1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
gtctttcgccgtgttactgtagctcaaatctctagcttccccaatgactaatggaactcatacaaatcactagctccctaaatggttaatggaattcgtgtgtacaatgtattcttgcagGTTGACCCTGGTAAGTACAGGGACATTTCATCTGGATTTGGTGTCCTGCTCCAAGAGCAAGGTCTTGGTGGATTCTTCAAGGGCTGGATGGCCACGCTGG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os03g15690.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TCACCCACCTCGCCGTCACTCCCCTCGACCTCGTCAAGTGCAACATGCAG GTTGACCCTGGTAAGTACAGGGACATTTCATCTGGATTTGGTGTCCTGCTCEST: gi|58682611|gb|CK071298.1|CK071298
genomic: TCACCCACCTCGCCGTCACTCCCCTCGACCTCGTCAAGTGCAACATGCAGgtctttcgcc ... attcttgcagGTTGACCCTGGTAAGTACAGGGACATTTCATCTGGATTTGGTGTCCTGCTC
EST: TCACCCACCTCGCCGTCACTCCCCTCGACCTCGTCAAGTGCAACATGCAG GTTGACCCTGGTAAGTACAGGGACATTTCATCTGGATTTGGTGTCCTGCTC
genomic: TCACCCACCTCGCCGTCACTCCCCTCGACCTCGTCAAGTGCAACATGCAGgtctttcgcc ... attcttgcagGTTGACCCTGGTAAGTACAGGGACATTTCATCTGGATTTGGTGTCCTGCTC
atcactagctccctaaatggttaatggaattcgtgtgtacaatgtattcttgcagGTTGACCCTGGTAAGTACAGGGACATTTCATCTGGATTTGGTGTCCTGCTCCAAGAGCAAGGTCTTGGTGGATTCTTCAAGGGCTGGATGGCCACGCTGG
tattctt CT-rich tract
aatgtatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtctttcgccgtgttactgtagctcaaatctctagcttccccaatgactaatggaactcatacaaatcactagctccctaaatggttaatggaattcgtgtgtacaatgtattcttgcagGTTGACCCTGGTAAGTACAGGGACATTTCATCTGGATTTGGTGTCCTGCTCCAAGAGCAAGGTCTTGGTGGATTCTTCAAGGGCTGGATGGCCACGCTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA