1 5' 3' |
...tgaattgtttcaaagttacaattaactgcacaaggaaaaaaaacaaccatacgtgtatcatctaaaaccaagagcggcacttacagtggattcatctcagGTGTGATGTGGACTCTTTGGTCTCCGAGATCCTCATGACTGAACGTGGACATGGCTCTGAGGAGAAGCACTTTCCATCACGTGTTATGCTGCAAATCACA
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g07130.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
accatacgtgtatcatctaaaaccaagagcggcacttacagtggattcatctcagGTGTGATGTGGACTCTTTGGTCTCCGAGATCCTCATGACTGAACGTGGACATGGCTCTGAGGAGAAGCACTTTCCATCACGTGTTATGCTGCAAATCACA
cacttac putative branch site (score: 1)
ttcatctc putative PPT
atctaaaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tgaattgtttcaaagttacaattaactgcacaaggaaaaaaaacaaccatacgtgtatcatctaaaaccaagagcggcacttacagtggattcatctcagGTGTGATGTGGACTCTTTGGTCTCCGAGATCCTCATGACTGAACGTGGACATGGCTCTGAGGAGAAGCACTTTCCATCACGTGTTATGCTGCAAATCACA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - -tgtttca
- - - - - - - - - - - -aactgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - -aaaaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaccata
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gtgtatc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaaccaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gcggcac