1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...gtagtctcgaaacaatctgttatatgcaccatgcaagtctcgaaataatgtcatttgtgtatatatatatgcatcatgcatgcatgtgtgaataatgcagAAAATCCCGCCAAACTTCTGCAAGCACATCCCCTGGGAGGAGTCGAGGAAGGCCAAGGGCCTGAAGGAGGCGTCCATGGCGGCCACCCTGGAGGGGCCCA
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g52514.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
taatgtcatttgtgtatatatatatgcatcatgcatgcatgtgtgaataatgcagAAAATCCCGCCAAACTTCTGCAAGCACATCCCCTGGGAGGAGTCGAGGAAGGCCAAGGGCCTGAAGGAGGCGTCCATGGCGGCCACCCTGGAGGGGCCCA
atttgtgtatatatat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtagtctcgaaacaatctgttatatgcaccatgcaagtctcgaaataatgtcatttgtgtatatatatatgcatcatgcatgcatgtgtgaataatgcagAAAATCCCGCCAAACTTCTGCAAGCACATCCCCTGGGAGGAGTCGAGGAAGGCCAAGGGCCTGAAGGAGGCGTCCATGGCGGCCACCCTGGAGGGGCCCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - aacaatc
- - - - - - - - - - -atatgca
- - - - - - - - - - - - - - ccatgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gaaataa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tcatttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - atgcatc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgcatgc