1 5' 3' | 2 5' 3' |
...ctaaattttatttttggtatctacagcattcatgttaattaaatattactactgctgcttgcaatattcaatgttaaccagttgagcttgaaataaatagGTAAACATGGAAACAAGATACAGCTGGATAGTGAAACTCACCTTTTCTTGTACCAGATGGTTGGTACCTGGGGCCAACTTCTCTTCCCAAAACCATGGAA
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g18060.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
ttactactgctgcttgcaatattcaatgttaaccagttgagcttgaaataaatagGTAAACATGGAAACAAGATACAGCTGGATAGTGAAACTCACCTTTTCTTGTACCAGATGGTTGGTACCTGGGGCCAACTTCTCTTCCCAAAACCATGGAA
tgttaac putative branch site (score: 2)
aatattcaatgttaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ctaaattttatttttggtatctacagcattcatgttaattaaatattactactgctgcttgcaatattcaatgttaaccagttgagcttgaaataaatagGTAAACATGGAAACAAGATACAGCTGGATAGTGAAACTCACCTTTTCTTGTACCAGATGGTTGGTACCTGGGGCCAACTTCTCTTCCCAAAACCATGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - - - - - - -gcattca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctactgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgcttgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - caatgtt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gagcttg