1 5' 3' |
...tttcgcttgcatgcaatgttttgtcagtggtctacagttactgttgctcgatcttggctaaagctaaattcagttgagaattaattgtgatgttaattagGACTGGAGAGATGCGGCAAGAGCTGCAGGTTGAGGTGGATAAACTACCTGAGGCCAGACCTCAAGAGGGGCACCTTCTCCCAGGAGGAGGAAGACCTCAT
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os03g25550.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
gctcgatcttggctaaagctaaattcagttgagaattaattgtgatgttaattagGACTGGAGAGATGCGGCAAGAGCTGCAGGTTGAGGTGGATAAACTACCTGAGGCCAGACCTCAAGAGGGGCACCTTCTCCCAGGAGGAGGAAGACCTCAT
aattaat putative branch site (score: 1)
aattaattgtgatgtt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tttcgcttgcatgcaatgttttgtcagtggtctacagttactgttgctcgatcttggctaaagctaaattcagttgagaattaattgtgatgttaattagGACTGGAGAGATGCGGCAAGAGCTGCAGGTTGAGGTGGATAAACTACCTGAGGCCAGACCTCAAGAGGGGCACCTTCTCCCAGGAGGAGGAAGACCTCAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - -tgcatgc
- - - - - - - - tgttttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgttgct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -agctaaa