1 5' 3' |
...ttaatcatctcgatgttgattaattgcttattgaatctttatgtaatcaactatcaagcatgaaacattaccatgttttgctttttggttaattttgcagGGTTTCAGGAAGATAGTGGCTGACAGGTGGGAGTTCGCCAACGAGTTCTTCAGGAAGGGCGCCAAGCACCTCCTCTCGGAGATCCACCGGAGGAAGTCGT
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os03g25120.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
atcaactatcaagcatgaaacattaccatgttttgctttttggttaattttgcagGGTTTCAGGAAGATAGTGGCTGACAGGTGGGAGTTCGCCAACGAGTTCTTCAGGAAGGGCGCCAAGCACCTCCTCTCGGAGATCCACCGGAGGAAGTCGT
ggttaat putative branch site (score: 2)
tttttggttaatttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttaatcatctcgatgttgattaattgcttattgaatctttatgtaatcaactatcaagcatgaaacattaccatgttttgctttttggttaattttgcagGGTTTCAGGAAGATAGTGGCTGACAGGTGGGAGTTCGCCAACGAGTTCTTCAGGAAGGGCGCCAAGCACCTCCTCTCGGAGATCCACCGGAGGAAGTCGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTCCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - atgttga
- - - - - - - - - - - - tgcttat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aatcaac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gcatgaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - taccatg