1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...ctggtgtgattttgaggtaatgagggatcttaatgtggctgctatcaaatgttagattcacggcagtagttggcactttgatatgcttgactttagttagATATGTTCACAAGAAGTTTAGCCAGCAGTACAAAGCTACAATTGGTGCGGATTTCGTCACCAAGGAGGTCCTCATTGAAGATAGGCTCGTGACTCTGCAG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g51700.3 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U12 (go to U12 genes for details) |
caaatgttagattcacggcagtagttggcactttgatatgcttgactttagttagATATGTTCACAAGAAGTTTAGCCAGCAGTACAAAGCTACAATTGGTGCGGATTTCGTCACCAAGGAGGTCCTCATTGAAGATAGGCTCGTGACTCTGCAG
atgcttgac putative branch site
tttgatat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ctggtgtgattttgaggtaatgagggatcttaatgtggctgctatcaaatgttagattcacggcagtagttggcactttgatatgcttgactttagttagATATGTTCACAAGAAGTTTAGCCAGCAGTACAAAGCTACAATTGGTGCGGATTTCGTCACCAAGGAGGTCCTCATTGAAGATAGGCTCGTGACTCTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG
ctggtgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - -gctgcta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gattcac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gcagtag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - atgcttg