Sequence
atgc intronic sequence ATGC exonic sequence...tgctctagtgcaaggctaactggtgggtagaattatccttgattagcttaacccctgctcgagtttgccttgtgtacttgctctgtctgtggttgtgaagAGACGGATCACTCGCCTATTCAAGAAGGGATCAAGCTCTCAATCAAGCTGTCACCAAGATGAGTTGAGTACACATTCATCCGTCAATGTTTTGATGGAGG
Basic information
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os02g25190.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
atgc intronic sequence ATGC exonic sequenceIntronic sequence truncated to 55 bases.gcttaacccctgctcgagtttgccttgtgtacttgctctgtctgtggttgtgaagAGACGGATCACTCGCCTATTCAAGAAGGGATCAAGCTCTCAATCAAGCTGTCACCAAGATGAGTTGAGTACACATTCATCCGTCAATGTTTTGATGGAGG
gcttaac putative branch site (score: 3)
Putative cis-regulatory sequences
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
| | ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|
tgctctagtgcaaggctaactggtgggtagaattatccttgattagcttaacccctgctcgagtttgccttgtgtacttgctctgtctgtggttgtgaagAGACGGATCACTCGCCTATTCAAGAAGGGATCAAGCTCTCAATCAAGCTGTCACCAAGATGAGTTGAGTACACATTCATCCGTCAATGTTTTGATGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - -gtgcaag
- - - - - - - - - -ctggtgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgccttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tacttgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctgtctg