1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
...ttcttttatgtaaactaatgcatcatttgtgccagagatttgtcttgaaagtaattgttagctttcagtttcttcaaagtcattgttcctatctatgcagCGCATGCATCCTCTGTTCATGGAAGTATTATGGGAGCTAGCAGGATGGATAATTCTTATGTCGTGCTATCCAAGCAAAACAAATCTCATGGCCATGGAAT
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g48920.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CGTCGGCGTGGATTCCTTCGCCGATAAGCTCCCGGCTCAGGCCACCTCTG CGCATGCATCCTCTGTTCATGGAAGTATTATGGGAGCTAGCAGGATGGATAEST: gi|88358107|gb|CI605032.1|CI605032
genomic: CGTCGGCGTGGATTCCTTCGCCGATAAGCTCCCGGCTCAGGCCACCTCTGgtacccttac ... atctatgcagCGCATGCATCCTCTGTTCATGGAAGTATTATGGGAGCTAGCAGGATGGATA
EST: CGTCGGCGTGGATTCCTTCGCCGATAAGCTCCTGGCTCAGGCCACCTCTG CGCATGCATCCTCTGTTCATGGAAGTATTATGGGAGCTAGCAGGATGGATAEST: gi|88395220|gb|CI609536.1|CI609536
genomic: CGTCGGCGTGGATTCCTTCGCCGATAAGCTCCCGGCTCAGGCCACCTCTGgtacccttac ... atctatgcagCGCATGCATCCTCTGTTCATGGAAGTATTATGGGAGCTAGCAGGATGGATA
EST: CGTCGGCGTGGATTCCTTCGCCGATAAGCTCCCGGCTCAGGCCACCTCTG CGCATGCATCCTCTGTTCATGGAAGTATTATGGGAGCTAGCAGGATGGATAEST: gi|88414739|gb|CI604097.1|CI604097
genomic: CGTCGGCGTGGATTCCTTCGCCGATAAGCTCCCGGCTCAGGCCACCTCTGgtacccttac ... atctatgcagCGCATGCATCCTCTGTTCATGGAAGTATTATGGGAGCTAGCAGGATGGATA
EST: CGTCGGCGTGGATTCCTTCGCCGATAAGCTCCCGGGTCAGGCCACCTCTG CGCATGCATCCTCTGTTCATGGAAGTATTATGGGAGCTAGCAGGATGGATAEST: gi|88324548|gb|CI568167.1|CI568167
genomic: CGTCGGCGTGGATTCCTTCGCCGATAAGCTCCCGGCTCAGGCCACCTCTGgtacccttac ... atctatgcagCGCATGCATCCTCTGTTCATGGAAGTATTATGGGAGCTAGCAGGATGGATA
EST: CGTCGGCGTGGATTCCTTCGCCGATAAGCTCCCGGCTCAGGCCACCTCTG GGCATGCATCCTCTGTTCATGGAAGTATTATGGGAGCTAGCAGGATGGATAEST: gi|58660437|gb|CK049117.1|CK049117
genomic: CGTCGGCGTGGATTCCTTCGCCGATAAGCTCCCGGCTCAGGCCACCTCTGgtacccttac ... atctatgcagCGCATGCATCCTCTGTTCATGGAAGTATTATGGGAGCTAGCAGGATGGATA
EST: CGTCGGCGTGGATTCCTTCGCCGATAAGCTCCCGGCTCAGGCCACCTCTG CACATGCATCCTCTGTTCATGGAAGTATTATGGGAGCTAGCAGGATGGATAEST: gi|88765268|gb|CI774362.1|CI774362
genomic: CGTCGGCGTGGATTCCTTCGCCGATAAGCTCCCGGCTCAGGCCACCTCTGgtacccttac ... atctatgcagCGCATGCATCCTCTGTTCATGGAAGTATTATGGGAGCTAGCAGGATGGATA
EST: CGTCGGCGTGGATTCCTTCGCCGATAAGCTCCCGGCTCAGGCCACCTCTG CGCATGCATCCTCTGTTCATGGAAGTATTATGGGAGCTAGCAGGATGGATA
genomic: CGTCGGCGTGGATTCCTTCGCCGATAAGCTCCCGGCTCAGGCCACCTCTGgtacccttac ... atctatgcagCGCATGCATCCTCTGTTCATGGAAGTATTATGGGAGCTAGCAGGATGGATA
tgaaagtaattgttagctttcagtttcttcaaagtcattgttcctatctatgcagCGCATGCATCCTCTGTTCATGGAAGTATTATGGGAGCTAGCAGGATGGATAATTCTTATGTCGTGCTATCCAAGCAAAACAAATCTCATGGCCATGGAAT
ttcctatct CT-rich tract
taattgtta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttcttttatgtaaactaatgcatcatttgtgccagagatttgtcttgaaagtaattgttagctttcagtttcttcaaagtcattgttcctatctatgcagCGCATGCATCCTCTGTTCATGGAAGTATTATGGGAGCTAGCAGGATGGATAATTCTTATGTCGTGCTATCCAAGCAAAACAAATCTCATGGCCATGGAAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - - -atgcatc
- - - - - - - - - - - - - - gtgccag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgtcttg