCCGTG
genomic: CTCGGCACGTCGGTTGTTGCTGTTGCTGCTGCTGCTCCTCCCGTTTTCCGgtgagctctc ... tttgccgcagATCGCAGCCATGGGAACCCGCAGCGTGGCCTTGGTGCTCCTCGCGGCCGTG
EST: gi|88696558|gb|CI740133.1|CI740133
EST:     CTCGGCACGTCGGTTGTTGCTGTTGCTGCTGCTGCTCCTCCCGTTTTCCG                         ATCGCAGCCATGGGAACCCGCAGCGTGGCCTTGGTGCTCCTCGCGGCCGTG
genomic: CTCGGCACGTCGGTTGTTGCTGTTGCTGCTGCTGCTCCTCCCGTTTTCCGgtgagctctc ... tttgccgcagATCGCAGCCATGGGAACCCGCAGCGTGGCCTTGGTGCTCCTCGCGGCCGTG
EST: gi|88761466|gb|CI771022.1|CI771022
EST:     CTCGGCACGTCGGTTGTTGCTGTTGCTGCTGCTGCTCCTCCCGTTTTCCG                         ATCGCAGCCATGGGAACCCGCAGCGTGGCCTTGGTGCTCCTCGCGGCCGTG
genomic: CTCGGCACGTCGGTTGTTGCTGTTGCTGCTGCTGCTCCTCCCGTTTTCCGgtgagctctc ... tttgccgcagATCGCAGCCATGGGAACCCGCAGCGTGGCCTTGGTGCTCCTCGCGGCCGTG
EST: gi|88420893|gb|CI620211.1|CI620211
EST:     CTCGGCACGTCGGTTGTTGCTGTTGCTGCTGCTGCTCCTCCCGTTTTCCG                         ATCGCAGCCATGGGAACCCGCAGCGTGGCCTTGGTGCTCCTCGCGGCCGTG
genomic: CTCGGCACGTCGGTTGTTGCTGTTGCTGCTGCTGCTCCTCCCGTTTTCCGgtgagctctc ... tttgccgcagATCGCAGCCATGGGAACCCGCAGCGTGGCCTTGGTGCTCCTCGCGGCCGTG
EST: gi|88722647|gb|CI746157.1|CI746157
EST:     CTCGGCACGTCGGTTGTTGCTGTTGCTGCTGCTGCTCCTCCCGTTTTCCG                         ATCGCAGCCATGGGAACCCGCAGCGTGGCCTTGGTGCTCCTCGCGGCCGTG
genomic: CTCGGCACGTCGGTTGTTGCTGTTGCTGCTGCTGCTCCTCCCGTTTTCCGgtgagctctc ... tttgccgcagATCGCAGCCATGGGAACCCGCAGCGTGGCCTTGGTGCTCCTCGCGGCCGTG
EST: gi|13165545|gb|AU174342.1|AU174342
EST:     GTTGCTGCTGCTGCTCCTCCCGTTTTCCG                         ATCGCAGCCATGGGAACCCGCAGCGTGGCCTTGGTGCTCCTCGCGGCCGTG
genomic: GTTGCTGCTGCTGCTCCTCCCGTTTTCCGgtgagctctc ... tttgccgcagATCGCAGCCATGGGAACCCGCAGCGTGGCCTTGGTGCTCCTCGCGGCCGTG
EST: gi|88741082|gb|CI764590.1|CI764590
EST:     CTCGGCACGTCGGTTGTTGCTGTTGCTGCTGCTGCTCCTCCCGTTTTCCG                         ATCGCAGCCATGGGAACCCGCAGCGTGGCCTTGGTGCTCCTCGCGGCCGTG
genomic: CTCGGCACGTCGGTTGTTGCTGTTGCTGCTGCTGCTCCTCCCGTTTTCCGgtgagctctc ... tttgccgcagATCGCAGCCATGGGAACCCGCAGCGTGGCCTTGGTGCTCCTCGCGGCCGTG
EST: gi|88449323|gb|CI582195.1|CI582195
EST:     CTCGGCACGTCGGTTGTTGCTGTTGCTGCTGCTGCTCCTCCCGTTTTCCG                         ATCGCAGCCATGGGAACCCGCAGCGTGGCCTTGGTGCTCCTCGCGGCCGTG
genomic: CTCGGCACGTCGGTTGTTGCTGTTGCTGCTGCTGCTCCTCCCGTTTTCCGgtgagctctc ... tttgccgcagATCGCAGCCATGGGAACCCGCAGCGTGGCCTTGGTGCTCCTCGCGGCCGTG
