1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...aaattattattattggggaaaataattcagttgaaggtaactagtaactatcaccatctgattgtattactagcataattggtttttcttgttgctgcagCCAAGGCAGAAGGGTATGGTGCAAGGTGCACAATTTAATACTGCCAATGCAGCTCAAGCATTACAAGGTATGCAGTCCATGGGAGTCATGGGTGGTATGA
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g62820.2 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ACGCAGCATCTGCGGCGCACTATGGTCTCCAGTCACAGATGATGGCGCAG CCAAGGCAGAAGGGTATGGTGCAAGGTGCACAATTTAATACCGCCAATGCAEST: gi|58674814|gb|CK063501.1|CK063501
genomic: ACGCAGCATCTGCGGCGCACTATGGTCTCCAGTCACAGATGATGGCGCAGgtaaatttgg ... gttgctgcagCCAAGGCAGAAGGGTATGGTGCAAGGTGCACAATTTAATACTGCCAATGCA
EST: ACGCAGCATCTGCGGCGCACTATGGTCTCCAGTCACAGATGATGGCGCAG CCAAGGCAGAAGGGTATGGTGCAAGGTGCACAATTTAATACCGCCAATGCA
genomic: ACGCAGCATCTGCGGCGCACTATGGTCTCCAGTCACAGATGATGGCGCAGgtaaatttgg ... gttgctgcagCCAAGGCAGAAGGGTATGGTGCAAGGTGCACAATTTAATACTGCCAATGCA
aactatcaccatctgattgtattactagcataattggtttttcttgttgctgcagCCAAGGCAGAAGGGTATGGTGCAAGGTGCACAATTTAATACTGCCAATGCAGCTCAAGCATTACAAGGTATGCAGTCCATGGGAGTCATGGGTGGTATGA
tttttcttgttgct CT-rich tract
attgtatta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aaattattattattggggaaaataattcagttgaaggtaactagtaactatcaccatctgattgtattactagcataattggtttttcttgttgctgcagCCAAGGCAGAAGGGTATGGTGCAAGGTGCACAATTTAATACTGCCAATGCAGCTCAAGCATTACAAGGTATGCAGTCCATGGGAGTCATGGGTGGTATGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTCA