Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtattcacatcctacatatctttttaattaggattgagggatttctcctgccacgatgacttatttcttaatgccttgttttgcttgcagAATAAGTGTAATGTGGGTTATGCTTTTATCAATATGGTGTCTCCTTCACACATCATCGCCTTCTACAAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA18G12730.1
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA18G12730.1 (Glycine max), 3'ss of exon 9
lower sequence: Vv12s0142g00100.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 10
gtattcacatcctacatatctttttaattaggattgagggatttctcctgccacgatgacttatttcttaatgccttgttttgcttgcagAATAAGTGTAATGTGGGTTATGCTTTTATCAATATGGTGTCTCCTTCACACATCATCGCCTTCTACAAG
||| | |  |  | || |||||  | ||   | |  |  | || ||| |   ||    ||| ||       ||  |||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||| ||| |||| ||  ||
gtaattatgttttgcaaatctt--tgatagtgttatataggttcctctttgaactgaaactaatg----gttgttttgttt-ggttgcagAATAAATGTAATGTGGGTTATGCCTTTATCAACATGGTGTCTCCTTCGCACATTATCCCCTTTTATGAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|298172986|gb|HO019985.1|HO019985
EST:     AGAATCACCAGGGTACTTATGACTTCCTCTACTTGCCAATTGACTTCAAG                         AATAAGTGTAATGTGGGTTATGCTTTTATCAATATGGTGTCTCCTTCACAC
genomic: AGAATCACCAGGGTACTTATGACTTCCTCTACTTGCCAATTGACTTCAAGgtattcacat ... ttgcttgcagAATAAGTGTAATGTGGGTTATGCTTTTATCAATATGGTGTCTCCTTCACAC
EST: gi|51336464|gb|CO980330.1|CO980330
EST:     AGAATCACCAGGGTACTTATGACTTCCTCTACTTGCCAATTGACTTCAAG                         AATAAGTGTAATGTGGGTTATGCTTTTATCAATATGGTGTCTCCTTCACAC
genomic: AGAATCACCAGGGTACTTATGACTTCCTCTACTTGCCAATTGACTTCAAGgtattcacat ... ttgcttgcagAATAAGTGTAATGTGGGTTATGCTTTTATCAATATGGTGTCTCCTTCACAC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gagggatttctcctgccacgatgacttatttcttaatgccttgttttgcttgcagAATAAGTGTAATGTGGGTTATGCTTTTATCAATATGGTGTCTCCTTCACACATCATCGCCTTCTACAAG
                              tcttaat  putative branch site (score: 3)
                                      ccttgtttt  CT-rich tract
                       acttatttcttaat  TA-rich tract