1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...attgttctgtatttaacaatcaactgttcaattgttcaagcaaaaaggttgagagtaatttattgcaaataagatgttgaaagtttccagtggttttcagTAGTCTCAAGAATCTCGTCAGCAAGTAGCACAAGCACTAATACATCCAGACAGAGAGGCGATGACAGTCAAAAGAAGTCATGGCAAGAACAATGCTCATT
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g63280.2 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AAGACATGTCAAGGCCTCAAACGATGGCCATGATATTTCTATTAGTTCAA -AGTCTCAAGAATCTCGTCAGCAAGTAGCACAAGCACTAATACATCCAGAC
genomic: AGGACATGTCAAGCCCTCAAACGATGGCCATGATATTTCTATTAGTTCAAgtaagctcac ... tggttttcagTAGTCTCAAGAATCTCGTCAGCAAGTAGCACAAGCACTAATACATCCAGAC
aggttgagagtaatttattgcaaataagatgttgaaagtttccagtggttttcagTAGTCTCAAGAATCTCGTCAGCAAGTAGCACAAGCACTAATACATCCAGACAGAGAGGCGATGACAGTCAAAAGAAGTCATGGCAAGAACAATGCTCATT
ttttc CT-rich tract
taatttattgcaaata TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| attgttctgtatttaacaatcaactgttcaattgttcaagcaaaaaggttgagagtaatttattgcaaataagatgttgaaagtttccagtggttttcagTAGTCTCAAGAATCTCGTCAGCAAGTAGCACAAGCACTAATACATCCAGACAGAGAGGCGATGACAGTCAAAAGAAGTCATGGCAAGAACAATGCTCATT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAC
- tgttctg
- - - - - - - -acaatca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - caagcaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttgcaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgttgaa