Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgccggaccgtgatttggatagtttctttggtttatactctttcttgtccatctttttttctcgactctcgctttaagggttttgttgctgaattgcagGTGTCGCTCTTATGAGGTTTAAAGAGATGATTGATGCTGACCCATTTGATGCTCTGTTGGATTGGGATGAAGGGAACGCCAGCCCCTGTTCTTGGTTCGG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os05g39410.1
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88360838|gb|CI625144.1|CI625144
EST:     CTTGTGGTTCGTCATGGCGTGTGACCTGTGTGCATCTCTGAATCATGAAG                         GTGTCGCTCCTTATGAGGT
genomic: CTTGTGGTTCGTCATGGCGTTTGAGCTGTGTGCATCTCTGAATCATGAAGgtgccggacc ... tgaattgcagGTGTCGCTC-TTATGAGGT
EST: gi|88423244|gb|CI576369.1|CI576369
EST:     CTTGTGGTTCGTCATGGCGTTTGAGCTGTGTGCATCTCTGAATCATGAAG                         GTGTGGCTCTTATGA
genomic: CTTGTGGTTCGTCATGGCGTTTGAGCTGTGTGCATCTCTGAATCATGAAGgtgccggacc ... tgaattgcagGTGTCGCTCTTATGA
EST: gi|117235467|gb|CT860740.1|CT860740
EST:     CTTGTGGTTCGTCATGGCGTTTGAGCTGTGTGCATCTCTGAATCATGAAG                         GTGTCGCTCTTATGAGGTTTAAAGAGATGATTGATGCTGACCCATTTGATG
genomic: CTTGTGGTTCGTCATGGCGTTTGAGCTGTGTGCATCTCTGAATCATGAAGgtgccggacc ... tgaattgcagGTGTCGCTCTTATGAGGTTTAAAGAGATGATTGATGCTGACCCATTTGATG
EST: gi|88417279|gb|CI576353.1|CI576353
EST:     CTTGTGGTTCGTCATGGCGTTTGAGCTGTGTGCATCTCTGAATCATGAAG                         GTGTCGCTCTTATG
genomic: CTTGTGGTTCGTCATGGCGTTTGAGCTGTGTGCATCTCTGAATCATGAAGgtgccggacc ... tgaattgcagGTGTCGCTCTTATG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttgtccatctttttttctcgactctcgctttaagggttttgttgctgaattgcagGTGTCGCTCTTATGAGGTTTAAAGAGATGATTGATGCTGACCCATTTGATGCTCTGTTGGATTGGGATGAAGGGAACGCCAGCCCCTGTTCTTGGTTCGG
      atcttttttt  TA-rich tract