1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...aatcttgaaagttacagaggaatcagtgtagcaatcaagcatcttttcttaggctttttcgccaagtgaggctggcaataagaattgctttgtgatgcagGGATTCCAAGAACAAGGAAGAGGCAAGGACGTGGTGAAGCTTGAGGAGATTGGGACAGCCATGATAAGCCTGGAGGAATGCTGCTGGGAGATGCAACTGC
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g09770.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
ttcttaggctttttcgccaagtgaggctggcaataagaattgctttgtgatgcagGGATTCCAAGAACAAGGAAGAGGCAAGGACGTGGTGAAGCTTGAGGAGATTGGGACAGCCATGATAAGCCTGGAGGAATGCTGCTGGGAGATGCAACTGC
ttgcttt CT-rich tract
aataagaatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aatcttgaaagttacagaggaatcagtgtagcaatcaagcatcttttcttaggctttttcgccaagtgaggctggcaataagaattgctttgtgatgcagGGATTCCAAGAACAAGGAAGAGGCAAGGACGTGGTGAAGCTTGAGGAGATTGGGACAGCCATGATAAGCCTGGAGGAATGCTGCTGGGAGATGCAACTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- tcttgaa
- - - - - - - - - - - - - tgtagca
- - - - - - - - - - - - - - - - - tcaagca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ccaagtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gctggca