Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...aacctcattaagagatatcttccacttcaacaagacgccatcttgtttacaattaacatgtgcagaatctagtattcatatggaaatgtcttttatgtagGTCAAAGATATGTTCTATCATGCATTTGATGGGTACATGCAACATGCTTTTCCACTTGATGAATTGCGGCCTTTAAGTTGCCAAGGAGAAGATTCACTTG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g56670.1
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g56670.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 1
lower sequence: GRMZM2G020359_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 1
--aacctcattaagagatatcttccacttcaacaagacgccatcttgtt-tacaattaacatgtgcagaatctagtattcatatggaaatgtcttttatgtagGTCAAAGATATGTTCTATCATGCATTTGATGGGTACATGCAACATGCTTTTCCACTTGATGAATTGCGGCCTTTAAGTTGCCAAGGAGAAGATTCACTTG
  |  |  |  | || |      ||   |     |  |   || || |   |  ||| |  ||   | |  || |     | |    |   ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |  ||||||| ||||| |||||  ||||||| |||||||||||||| ||||| || ||||
tcatacctacaaggacaagctagccttgttgttgaccccttattttatggcaagatttatttgcttaaacactgg---ctaaaaaatagcatctttcatgtagGTGAAAGATATGTTCTATCATGCGTTTGATGGATACATGAAGTATGCTTTCCCACTCGATGAGCTGCGGCCCTTAAGTTGCCAAGGTGAAGACTCCCTTG

upper sequence: LOC_Os01g56670.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 1
lower sequence: GRMZM2G173868_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 1
--aacctcattaagagatatcttccacttcaacaagacgccatcttgtt-tacaattaacatgtgcagaatctagtattcatatggaaatgtcttttatgtagGTCAAAGATATGTTCTATCATGCATTTGATGGGTACATGCAACATGCTTTTCCACTTGATGAATTGCGGCCTTTAAGTTGCCAAGGAGAAGATTCACTTG
  |  |  |  | || |      ||   |     |  |   || || |   |  ||| |  ||   | |  || |     | |    |   ||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |  ||||||| ||||| |||||  ||||||| |||||||||||||               
tcatacctacaaggacaagctagccttgttgttgaccccttattttatggcaagatttatttgcttaaacactgg---ctaaaaaatagcatctttcatgtagGTGAAAGATATGTTCTATCATGCGTTTGATGGATACATGAAGTATGCTTTCCCACTCGATGAGCTGCGGCCCTTAAGTTGCCAAG---------------

upper sequence: LOC_Os01g56670.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 1
lower sequence: AT5G43710.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 1
aacctcattaagagatatcttccacttcaaca----agacgccatcttg---tttacaattaacatgtgcagaatctagtattcatatggaaatgtcttttatgtagGTCAAAGATATGTTCTATCATGCATTTGATGGGTACATGCAACATGCTTTTCCACTTGATGAATTGCGGCCTTTAAGTTGCCAAGGAGAAGATTCACTTG
      | ||   || |||      ||  | |    ||  ||    |||   |||    |  | |  | |   || |  |  |    |   |     ||   |||||||    |  ||||| |||||||| |||||||| || ||| |  |||| |||||||| ||||||||| | || |||  |||||||||||||||| | ||||
------actagctgagatcacttggtttgatagtggagttgcagctttgacctttttgttcgataattaccttatttgatgatgg-gtttgatcacattgagtgtagGTACGTGGGATGTTTTATCATGCCTTTGATGGATATATGAACAATGCGTTTCCACTCGATGAATTGAGACCGTTATCTTGCCAAGGAGAAGATACTCTTG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88356084|gb|CI627532.1|CI627532
EST:     CTTTCGCCGATGGCGTCACGCCCTCCGAGGCCCGCCGGCTCCGCGACGAG                         GTCAAAGATATGTTCTATCATGCATTTGATGGGTACATGCAACATGCTTTT
genomic: CTTTCGCCGATGGCGTCACGCCCTCCGAGGCCCGCCGGCTCCGCGACGAGgtagtgcccg ... ttttatgtagGTCAAAGATATGTTCTATCATGCATTTGATGGGTACATGCAACATGCTTTT
EST: gi|88692969|gb|CI736544.1|CI736544
EST:     CTTTCGCCGATGGCGTCACGCCCTCCGAGGCCCGCCGGCTCCGCGACGAG                         GTCAAAGATATGTTCTATCATGCATTTGATGGGTACATGCAACATGCTTTT
genomic: CTTTCGCCGATGGCGTCACGCCCTCCGAGGCCCGCCGGCTCCGCGACGAGgtagtgcccg ... ttttatgtagGTCAAAGATATGTTCTATCATGCATTTGATGGGTACATGCAACATGCTTTT
EST: gi|88761662|gb|CI771218.1|CI771218
EST:     CTTTCGCCGATGGCGTCACGCCCTCCGAGGCCCGCCGGCTCCGCGACGAG                         GTCAAAGATATGTTCTATCATGCATTTGATGGGTACATGCAACATGCTTTT
genomic: CTTTCGCCGATGGCGTCACGCCCTCCGAGGCCCGCCGGCTCCGCGACGAGgtagtgcccg ... ttttatgtagGTCAAAGATATGTTCTATCATGCATTTGATGGGTACATGCAACATGCTTTT
EST: gi|88579110|gb|CI688081.1|CI688081
EST:     CTTTCGCCGATGGCGTCACGCCCTCCGAGGCCCGCCGGCTCCGCGACGAG                         GTCAAAGATATGTTCTATCATGCATTTGATGGGTACATGCAACATGCTTTT
genomic: CTTTCGCCGATGGCGTCACGCCCTCCGAGGCCCGCCGGCTCCGCGACGAGgtagtgcccg ... ttttatgtagGTCAAAGATATGTTCTATCATGCATTTGATGGGTACATGCAACATGCTTTT
EST: gi|88315165|gb|CI611829.1|CI611829
EST:     CTTTCGCCGATGGCGTCACGCCCTCCGAGGCCCGCCGGCTCCGCGACGAG                         GTCAAAGATATGTTCTATCATGCATTTGATGGGTACATGCAACATGCTTTT
genomic: CTTTCGCCGATGGCGTCACGCCCTCCGAGGCCCGCCGGCTCCGCGACGAGgtagtgcccg ... ttttatgtagGTCAAAGATATGTTCTATCATGCATTTGATGGGTACATGCAACATGCTTTT
EST: gi|88738554|gb|CI762062.1|CI762062
EST:     CTTTCGCCGATGGCGTCACGCCCTCCGAGGCCCGCCGGCTCCGCGACGAG                         GTCAAAGATATGTTCTATCATGCATTTGATGGGTACATGCAACATGCTTTT
genomic: CTTTCGCCGATGGCGTCACGCCCTCCGAGGCCCGCCGGCTCCGCGACGAGgtagtgcccg ... ttttatgtagGTCAAAGATATGTTCTATCATGCATTTGATGGGTACATGCAACATGCTTTT
EST: gi|88404794|gb|CI583601.1|CI583601
EST:     CTTTCGCCGATGGCGTCACGCCCTCCGAGGCCCGCCGGCTCCGCGACGAG                         GTCAAAGATATGTTCTATCATGCATTTGATGGGTACATGCAGCATGCTTTT
genomic: CTTTCGCCGATGGCGTCACGCCCTCCGAGGCCCGCCGGCTCCGCGACGAGgtagtgcccg ... ttttatgtagGTCAAAGATATGTTCTATCATGCATTTGATGGGTACATGCAACATGCTTTT
EST: gi|88315352|gb|CI613621.1|CI613621
EST:     CTTTCGCCGATGGCGTCACGCCCTCCGAGGCCCGCCGGCTCCGCGACGAG                         GTCAAAGATATGTTCTATCATGCATTTGATGGGTACATGCAACATGCTTTT
