Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tttgtggtcatcaatttgtgttatcattttatccgcaattgttttaaatggttgatcaggtcatatatgtattgaactgattcattctgatttgatacagGCTTCCTACGGGGCTTATGCTGGATATGGGAGCAACTATGTAAATTCGCAATTGCCTACATCAGTTCCACAAAGTACTGCATACGGAGCCTATCCTCCTG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA19G35140.3
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|7232911|gb|AW568263.1|AW568263
EST:     CAGTTACTCAAGCTCAAGGGCAACAATGGACTGCTGGCTACACCCAGCAG                         GCTTCCTACGGNGCTTATGCTGGATATGGGAGCAACTATGTAAATTCGCAA
genomic: CAGTTACTCAAGCTCAAGGGCAACAATGGACTGCTGGCTACACCCAGCAGgtagagtagt ... tttgatacagGCTTCCTACGGGGCTTATGCTGGATATGGGAGCAACTATGTAAATTCGCAA
EST: gi|16105366|gb|BI893106.1|BI893106
EST:     CAGTTACTCAAGCTCAAGGGCAACAATGGACTGCTGGCTACACCCAGCAG                         GCTTCCTACGGGGCTTATGCTGGATATGGGAGCAACTATGTAAATTCGCAA
genomic: CAGTTACTCAAGCTCAAGGGCAACAATGGACTGCTGGCTACACCCAGCAGgtagagtagt ... tttgatacagGCTTCCTACGGGGCTTATGCTGGATATGGGAGCAACTATGTAAATTCGCAA
EST: gi|14991640|gb|BI317313.1|BI317313
EST:     CAGTTACTCAAGCTCAAGGGCAACAATGGACTGCTGGCTACACCCAGCAG                         GCTTCCTACGGGGCTTATGCTGGATATGGGAGCAACTATGTAAATTCGCAA
genomic: CAGTTACTCAAGCTCAAGGGCAACAATGGACTGCTGGCTACACCCAGCAGgtagagtagt ... tttgatacagGCTTCCTACGGGGCTTATGCTGGATATGGGAGCAACTATGTAAATTCGCAA
EST: gi|4296151|gb|AI442434.1|AI442434
EST:     CAGTTACTCAAGCTCAAGGGCAACAATGGACTGCTGGCTACACCCAGCAG                         GCTTCCTACGGGGCTTATGCTGGATATGGGAGCAACTATGTAAATTCGCAA
genomic: CAGTTACTCAAGCTCAAGGGCAACAATGGACTGCTGGCTACACCCAGCAGgtagagtagt ... tttgatacagGCTTCCTACGGGGCTTATGCTGGATATGGGAGCAACTATGTAAATTCGCAA
EST: gi|8283952|gb|BE021511.1|BE021511
EST:     CAGTTACTCAAGCTCAAGGGCAACAATGGACTGCTGGCTACACCCAGCAG                         GCTTCCTACGGGGCTTATGCTGGATATGGGAGCAACTATGTAAATNCGCAA
genomic: CAGTTACTCAAGCTCAAGGGCAACAATGGACTGCTGGCTACACCCAGCAGgtagagtagt ... tttgatacagGCTTCCTACGGGGCTTATGCTGGATATGGGAGCAACTATGTAAATTCGCAA
EST: gi|151410949|gb|EV280764.1|EV280764
EST:     CAGTTACTCAAGCTCAAGGGCAACAATGGACTGCTGGCTACACCCAGCAG                         GCTTCCTACGGGGCTTATGCTGGATATGGGAGCAACTATGTAAATTCGCAA
genomic: CAGTTACTCAAGCTCAAGGGCAACAATGGACTGCTGGCTACACCCAGCAGgtagagtagt ... tttgatacagGCTTCCTACGGGGCTTATGCTGGATATGGGAGCAACTATGTAAATTCGCAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aaatggttgatcaggtcatatatgtattgaactgattcattctgatttgatacagGCTTCCTACGGGGCTTATGCTGGATATGGGAGCAACTATGTAAATTCGCAATTGCCTACATCAGTTCCACAAAGTACTGCATACGGAGCCTATCCTCCTG
                 atatatgtattgaa  TA-rich tract