1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...tatattgtggaaacagattacctattactctgttctatcatgtgctattagtttttatttattacctgctcttatactatttttatctcttactattcagATGGATTACATATCCCCTGATAGAAGTCTGGAAGGGGCTTGTGGAGATCCCGGACCTTTATTTGGAGATCATGATGGGAGCTTGTTAGAGCACATGGGTT
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g26940.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
tattagtttttatttattacctgctcttatactatttttatctcttactattcagATGGATTACATATCCCCTGATAGAAGTCTGGAAGGGGCTTGTGGAGATCCCGGACCTTTATTTGGAGATCATGATGGGAGCTTGTTAGAGCACATGGGTT
ctcttac putative branch site (score: 25)
ctatttttatctctt CT-rich tract
ttatactatttttatc TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tatattgtggaaacagattacctattactctgttctatcatgtgctattagtttttatttattacctgctcttatactatttttatctcttactattcagATGGATTACATATCCCCTGATAGAAGTCTGGAAGGGGCTTGTGGAGATCCCGGACCTTTATTTGGAGATCATGATGGGAGCTTGTTAGAGCACATGGGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGATCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA
- - - - -gaaacag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - catgtgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cctgctc