Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...accttgttatggtagctttgttatgtgtgagctagtgcggaagtcgttctgatgtttctttcagatgtcattgtctctaatatgtttgtttacgtgacagGGCTTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os03g38000.2
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os03g38000.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 1
lower sequence: GRMZM2G074300_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 2
accttgttatggtagctttgttatgtgtgagctagtgcggaagtcgt-tctgatgtttctttcagat--gtcattgtctctaatatgtttgtttacgtgacagGGCTTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAG
      | ||  | |  ||   |  ||  | |||  |  |    | | ||   | || |  | ||    ||  |  |  |||| ||| ||||||    | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
---cattaattcttgtgttaaaaaatgctacctaaggttgttaccctgtccagtattacagttagtctagttctccttactaacatgcttgttttgtcggcagGGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG

upper sequence: LOC_Os03g38000.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 1
lower sequence: GRMZM2G074300_T04 (Zea mays), 3'ss of exon 2
accttgttatggtagctttgttatgtgtgagctagtgcggaagtcgt-tctgatgtttctttcagat--gtcattgtctctaatatgtttgtttacgtgacagGGCTTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAG---------------------------------------------
      | ||  | |  ||   |  ||  | |||  |  |    | | ||   | || |  | ||    ||  |  |  |||| ||| ||||||    | |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||                                             
---cattaattcttgtgttaaaaaatgctacctaaggttgttaccctgtccagtattacagttagtctagttctccttactaacatgcttgttttgtcggcagGGCCTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGGTTAGTGCTCCTGTGCACTATGAGGGTCTGTTCATTTTCTGATGA

upper sequence: LOC_Os03g38000.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 1
lower sequence: GRMZM2G099352_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 2
accttgttatggtagctttgttatgtgtgagctagtgcggaagtcgttctgatgtttctttcagat--gtcattgtctctaatatgtttgtttacgtgacagGGCTTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAG---------------------------------------------
  ||||  ||  |||  |  |     |     || |  |  ||| || |   | || |  | ||    ||    |   || | | |  ||||| |  | |||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||                                             
ttcttgg-ataatagaatgatgcctaggattttaatatgtgagttgt-caagttttacagttagtccagttcccgctactgacacgcgtgtttcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGGTGAGTGTTCCTTTGTACTTCCTGAGAACATGTTCATTTGTTAGT

upper sequence: LOC_Os03g38000.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 1
lower sequence: GRMZM2G099352_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 2
accttgttatggtagctttgttatgtgtgagctagtgcggaagtcgttctgatgtttctttcagat--gtcattgtctctaatatgtttgtttacgtgacagGGCTTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAG
  ||||  ||  |||  |  |     |     || |  |  ||| || |   | || |  | ||    ||    |   || | | |  ||||| |  | |||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| |||
ttcttgg-ataatagaatgatgcctaggattttaatatgtgagttgt-caagttttacagttagtccagttcccgctactgacacgcgtgtttcctggccagGGCTTGCTACGGTGTTCTTCGTTATGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|15849611|gb|BI797887.1|BI797887
EST:     GCCTC-CCGTCCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAA-GGTTG
genomic: GCCTCGCCGTCCGCAGgtatagcact ... tacgtgacagGGCTTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|58595924|gb|CK006452.1|CK006452
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGCTACAAGCTTCTCGGAGGCCTCGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGCTACAAGCTTCTTGGAGGCCTCGCCGTCCGCAGgtatagcact ... tacgtgacagGGCTTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|86828601|gb|CI278685.1|CI278685
EST:     CTACAAGCTTCTTGGAGGCCTCGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CTACAAGCTTCTTGGAGGCCTCGCCGTCCGCAGgtatagcact ... tacgtgacagGGCTTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|218482036|gb|FG948470.1|FG948470
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGCTACAAGCTTCTTGGAGGCCTCGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGCTACAAGCTTCTTGGAGGCCTCGCCGTCCGCAGgtatagcact ... tacgtgacagGGCTTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|11172968|gb|AU164547.1|AU164547
EST:     AGGCCGAGTCCCTCCGGCTACAAGCTTCTTGGAGGCCTCGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: AGGCCGAGTCCCTCC-GCTACAAGCTTCTTGGAGGCCTCGCCGTCCGCAGgtatagcact ... tacgtgacagGGCTTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|8528091|gb|AU092906.1|AU092906
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGCTACAAGCTTCTTGGAGGCCTCGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGCTACAAGCTTCTTGGAGGCCTCGCCGTCCGCAGgtatagcact ... tacgtgacagGGCTTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|8335471|gb|BE040403.1|BE040403
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGCTACAAGCTTCTCGGAGGCCTCGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGCTACAAGCTTCTTGGAGGCCTCGCCGTCCGCAGgtatagcact ... tacgtgacagGGCTTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|218486580|gb|FG956236.1|FG956236
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGCTACAAGCTTCTCGGAGGCCTCGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGCTACAAGCTTCTTGGAGGCCTCGCCGTCCGCAGgtatagcact ... tacgtgacagGGCTTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|86415531|gb|CI029542.1|CI029542
EST:     CCTCGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CCTCGCCGTCCGCAGgtatagcact ... tacgtgacagGGCTTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|86601679|gb|CI256184.1|CI256184
EST:     CCTCCGCTACAAGCTTCTTGGAGGCCTCGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CCTCCGCTACAAGCTTCTTGGAGGCCTCGCCGTCCGCAGgtatagcact ... tacgtgacagGGCTTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|10931076|gb|AU161350.1|AU161350
EST:     AGGCCGAGTCCCTCCGCTACAAGCTTTCTTGGAGGCCTCGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: AGGCCGAGTCCCTCCGCTACAAGC-TTCTTGGAGGCCTCGCCGTCCGCAGgtatagcact ... tacgtgacagGGCTTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|218480141|gb|FG948348.1|FG948348
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGCTACAAGCTTCTTGGAGGCCTCGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGCTACAAGCTTCTTGGAGGCCTCGCCGTCCGCAGgtatagcact ... tacgtgacagGGCTTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|87034171|gb|CI188795.1|CI188795
EST:     TCGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: TCGCCGTCCGCAGgtatagcact ... tacgtgacagGGCTTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|569981|gb|D40830.1|D40830
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGCTACAAGCTTCTTGGAGGCCTCGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGCTACAAGCTTCTTGGAGGCCTCGCCGTCCGCAGgtatagcact ... tacgtgacagGGCTTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|86543107|gb|CI183313.1|CI183313
EST:     AGGCCTCGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: AGGCCTCGCCGTCCGCAGgtatagcact ... tacgtgacagGGCTTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|218480755|gb|FG967531.1|FG967531
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGCTACAAGCTTCTTGGAGGCCTCGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGCTACAAGCTTCTTGGAGGCCTCGCCGTCCGCAGgtatagcact ... tacgtgacagGGCTTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|163928303|gb|EG712583.1|EG712583
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGCTACAAGCTTCTTGGAGGCCTCGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTCTTCGCT
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGCTACAAGCTTCTTGGAGGCCTCGCCGTCCGCAGgtatagcact ... tacgtgacagGGCTTGCTATGGTGTTCTTCGCT
EST: gi|89199007|gb|CI253081.1|CI253081
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGCTACAAGCTTCTTGGAGGCCTCGCCGTCCGCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGCTACAAGCTTCTTGGAGGCCTCGCCGTCCGCAGgtatagcact ... tacgtgacagGGCTTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|87036915|gb|CI191537.1|CI191537
EST:     CGAGTCCCTCCGCTACAAGCTTCTTGGAGGCCTCGCCGTCCCCAG                         GGCTTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
genomic: CGAGTCCCTCCGCTACAAGCTTCTTGGAGGCCTCGCCGTCCGCAGgtatagcact ... tacgtgacagGGCTTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG
EST: gi|426373|gb|D22236.1|D22236
EST:     CAGGCCGAGTCCCTCCGCTACAAGCTTCTTGGAGGCCTCGCCGTCCGCAG                         GG-TTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTN
genomic: CAGGCCGAGTCCCTCCGCTACAAGCTTCTTGGAGGCCTCGCCGTCCGCAGgtatagcact ... tacgtgacagGGCTTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 75 (upstream exon), 75 (downstream exon)
Score: 156

TCGAGCTCTACGCCGAGAAGGTCGTCAACCGCGGCCTCTGCGCCATCGCCCAGGCCGAGTCCCTCCGCTACAAGCTTCTTGGAGGCCTCGCCGTCCGCAGgtatagcact ... tacgtgacagGGCTTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAG




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gttctgatgtttctttcagatgtcattgtctctaatatgtttgtttacgtgacagGGCTTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAG
                             ctctaat  putative branch site (score: 156)
                                       tttgttt  putative PPT
                                taatatgtttgttta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
accttgttatggtagctttgttatgtgtgagctagtgcggaagtcgttctgatgtttctttcagatgtcattgtctctaatatgtttgtttacgtgacagGGCTTGCTATGGTGTTCTTCGCTTTGTTATGGAGAGTGGTGCCAAGGGTTGCGAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAGA
- - tgttatg
- - - - - - - - - - - - - - - -ctagtgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cgttctg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgtttgt