1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...ttgattttattatggtcgaaagtggtactaacatactcatgtagttatgtcaagattcctcagttatgttaacttgggttctgctgtggtgcatactcagGTTCACCCTGTTCTTATGCTGATTGGGTACATTATCCTCGGCAGTGAAG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os04g45090.2 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
tatgtcaagattcctcagttatgttaacttgggttctgctgtggtgcatactcagGTTCACCCTGTTCTTATGCTGATTGGGTACATTATCCTCGGCAGTGAAG
tgttaac putative branch site (score: 19)
ttatgttaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttgattttattatggtcgaaagtggtactaacatactcatgtagttatgtcaagattcctcagttatgttaacttgggttctgctgtggtgcatactcagGTTCACCCTGTTCTTATGCTGATTGGGTACATTATCCTCGGCAGTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - - - - - - - - tggtact
- - - - - - - - - - - - - - -aacatac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - -catgtag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttatgtt
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