Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtacacttactactctcatcaatacagtcaagtttgtttttgttcatcttagaagatttaattctttctaagattgatttacaataaagagaataatgcttatgccattaaatgatccaacagATCTATGTGCTTCTCTACAAGGAGGTTTCTCTAGCTTTAAAAATCAACAGCTTGTACAGTATGAGAAGACTGTTCAAAATTCATGAGAATGTGAGGGTAT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G38200.1
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA20G38200.1 (Glycine max), 3'ss of exon 9
lower sequence: LOC_Os05g29050.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 7
gtacacttactactctcatcaatacagtcaagtttgtttttgttcatcttagaagatttaattctttctaagattgatttacaataaagagaataatgcttatgccattaaatgatccaacagATCTATGTGCTTCTCTACAAGGAGGTTTCTCTAGCTTTAAAAATCAACAGCTTGTACAGTATGAGAAGACTGTTCAAAATTCATGAGAATGTGAGGGTAT
      |||  ||     |  | | ||  || |  ||               || | |  ||   |  ||| |   |   ||| | |   || |      | ||   ||   | ||    ||||||||  | ||| | |||||||| ||| |||| || || ||||||||||||||||||||||    ||  ||  | || |||||||||||||| |  ||  
------ttatcacatgacttgaaaaagcaaaatgagtc-------------aaaaactagatggctcataaaa---accgacagttact-gactgtctactctgaattttggtaattatgcagATCTACATTCTTTTGTACAAGGAAGTTGCTCTTGCATTGAAAATCAACAGCTTGTACAGTAAACAAAAGCTACTTAACATTCATGAGAATGTAAAAGTTC


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

taagattgatttacaataaagagaataatgcttatgccattaaatgatccaacagATCTATGTGCTTCTCTACAAGGAGGTTTCTCTAGCTTTAAAAATCAACAGCTTGTACAGTATGAGAAGACTGTTCAAAATTCATGAGAATGTGAGGGTAT
   gattgat  putative branch site (score: 4)
        atttacaataaagaga  TA-rich tract