1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
...atagccaattcactgtgctggattgaattgtttctggaaaggtgaaaccatggtccatgtgaattgagctgatgatttgctattttgttcatatgtgcagACTTATCCCAATCCACTACAAGATCATCCAGCCTATTCAACTGTCAA
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os05g44922.2 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
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EST: ACGTCCTCGACGACGTGCCGCACCTCGTCGACCACCTCCCCGATGCCCCC ACTTATCCCAATCCACTACAAGAT
genomic: ACGTCCTCGACGACGTGCCGCACCTCGTCGACCACCTCCCCGATGCCCCCgtgagtggcc ... atatgtgcagACTTATCCCAATCCACTACAAGAT
aaccatggtccatgtgaattgagctgatgatttgctattttgttcatatgtgcagACTTATCCCAATCCACTACAAGATCATCCAGCCTATTCAACTGTCAA
agctgat putative branch site (score: 4)
tattttgttcatat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| atagccaattcactgtgctggattgaattgtttctggaaaggtgaaaccatggtccatgtgaattgagctgatgatttgctattttgttcatatgtgcagACTTATCCCAATCCACTACAAGATCATCCAGCCTATTCAACTGTCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGATCA
- - - - - - - gtgctgg
- - - - - - - - - - - - - - tgtttct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaaccat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gtccatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gctgatg
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