EST: gi|25800141|gb|CA756102.1|CA756102
EST:     GGTTGTTGCTGTTGCTGCTGCTGCTCCTCCCGTTTTCCG                         ATCGCAGCCATGGGAACCCGCAGCGTGGCCTTGGTGCTCCTCGCGGCCGTG
genomic: GGTTGTTGCTGTTGCTGCTGCTGCTCCTCCCGTTTTCCGgtgagctctc ... tttgccgcagATCGCAGCCATGGGAACCCGCAGCGTGGCCTTGGTGCTCCTCGCGGCCGTG
EST: gi|88745090|gb|CI768450.1|CI768450
EST:     CTCGGCACGTCGGTTGTTGCTGTTGCTGCTGCTGCTCCTCCCGTTTTCCG                         ATCGCAGCCATGGGAACCCGCAGCGTGGCCTTGGTGCTCCTCGCGGCCGTG
genomic: CTCGGCACGTCGGTTGTTGCTGTTGCTGCTGCTGCTCCTCCCGTTTTCCGgtgagctctc ... tttgccgcagATCGCAGCCATGGGAACCCGCAGCGTGGCCTTGGTGCTCCTCGCGGCCGTG
EST: gi|29669082|gb|CB665357.1|CB665357
EST:     CTGCTGCTCCTCCCGTTTTCCG                         ATCGCAGCCATGGGAACCCGCAGCGTGGCCTTGGTGCTCCTCGCGGCCGTG
genomic: CTGCTGCTCCTCCCGTTTTCCGgtgagctctc ... tttgccgcagATCGCAGCCATGGGAACCCGCAGCGTGGCCTTGGTGCTCCTCGCGGCCGTG
EST: gi|88365101|gb|CI616520.1|CI616520
EST:     CTCGGCACGTCGGTTGTTGCTGTTGCTGCTGCTGCTCCTCCCGTTTTCCG                         ATCGCAGCCATGGGAACCCGCAGCGTGGCCTTGGTGCTCCTCGCGGCCGTG
genomic: CTCGGCACGTCGGTTGTTGCTGTTGCTGCTGCTGCTCCTCCCGTTTTCCGgtgagctctc ... tttgccgcagATCGCAGCCATGGGAACCCGCAGCGTGGCCTTGGTGCTCCTCGCGGCCGTG
EST: gi|88424589|gb|CI606388.1|CI606388
EST:     CTCGGCACGTCGGTTGTTGCTGTTGCTGCTGCTGCTCCTCCCGTTTTCCG                         ATCGCAGCCATGGGAACCCGCAGCGTGGCCTTGGTGCTCCTCGCGGCCGTG
genomic: CTCGGCACGTCGGTTGTTGCTGTTGCTGCTGCTGCTCCTCCCGTTTTCCGgtgagctctc ... tttgccgcagATCGCAGCCATGGGAACCCGCAGCGTGGCCTTGGTGCTCCTCGCGGCCGTG
EST: gi|88724074|gb|CI749084.1|CI749084
EST:     CTCGGCACGTCGGTTGTTGCTGTTGCTGCTGCTGCTCCTCCCGTTTTCCG                         ATCGCAGCCATGGGAACCCGCAGCGTGGCCTTGGTGCTCCTCGCGGCCGTG
genomic: CTCGGCACGTCGGTTGTTGCTGTTGCTGCTGCTGCTCCTCCCGTTTTCCGgtgagctctc ... tttgccgcagATCGCAGCCATGGGAACCCGCAGCGTGGCCTTGGTGCTCCTCGCGGCCGTG
EST: gi|58604506|gb|CK015034.1|CK015034
EST:     CGGCACGTCGGTTGTTGCTGTTGCTGCTGCTGCTCCTCCCGTTTTCCG                         ATCGCAGCCATGGGAACCCGCAGCGTGGCCTTGGTGCTCCTCGCG
genomic: CGGCACGTCGGTTGTTGCTGTTGCTGCTGCTGCTCCTCCCGTTTTCCGgtgagctctc ... tttgccgcagATCGCAGCCATGGGAACCCGCAGCGTGGCCTTGGTGCTCCTCGCG
EST: gi|58671799|gb|CK060485.1|CK060485
EST:     GCTGTTGCTGCTGCTGCTCCTCCCGTTTTCCG                         ATCGCAGCCATGGGAACCCGCAGCGTGGCCTTGGTGCTCCTCGCGGCCGTG
genomic: GCTGTTGCTGCTGCTGCTCCTCCCGTTTTCCGgtgagctctc ... tttgccgcagATCGCAGCCATGGGAACCCGCAGCGTGGCCTTGGTGCTCCTCGCGGCCGTG
EST: gi|88759827|gb|CI769383.1|CI769383
EST:     CTCGGCACGTCGGTTGTTGCTGTTGCTGCTGCTGCTCCTCCCGTTTTCCG                         ATCGCAGCCATGGGAACCCGCAGCGTGGCCTTGGTGCTCCTCGCGGCCGTG
genomic: CTCGGCACGTCGGTTGTTGCTGTTGCTGCTGCTGCTCCTCCCGTTTTCCGgtgagctctc ... tttgccgcagATCGCAGCCATGGGAACCCGCAGCGTGGCCTTGGTGCTCCTCGCGGCCGTG
EST: gi|88742189|gb|CI765697.1|CI765697
EST:     CTCGGCACGTCGGTTGTTGCTGTTGCTGCTGCTGCTCCTCCCGTTTTCCG                         ATCGCAGCCATGGGAACCCGCAGCGTGGCCTTGGTGCTCCTCGCGGCCGTG
genomic: CTCGGCACGTCGGTTGTTGCTGTTGCTGCTGCTGCTCCTCCCGTTTTCCGgtgagctctc ... tttgccgcagATCGCAGCCATGGGAACCCGCAGCGTGGCCTTGGTGCTCCTCGCGGCCGTG
EST: gi|29664332|gb|CB660607.1|CB660607
EST:     GCTGCTGCTCCTCCCGTTTTCCG                         ATCGCAGCCATGGGAACCCGCAGCGTGGCCTTGGTGCTCCTCGCGGCCGTG
genomic: GCTGCTGCTCCTCCCGTTTTCCGgtgagctctc ... tttgccgcagATCGCAGCCATGGGAACCCGCAGCGTGGCCTTGGTGCTCCTCGCGGCCGTG
EST: gi|88397161|gb|CI593373.1|CI593373
EST:     TCGGCACTGTCGGTTGTTGCTGTTGCTGCTGCTGCTCCTCCCGTTTTCCG                         ATCGCAGCCATGGGAACCCGCAGTGTGGCCTTGGTGCTCCTCGCGGCCGTG
genomic: TCGGCAC-GTCGGTTGTTGCTGTTGCTGCTGCTGCTCCTCCCGTTTTCCGgtgagctctc ... tttgccgcagATCGCAGCCATGGGAACCCGCAGCGTGGCCTTGGTGCTCCTCGCGGCCGTG
EST: gi|88695419|gb|CI737922.1|CI737922
EST:     CTCGGCACGTCGGTTGTTGCTGTTGCTGCTGCTGCTCCTCCCGTTTTCCG                         ATCGCAGCCATGGGAACCCGCAGCGTGGGCTTGGTGCTCCTCGCGGCCGTG
genomic: CTCGGCACGTCGGTTGTTGCTGTTGCTGCTGCTGCTCCTCCCGTTTTCCGgtgagctctc ... tttgccgcagATCGCAGCCATGGGAACCCGCAGCGTGGCCTTGGTGCTCCTCGCGGCCGTG
EST: gi|88728563|gb|CI752073.1|CI752073
EST:     CTCGGCACGTCGGTTGTTGCTGTTGCTGCTGCTGCTCCTCCCGTTTTCCG                         ATCGCAGCCATGGGAACCCGCAGCGTGGCCTTGGTGCTCCTCGCGGCCGTG
genomic: CTCGGCACGTCGGTTGTTGCTGTTGCTGCTGCTGCTCCTCCCGTTTTCCGgtgagctctc ... tttgccgcagATCGCAGCCATGGGAACCCGCAGCGTGGCCTTGGTGCTCCTCGCGGCCGTG
EST: gi|88356083|gb|CI627531.1|CI627531
EST:     CTCGGCACGTCGGTTGTTGCTGTTGCTGCTGCTGCTCCTCCCGTTTTCCG                         ATCGCAGCCATGGGAACCCGCAGCGTGGCCTTGGTGCTCCTCGCGGCCGTG
genomic: CTCGGCACGTCGGTTGTTGCTGTTGCTGCTGCTGCTCCTCCCGTTTTCCGgtgagctctc ... tttgccgcagATCGCAGCCATGGGAACCCGCAGCGTGGCCTTGGTGCTCCTCGCGGCCGTG
EST: gi|88720174|gb|CI743473.1|CI743473
EST:     CTCGGCACGTCGGTTGTTGCTGTTGCTGCTGCTGCTCCTCCCGTTTTCCG                         ATCGCAGCCATGGGAACCCGCAGCGTGGCCTTGGTGCTCCTCGCGGCCGTG
genomic: CTCGGCACGTCGGTTGTTGCTGTTGCTGCTGCTGCTCCTCCCGTTTTCCGgtgagctctc ... tttgccgcagATCGCAGCCATGGGAACCCGCAGCGTGGCCTTGGTGCTCCTCGCGGCCGTG
EST: gi|88357231|gb|CI616118.1|CI616118
EST:     CTCGGCACGTCGGTTGTTGCTGTTGCTGCTGCTGCTCCTCCCGTTTTCCG                         ATCGCAGCCATGGGAACCCGCAGCGTGGCCTTGGTGCTCCTCGCGGCCGTG
genomic: CTCGGCACGTCGGTTGTTGCTGTTGCTGCTGCTGCTCCTCCCGTTTTCCGgtgagctctc ... tttgccgcagATCGCAGCCATGGGAACCCGCAGCGTGGCCTTGGTGCTCCTCGCGGCCGTG
EST: gi|88827887|gb|CI778452.1|CI778452
EST:     CTCGGCACGTCGGTTGTTGCTGTTGCTGCTGCTGCTCCTCCCGTTTTCCG                         ATCGCAGCCATGGGAACCCGCAGCGTGGCCTTGGTGCTCCTCGCGGCCGTG
genomic: CTCGGCACGTCGGTTGTTGCTGTTGCTGCTGCTGCTCCTCCCGTTTTCCGgtgagctctc ... tttgccgcagATCGCAGCCATGGGAACCCGCAGCGTGGCCTTGGTGCTCCTCGCGGCCGTG
EST: gi|88400737|gb|CI596158.1|CI596158
EST:     CTCGGCACGTCGGTTGTTGCTGTTGCTGCTGCTGCTCCTCCCGTTTTCCG                         ATCGCAGCCATGGGAACCCGCAGCGTGGCCTTGGTGCTCCTCGCGGCCGTG
genomic: CTCGGCACGTCGGTTGTTGCTGTTGCTGCTGCTGCTCCTCCCGTTTTCCGgtgagctctc ... tttgccgcagATCGCAGCCATGGGAACCCGCAGCGTGGCCTTGGTGCTCCTCGCGGCCGTG
EST: gi|88298914|gb|CI567917.1|CI567917
EST:     CTCGGCACGTCGGTTGTTGCTGTTGCTGGTGCTGCTCCTCCCGTTTTCCG                         ATCGCAGCCATGGGAACCCGCAGCGTGGCCTTGGTGCTCCTCGCGGGCGTG
genomic: CTCGGCACGTCGGTTGTTGCTGTTGCTGCTGCTGCTCCTCCCGTTTTCCGgtgagctctc ... tttgccgcagATCGCAGCCATGGGAACCCGCAGCGTGGCCTTGGTGCTCCTCGCGGCCGTG
EST: gi|58672084|gb|CK060770.1|CK060770
EST:     CGGCACGTCGGTTGTTGCTGTTGCTGCTGCTGCTCCTCCCGTTTTCCG                         ATCGCAG-CATGGGAACCCGCAGCGTGGCCTTGGTGCTCCTCGCGGCCGTG
genomic: CGGCACGTCGGTTGTTGCTGTTGCTGCTGCTGCTCCTCCCGTTTTCCGgtgagctctc ... tttgccgcagATCGCAGCCATGGGAACCCGCAGCGTGGCCTTGGTGCTCCTCGCGGCCGTG
EST: gi|88734333|gb|CI757841.1|CI757841
EST:     CTCGGCACGTCGGTTGTTGCTGTTGCTGCTGCTGCTCCTCCCGTTTTCCG                         ATCGCAGCCATGGGAACCCGCAGCGTGGCCTTGGTGCTCCTCGCGGCCGTG
genomic: CTCGGCACGTCGGTTGTTGCTGTTGCTGCTGCTGCTCCTCCCGTTTTCCGgtgagctctc ... tttgccgcagATCGCAGCCATGGGAACCCGCAGCGTGGCCTTGGTGCTCCTCGCGGCCGTG
EST: gi|58673918|gb|CK062604.1|CK062604
EST:     TGCTGTTGCTGCTGCTGCTCCTCCCGTTTTCCG                         ATCGCAGCCATGGGAACCCGCAGCGTGGCCTTGGTGCTCCTCGCGGCCGTG
genomic: TGCTGTTGCTGCTGCTGCTCCTCCCGTTTTCCGgtgagctctc ... tttgccgcagATCGCAGCCATGGGAACCCGCAGCGTGGCCTTGGTGCTCCTCGCGGCCGTG
EST: gi|88732072|gb|CI757249.1|CI757249
EST:     CTCGGCACGTCGGTTGTTGCTGTTGCTGCTGCTGCTCCTCCCGTTTTCCG                         ATCGCAGCCATGGGAACCCGCAGCGTGGCCTTGGTGCTCCTCGCGGCCGTG
genomic: CTCGGCACGTCGGTTGTTGCTGTTGCTGCTGCTGCTCCTCCCGTTTTCCGgtgagctctc ... tttgccgcagATCGCAGCCATGGGAACCCGCAGCGTGGCCTTGGTGCTCCTCGCGGCCGTG
EST: gi|88740839|gb|CI763354.1|CI763354
EST:     CTCGGCACGTCGGTTGTTGCTGTTGCTGCTGCTGCTCCTCCCGTTTTCCG                         ATCGCAGCCATGGGAACCCGCAGCGTGGCCTTGGTGCTCCTCGCGGCCGTG
genomic: CTCGGCACGTCGGTTGTTGCTGTTGCTGCTGCTGCTCCTCCCGTTTTCCGgtgagctctc ... tttgccgcagATCGCAGCCATGGGAACCCGCAGCGTGGCCTTGGTGCTCCTCGCGGCCGTG
EST: gi|88765924|gb|CI775014.1|CI775014
EST:     CTCGGCACGTCGGTTGTTGCTGTTGCTGCTGCTGCTCCTCCCGTTTTCCG                         ATCGCAGCCATGGGAACCCGCAGCGTGGCCTTGGTGCTCCTCGCGGCCGTG
genomic: CTCGGCACGTCGGTTGTTGCTGTTGCTGCTGCTGCTCCTCCCGTTTTCCGgtgagctctc ... tttgccgcagATCGCAGCCATGGGAACCCGCAGCGTGGCCTTGGTGCTCCTCGCGGCCGTG
EST: gi|88420760|gb|CI564596.1|CI564596
EST:     CTCGGCACGTCGGTTGTTGCTGTTGCTGCTGCTGCTCCTCCAGTTTTCCG                         ATCGCAGCCATGGGAACCCGCAGCGTGGCCTTGGTGCTCCTCGCGGCCGTG
genomic: CTCGGCACGTCGGTTGTTGCTGTTGCTGCTGCTGCTCCTCCCGTTTTCCGgtgagctctc ... tttgccgcagATCGCAGCCATGGGAACCCGCAGCGTGGCCTTGGTGCTCCTCGCGGCCGTG
EST: gi|14191705|gb|AU183916.1|AU183916
EST:     TGCTGTTGCTGCTGCTGCTCCTCCCGTTTTCCG                         ATCGCAGCCATGGGAACCCGCAGCAGTGGCCTTGGTGCTCCTCGCAGGCCG
genomic: TGCTGTTGCTGCTGCTGCTCCTCCCGTTTTCCGgtgagctctc ... tttgccgcagATCGCAGCCATGGGAACCCGCAGC-GTGGCCTTGGTGCTCCTCGC-GGCCG
EST: gi|88717460|gb|CI740970.1|CI740970
EST:     CTCGGCACGTCGGTTGTTGCTGTTGCTGCTGCTGCTCCTCCCGTTTTCCG                         ATCGCAGCCATGGGAACCCGCAGCGTGGCCTTGGTGCTCCTCGCGGCCGTG
genomic: CTCGGCACGTCGGTTGTTGCTGTTGCTGCTGCTGCTCCTCCCGTTTTCCGgtgagctctc ... tttgccgcagATCGCAGCCATGGGAACCCGCAGCGTGGCCTTGGTGCTCCTCGCGGCCGTG
EST: gi|86904210|gb|CI306628.1|CI306628
EST:     CTCGGCACGTCGGTTGTTGCTGTTGCTGCTGCTGCTCCTCCCGTTTTCCG                         ATCGCAGCCATGGGAACCCGCAGCGTGGCCTTGGTGCTCCTCGCGGCCGTG
genomic: CTCGGCACGTCGGTTGTTGCTGTTGCTGCTGCTGCTCCTCCCGTTTTCCGgtgagctctc ... tttgccgcagATCGCAGCCATGGGAACCCGCAGCGTGGCCTTGGTGCTCCTCGCGGCCGTG
EST: gi|88739503|gb|CI763011.1|CI763011
EST:     CTCGGCACGTCGGTTGTTGCTGTTGCTGCTGCTGCTCCTCCCGTTTTCCG                         ATCGCAGCCATGGGAACCCGCAGCGTGGCCTTGGTGCTCCTCGCGGCCGTG
genomic: CTCGGCACGTCGGTTGTTGCTGTTGCTGCTGCTGCTCCTCCCGTTTTCCGgtgagctctc ... tttgccgcagATCGCAGCCATGGGAACCCGCAGCGTGGCCTTGGTGCTCCTCGCGGCCGTG
EST: gi|88827342|gb|CI777907.1|CI777907
EST:     CTCGGCACGTCGGTTGTTGCTGTTGCTGCTGCTGCTCCTCCCGTTTTCCG                         ATCGCAGCCATGGGAACCCGCAGCGTGGCCTTGGTGCTCCTCGCGGCCGTG
genomic: CTCGGCACGTCGGTTGTTGCTGTTGCTGCTGCTGCTCCTCCCGTTTTCCGgtgagctctc ... tttgccgcagATCGCAGCCATGGGAACCCGCAGCGTGGCCTTGGTGCTCCTCGCGGCCGTG
EST: gi|88313187|gb|CI594817.1|CI594817
EST:     CTCGGCACGTCGGTTGTTGCTGTTGCTGCTGCTGCTCCTCCCGTTTTCCG                         ATCGCAGCCATGGGAACCCGCAGCGTGGCCTTGGTGCTCCTCGCGGCCGTG
genomic: CTCGGCACGTCGGTTGTTGCTGTTGCTGCTGCTGCTCCTCCCGTTTTCCGgtgagctctc ... tttgccgcagATCGCAGCCATGGGAACCCGCAGCGTGGCCTTGGTGCTCCTCGCGGCCGTG
EST: gi|88731824|gb|CI753544.1|CI753544
EST:     CTCGGCACGTCGGTTGTTGCTGTTGCTGCTGCTGCTCCTCCCGTTTTCCG                         ATCGCAGCCATGGGAACCCGCAGCGTGGCCTTGGTGCTCCTCGCGGCCGTG
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genomic: CTCGGCACGTCGGTTGTTGCTGTTGCTGCTGCTGCTCCTCCCGTTTTCCGgtgagctctc ... tttgccgcagATCGCAGCCATGGGAACCCGCAGCGTGGCCTTGGTGCTCCTCGCGGCCGTG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 34 (upstream exon), 73 (downstream exon)
Score: 4

TCCTCGCCTCGCTTTATATGCACGCGCGGTCGCCTCCACCGCCCGTAGTGCTCGGCACGTCGGTTGTTGCTGTTGCTGCTGCTGCTCCTCCCGTTTTCCGgtgagctctc ... tttgccgcagATCGCAGCCATGGGAACCCGCAGCGTGGCCTTGGTGCTCCTCGCGGCCGTGCTGCTCCAAGCCCTCCTCCCCGCTTCGGCGGCGGAGGGTTTGGTGCGGA




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atttctcatcgccttctgtttggtttggtttggtttttctcgcgatttgccgcagATCGCAGCCATGGGAACCCGCAGCGTGGCCTTGGTGCTCCTCGCGGCCGTGCTGCTCCAAGCCCTCCTCCCCGCTTCGGCGGCGGAGGGTTTGGTGCGGA
                                 tttttct  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gttttccccatttggatttttcgatctcatcactcctgacgaaaaatttctcatcgccttctgtttggtttggtttggtttttctcgcgatttgccgcagATCGCAGCCATGGGAACCCGCAGCGTGGCCTTGGTGCTCCTCGCGGCCGTGCTGCTCCAAGCCCTCCTCCCCGCTTCGGCGGCGGAGGGTTTGGTGCGGA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CTCCTC
- - - -ccatttg
- - - - - - - - - - - - - - - - ctcctga