genomic: CTTTCGCCGATGGCGTCACGCCCTCCGAGGCCCGCCGGCTCCGCGACGAGgtagtgcccg ... ttttatgtagGTCAAAGATATGTTCTATCATGCATTTGATGGGTACATGCAACATGCTTTT
EST: gi|88584472|gb|CI702027.1|CI702027
EST:     CTTTCGCCGATGGCGTCACGCCCTCCGAGGCCCGCCGGCTCCGCGACGAG                         GTCAAAGATATGTTCTATCATGCATTTGATGGGTACATGCAACATGCTTTT
genomic: CTTTCGCCGATGGCGTCACGCCCTCCGAGGCCCGCCGGCTCCGCGACGAGgtagtgcccg ... ttttatgtagGTCAAAGATATGTTCTATCATGCATTTGATGGGTACATGCAACATGCTTTT
EST: gi|29678673|gb|CB674948.1|CB674948
EST:     CTTTCGCCGATGGCGTCACGCCCTCCGAGGCCCGCCGGCTCCGCGACGAG                         GTCAAAGATATGTTCTATCATGCATTTGATGGGTACATGCAACATGCTTTT
genomic: CTTTCGCCGATGGCGTCACGCCCTCCGAGGCCCGCCGGCTCCGCGACGAGgtagtgcccg ... ttttatgtagGTCAAAGATATGTTCTATCATGCATTTGATGGGTACATGCAACATGCTTTT
EST: gi|88740319|gb|CI763827.1|CI763827
EST:     CTTTCGCCGATGGCGTCACGCCCTCCGAGGCCCGCCGGCTCCGCGACGAG                         GTCAAAGATATGTTCTATCATGCATTTGATGGGTACATGCAACATGCTTTT
genomic: CTTTCGCCGATGGCGTCACGCCCTCCGAGGCCCGCCGGCTCCGCGACGAGgtagtgcccg ... ttttatgtagGTCAAAGATATGTTCTATCATGCATTTGATGGGTACATGCAACATGCTTTT
EST: gi|88452946|gb|CI574493.1|CI574493
EST:     TTTTCGCCGATGGCGTCACGCCCTCCGAGGCCCGCCGGCTCCGCGACGAG                         GTCAAAGATATGTTCTATCATGCATTTGATGGGTACATGCAACATGCTTTT
genomic: CTTTCGCCGATGGCGTCACGCCCTCCGAGGCCCGCCGGCTCCGCGACGAGgtagtgcccg ... ttttatgtagGTCAAAGATATGTTCTATCATGCATTTGATGGGTACATGCAACATGCTTTT
EST: gi|88726361|gb|CI750016.1|CI750016
EST:     CTTTCGCCGATGGCGTCANGCCCTCCGAGGCCCGCCGGCTCCGCGACGAG                         GTCAAAGATATGTTCTATCATGCATTTGATGGGTACATGCAACATGCTTTT
genomic: CTTTCGCCGATGGCGTCACGCCCTCCGAGGCCCGCCGGCTCCGCGACGAGgtagtgcccg ... ttttatgtagGTCAAAGATATGTTCTATCATGCATTTGATGGGTACATGCAACATGCTTTT
EST: gi|88404616|gb|CI581052.1|CI581052
EST:     CTTTCGCCGATGGCGTCACGCCCTCCGAGGCCCGCCGGCTCCGCGACGAG                         GTCAAAGATATGTTCTATCATGCATTTGATGGGTACATGCAAGATGCTTTT
genomic: CTTTCGCCGATGGCGTCACGCCCTCCGAGGCCCGCCGGCTCCGCGACGAGgtagtgcccg ... ttttatgtagGTCAAAGATATGTTCTATCATGCATTTGATGGGTACATGCAACATGCTTTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttacaattaacatgtgcagaatctagtattcatatggaaatgtcttttatgtagGTCAAAGATATGTTCTATCATGCATTTGATGGGTACATGCAACATGCTTTTCCACTTGATGAATTGCGGCCTTTAAGTTGCCAAGGAGAAGATTCACTTG
     aattaac  putative branch site (score: 2)
                                         tgtctttt  putative PPT
     aattaacat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
aacctcattaagagatatcttccacttcaacaagacgccatcttgtttacaattaacatgtgcagaatctagtattcatatggaaatgtcttttatgtagGTCAAAGATATGTTCTATCATGCATTTGATGGGTACATGCAACATGCTTTTCCACTTGATGAATTGCGGCCTTTAAGTTGCCAAGGAGAAGATTCACTTG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA