1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...gttaattgatcgaaattgtgatggttggtagctcatgccctcgaggcatgtcgtttaccatcactctggtgttctgattggttgatttctccacaggcagAAGACTAGTCATAACATTCTTCAATTGGCAAAGGATGCGAAGGAGAAGCTCAGGAGAGCTGCTGAGGCAGACAAGAACGCCGATACTAGT
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os02g47440.2 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CGCCCTTCGTGACCAGCT GEST: gi|313084008|gb|HO213791.1|HO213791
genomic: CGCCCTTCGTGACCAGCTgtctctcctc ... ccacaggcag-
EST: CGCCCTTCGTGACCAGCT GEST: gi|313084008|gb|HO213791.1|HO213791
genomic: CGCCCTTCGTGACCAGCTgtctctcctc ... ccacaggcag-
EST: CGCCCTTCGTGACCAGCT GEST: gi|313084008|gb|HO213791.1|HO213791
genomic: CGCCCTTCGTGACCAGCTgtctctcctc ... ccacaggcag-
EST: CGCCCTTCGTGACCAGCT GEST: gi|313084008|gb|HO213791.1|HO213791
genomic: CGCCCTTCGTGACCAGCTgtctctcctc ... ccacaggcag-
EST: CGCCCTTCGTGACCAGCT G
genomic: CGCCCTTCGTGACCAGCTgtctctcctc ... ccacaggcag-
gcatgtcgtttaccatcactctggtgttctgattggttgatttctccacaggcagAAGACTAGTCATAACATTCTTCAATTGGCAAAGGATGCGAAGGAGAAGCTCAGGAGAGCTGCTGAGGCAGACAAGAACGCCGATACTAGT
tttctccac CT-rich tract
ttgattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gttaattgatcgaaattgtgatggttggtagctcatgccctcgaggcatgtcgtttaccatcactctggtgttctgattggttgatttctccacaggcagAAGACTAGTCATAACATTCTTCAATTGGCAAAGGATGCGAAGGAGAAGCTCAGGAGAGCTGCTGAGGCAGACAAGAACGCCGATACTAGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAC
- - - - - - - - tgtgatg
- - - - - - - - - - - - - - - - -catgccc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ggcatgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctgattg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gttgatt