Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagctttaatttcttgaatatacattcattggaggattcctctacatcatattgcatctatatttgttttttttaacagATTGGGGTCATGGTGATGGTTCATGGTGATGACAAGGGATTGGTACTACCTCCTAAAGTAGCATCAGTACAAGTTATTGTGATTCCTGTGCCTTACAAAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA19G40930.4
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA19G40930.4 (Glycine max), 3'ss of exon 9
lower sequence: AT3G62120.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 8
gtaagctttaatttcttgaatatacattcattggaggattc-----ctctacatcatattgcatctatatttgttttttttaacagATTGGGGTCATGGTGATGGTTCATGGTGATGACAAGGGATTGGTACTACCTCCTAAAGTAGCATCAGTACAAGTTATTGTGATTCCTGTGCCTTACAAAG
        ||| | |||| |  ||| |  |||       ||     ||||||| |   |  | | |   |||      ||| | ||||||| || ||| | |||  |||||| |||||||| ||  ||||||| ||||||||||| ||||| || |||||| ||||||||||||| || |||||||
-------gtaaatacttggaagtacttagattatttttctcatgtgctctacaactgttaacttatcattttcaaaccttttatagATTGGAGTGATGATTATGACTCATGGAGATGACAAAGGCCTGGTACTCCCTCCTAAAGTCGCATCTGTGCAAGTTGTTGTGATTCCTGTTCCCTACAAAG

upper sequence: GLYMA19G40930.4 (Glycine max), 3'ss of exon 9
lower sequence: Vv07s0005g02620.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 9
-----------------gtaagctt-taatttcttgaatatacattcattgga--ggattcctctacatcatattgcatctatatttgttttttttaacagATTGGGGTCATGGTGATGGTTCATGGTGATGACAAGGGATTGGTACTACCTCCTAAAGTAGCATCAGTACAAGTTATTGTGATTCCTGTGCCTTACAAAG
                 | || | | |||| |  |    | |   | ||  ||  |||||  |  |       ||   | | | |    |  | |   ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| || || ||  | || |||||||||||||| || ||| |||||||| ||||||||||||  ||||
ctaaagtataattcaaggcaaacatgtaatgtaattctaaca-gctaatgagattggatttttgaatgctgatttctctatctttccaatcatatctgcagATTGGGGTGATGGTAATGGTTCATGGGGATGACAAAGGCTTAGTGATGCCACCTAAAGTAGCATCTGTCCAAATTATTGTGGTTCCTGTGCCTTTTAAAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193725712|gb|FK657668.1|FK657668
EST:     TATAGTACTCGAACT                         ATTGGGGTCGATGGTGATGGTTCATGGTGATGACAAGGGATTGGTACTACC
genomic: TATAGTACTCGAACTgtaagcttta ... tttttaacagATTGGGGTC-ATGGTGATGGTTCATGGTGATGACAAGGGATTGGTACTACC
EST: gi|207831009|gb|GD805067.1|GD805067
EST:     GAGAGAAAGCAATGGTCTGGCAGAATTCATGGGCCTATAGTACTCGAACT                         ATTGGGGTCATGGTGATGGTTCATGGTGATGACAAGGGATTGGTACTACCT
genomic: GAGAGAAAGCAATGGTCTGGCAGAATTCATGGGCCTATAGTACTCGAACTgtaagcttta ... tttttaacagATTGGGGTCATGGTGATGGTTCATGGTGATGACAAGGGATTGGTACTACCT
EST: gi|208199816|gb|GD998559.1|GD998559
EST:     GAGAGAAAGCAATGGTCTGGCAGAATTCATGGGCCTATAGTACTCGAACT                         ATTGGGGTCATGGTGATGGTTCATGGTGATGACAAAGGGATTGGTACTACC
genomic: GAGAGAAAGCAATGGTCTGGCAGAATTCATGGGCCTATAGTACTCGAACTgtaagcttta ... tttttaacagATTGGGGTCATGGTGATGGTTCATGGTGATGACAA-GGGATTGGTACTACC
EST: gi|208174450|gb|GD968159.1|GD968159
EST:     GAGAGAAAGCGATGGTCTGGCAGAATTCATGGGCCTATAGTACTCGAACT                         ATTGGGGTCATGGTGATGGTTCATGGTGATGACAAGGG
genomic: GAGAGAAAGCAATGGTCTGGCAGAATTCATGGGCCTATAGTACTCGAACTgtaagcttta ... tttttaacagATTGGGGTCATGGTGATGGTTCATGGTGATGACAAGGG
EST: gi|207734424|gb|GD713312.1|GD713312
EST:     GAGAGAAAGCAATGGTCTGGCAGAATTCATGGGCCTATAGTACTCGAACT                         ATTGGGGTCATGGTGATGGTTCATGGTGATGACAAGGGATTGGT-CTACCT
genomic: GAGAGAAAGCAATGGTCTGGCAGAATTCATGGGCCTATAGTACTCGAACTgtaagcttta ... tttttaacagATTGGGGTCATGGTGATGGTTCATGGTGATGACAAGGGATTGGTACTACCT
EST: gi|58014455|gb|CX701197.1|CX701197
EST:     GAGAGAAAGCAATGGTCTGGCAGAATTCATGGGCNTATAGTACTCGAACT                         ATTGGGGTCATGGTGATGGTTCATGGTGATGACAAGGGATTGGTACTACCT
genomic: GAGAGAAAGCAATGGTCTGGCAGAATTCATGGGCCTATAGTACTCGAACTgtaagcttta ... tttttaacagATTGGGGTCATGGTGATGGTTCATGGTGATGACAAGGGATTGGTACTACCT
EST: gi|208320376|gb|GE122097.1|GE122097
EST:     GAGAGAAAGCAATGGTCTGGCAGAATTCATGGGCCTATAGTACTCGAACT                         ATTGGGGTCATGGTGATGGTTCATGGTGATGACAAGGGATTGGTACTACCT
genomic: GAGAGAAAGCAATGGTCTGGCAGAATTCATGGGCCTATAGTACTCGAACTgtaagcttta ... tttttaacagATTGGGGTCATGGTGATGGTTCATGGTGATGACAAGGGATTGGTACTACCT
EST: gi|207783076|gb|GD751077.1|GD751077
EST:     GAGAGAAAGCAATGGTCTGGCAGAATTCATGGGCCTATAGTACTCGAACT                         ATTGGGGTCATGGTGATGGTTCATGGTGATGACAAGGGATTGGTACTACCT
genomic: GAGAGAAAGCAATGGTCTGGCAGAATTCATGGGCCTATAGTACTCGAACTgtaagcttta ... tttttaacagATTGGGGTCATGGTGATGGTTCATGGTGATGACAAGGGATTGGTACTACCT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttcattggaggattcctctacatcatattgcatctatatttgttttttttaacagATTGGGGTCATGGTGATGGTTCATGGTGATGACAAGGGATTGGTACTACCTCCTAAAGTAGCATCAGTACAAGTTATTGTGATTCCTGTGCCTTACAAAG
                                    tatttgtttttttt  CT-rich tract
                        atattgcatctatatt  TA-rich tract