1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...aagctcggggtcggctcaattggagctcgagccgagcttgaattgagcatagaacgagccaagctcaagctacttgtgaccttcgagctttttttgacagCTCTAAACATATCCCAGTGCAAGCACTAGAAGATAATGAGATCGAACTAGAGCAGCAAGATGATGGCTCCTTGAATATGTCAG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g23310.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
agcatagaacgagccaagctcaagctacttgtgaccttcgagctttttttgacagCTCTAAACATATCCCAGTGCAAGCACTAGAAGATAATGAGATCGAACTAGAGCAGCAAGATGATGGCTCCTTGAATATGTCAG
cttttttt CT-rich tract
tttttttga TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aagctcggggtcggctcaattggagctcgagccgagcttgaattgagcatagaacgagccaagctcaagctacttgtgaccttcgagctttttttgacagCTCTAAACATATCCCAGTGCAAGCACTAGAAGATAATGAGATCGAACTAGAGCAGCAAGATGATGGCTCCTTGAATATGTCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - tggagct
- - - - - - - - - - - - - - - - - -gcttgaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gccaagc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -agctact