1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...ttatgtgtttgatgcattggcatggaattgctaacatgctgtttatggtcacattagtcatttctccgaatcaattattttacgttctttgatttctcagATTGATCCAGCCAAGTACAAGAGTATCTCATCTGGGTTCGGTGTTCTCTTGAAAGAGCAAGGAGCAAGAGGTTTCTTCAGAGGATGGGTGCCCACACTGC
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os04g37600.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TCACGCACATGACCGTCACGCCGCTCGATCTCGTCAAGTGCAACATGCAG ATTGATCCAGCCAAGTACAAGAGTATCTCATCTGGGTTCGGTGTTCTCTTGEST: gi|3761169|gb|C98417.1|C98417
genomic: TCACGCACATGACCGTCACGCCGCTCGATCTCGTCAAGTGCAACATGCAGgtgagattca ... gatttctcagATTGATCCAGCCAAGTACAAGAGTATCTCATCTGGGTTCGGTGTTCTCTTG
EST: TCACGCACATGACCGTCACGCCGCTCGATCTCGTCAAGTGCAACATGCAG ATTGATCCAGCCAAGTACAAGAGTATCTCATCTGGGTTCGGTGTTCTCTTGEST: gi|88406111|gb|CI593891.1|CI593891
genomic: TCACGCACATGACCGTCACGCCGCTCGATCTCGTCAAGTGCAACATGCAGgtgagattca ... gatttctcagATTGATCCAGCCAAGTACAAGAGTATCTCATCTGGGTTCGGTGTTCTCTTG
EST: TCACGCACATGACCGTCACGCCGCTCGATCTCGTCAAGTGGAAGATGCAG ATTGATCCAGC
genomic: TCACGCACATGACCGTCACGCCGCTCGATCTCGTCAAGTGCAACATGCAGgtgagattca ... gatttctcagATTGATCCAGC
tggtcacattagtcatttctccgaatcaattattttacgttctttgatttctcagATTGATCCAGCCAAGTACAAGAGTATCTCATCTGGGTTCGGTGTTCTCTTGAAAGAGCAAGGAGCAAGAGGTTTCTTCAGAGGATGGGTGCCCACACTGC
ctttgat putative branch site (score: 9)
ttctttgatttctc CT-rich tract
aatcaattatttta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttatgtgtttgatgcattggcatggaattgctaacatgctgtttatggtcacattagtcatttctccgaatcaattattttacgttctttgatttctcagATTGATCCAGCCAAGTACAAGAGTATCTCATCTGGGTTCGGTGTTCTCTTGAAAGAGCAAGGAGCAAGAGGTTTCTTCAGAGGATGGGTGCCCACACTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - -tgatgca
- - - - - - - - - -gcatgga
- - - - - - - - - - - - - -ttgctaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - tgctgtt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gaatcaa